丙午（二十三日），蓬莱宫含元殿落成，高宗开始迁移仪仗到该殿居住，将原宫殿改名西内。戊申（二十五日），开始到紫宸殿处理政事。
五月，壬午（三十日），柳州蛮酋长吴君解反叛；唐朝派遣冀州长史刘伯英、右武卫将军冯士翙征发岭南军队讨伐。
吐蕃与吐谷浑互相攻击，各自派遣使者到唐朝上表辩论是非曲直，轮番向唐朝求援；高宗都没有同意。
吐谷浑大臣素和贵犯了罪，逃奔吐蕃，详细报告了吐谷浑的虚实情况。吐蕃发兵进攻吐谷浑，大败吐谷浑。吐谷浑可汗慕容诺曷钵与弘化公主率领数千帐部众放弃国土投奔凉州，请求移居唐朝内地。高宗任命凉州都督郑仁泰为青海道行军大总管，率领右武卫将军独孤卿云、辛文陵等分别屯兵于凉州、鄯州，防备吐蕃。六月，戊申（二十六日），又任命左武卫大将军苏定方为安集大使，调度约束诸军，作为吐谷浑的后援。
吐蕃禄东赞屯兵青海，派遣使者论仲琮到唐朝朝见，上表陈述吐谷浑的罪过，并且请求和亲。高宗不同意，派遣左卫郎将刘文祥出使吐蕃，颁用皇帝玺印的文书责备吐蕃。
秋季，八月，戊申（二十七日），高宗因辽东连年用兵，百姓为征调所困，士卒战死溺死的很多，下诏令停止三十六州造船，派遣司元太常伯窦德玄等分别到十道，询问百姓疾苦，考核升降地方官吏。窦德玄是窦毅的曾孙。
九月，戊午（初八），熊津道行军总管、右威卫将军孙仁师等在白江打败百济残余部队及倭国兵，攻克周留城。
当初，刘仁愿、刘仁轨攻克真岘城以后，高宗诏令孙仁师领兵渡海援助他们。百济王扶余丰南引倭国人以抵抗唐军。孙仁师与刘仁愿、刘仁轨会合，声势大振。部下诸将认为加林城是水陆交通要冲，想先进攻它。刘仁轨说：“加林城险要坚固，急攻会伤亡士卒，缓攻则旷日持久。周留城是敌人的巢穴，凶恶的敌人聚集在那里，除恶务必扫除根本，应该先攻打周留城，如果攻克周留城，其他城池就会不攻自破。”于是孙仁师、刘仁愿与新罗王金法敏率领陆军前进，刘仁轨与别将杜爽、扶余隆率领水军及粮船从熊津入白江，与陆军会合，一同开赴周留城。唐军在白江口遭遇倭国兵，四次交战都取得胜利，焚烧敌船四百艘，烟火冲天，海水都变成红色。百济王扶余丰脱身逃往高丽，王子扶余忠胜、扶余忠志等率领部众投降，百济全部平定，只有别帅迟受信占据任存城，没有攻下。
当初，百济西部人黑齿常之，身高七尺多，骁勇又有谋略，在百济任达率兼郡将，相当于唐朝的刺史。苏定方攻克百济时，黑齿常之率领部下随同百济军投降。苏定方囚禁百济王及太子，纵兵劫掠，百济壮年人多被杀死。黑齿常之害怕，与手下十多人逃回本部，收集逃散士卒，守卫任存山，结起栅栏以加强防卫，一月之间归附的有三万多人。苏定方派兵进攻，黑齿常之进行抵抗，唐军失利；黑齿常之又攻取二百多座城池，苏定方无法攻克而撤回。黑齿常之与别部将沙吒相如各自据守险要之地以响应福信，百济失败后，他们都率领部众投降。刘仁轨让黑齿常之、沙吒相如各自率领部众，攻取任存城，还支援他们粮食和武器。孙仁师说：“这类人人面兽心，怎么能相信！”刘仁轨说：“我看这两人都忠勇有谋略，注重信义；只是前次投降，不是出自本意，现在正是他们感激立功的时候，不必怀疑。”于是发给粮食和武器，分兵跟随他们，攻克了任存城，迟受信抛下妻子儿女，投奔高丽。
高宗诏令刘仁轨领兵镇守百济，召孙仁师、刘仁愿回朝。百济经兵火之后，家家凋敝残破，僵尸遍野。刘仁轨开始命令掩埋骸骨，登记户口，治理村落，任命官长，修通道路，架设桥梁，修补堤堰，恢复陂塘，督促百姓种田养蚕，赈济贫困百姓，赡养孤儿老人，建立唐朝的土、谷神坛，颁布唐朝历法和已故皇帝名讳。百济百姓十分高兴，全境各安其业。然后又治理屯田，储备粮食，训练士卒，谋划进取高丽。
刘仁愿回到京师长安，高宗问他：“你在海东，前后奏事，都合时宜，又有文理。你本是武人，怎么能这样？”刘仁愿说：“这都是刘仁轨所做的，不是我所能做到的。”高宗很高兴，给刘仁轨晋升六级官阶，正式任命为带方州刺史，为他在长安修建住宅，给他的妻子儿女优厚的赏赐，派使者带着用天子玺印封记的文书前去慰劳勉励他。上官仪说：“刘仁轨被撤职后，能为朝廷尽忠，刘仁愿掌握指挥权而能推重贤人，都可以称得上是君子了。”
冬季，十月，辛巳朔（初一），唐高宗诏令太子每五日一次在光顺门内视察各部门呈奏事情，事情比较小的都授权太子裁决。
十二月，庚子（二十一日），唐高宗下诏宣布，明年更改年号。
壬寅（二十三日），唐朝任命安西都护高贤为行军总管，领兵进击弓月以解救于阗。
本年，大