丙午日，太宗的车驾抵达营州。太宗下诏命令将辽东战役中阵亡士兵的骸骨全部集中安葬在柳城东南，又命令有关部门用太牢的礼仪祭祀阵亡将士，太宗亲自撰写祭文，亲临祭祀现场，痛哭流涕，极尽哀伤。阵亡士兵的父母们听说后，都说：“我们的儿子为国战死，连天子都为他痛哭，还有什么遗憾呢！” 太宗对薛仁贵说：“朕手下的将领们都已经老了，朕一直想选拔年轻勇猛的将领来接替他们，看来没有人能比得上你。朕不高兴得到辽东，而是高兴得到你这样的猛将啊！”
丙辰日，太宗听说太子前来迎接的车驾即将到达，便率领三千名飞骑兵，骑马疾驰进入临渝关，在路上与太子相遇。当初太宗从定州出发时，曾指着自己身上穿的褐色战袍对太子说：“等到见到你的时候，朕才会换下这件战袍。” 在辽东的日子里，即使是盛夏酷暑，汗流浃背，太宗也没有换下它。到了秋天，战袍已经穿破，身边的侍从请求太宗更换一件新的，太宗说：“将士们的衣服大多都破旧了，朕怎么能独自穿着新衣服呢？” 直到此时，太子献上新的战袍，太宗才换下了旧战袍。
各路军队俘获的一万四千名高丽百姓，先被集中安置在幽州，原本打算赏赐给将士们做奴隶。太宗怜悯他们父子、夫妻离散，命令有关部门按照他们的身价，全部用钱物将他们赎为平民。这些高丽百姓欢呼雀跃，感激涕零，欢呼声持续了三天都没有停止。十一月辛未日，太宗的车驾抵达幽州，高丽百姓在城东迎接，他们一边叩拜舞蹈，一边高声欢呼，有的人激动得在地上打滚，尘土飞扬，遮天蔽日。
庚辰日，太宗的车驾经过易州境内，易州司马陈元璹让百姓在地下的屋子里蓄火种植蔬菜，然后进献给太宗。太宗厌恶他这种谄媚讨好的行为，下令免去他的官职。
丙戌日，太宗的车驾抵达定州。
丁亥日，吏部尚书杨师道因为所任用的官员大多不称职，被降职为工部尚书。
壬辰日，太宗的车驾从定州出发。十二月辛丑日，太宗背上长了毒疮，只能乘坐步辇前行。戊申日，抵达并州，太子亲自为太宗吸吮毒疮的脓血，还搀扶着步辇，步行跟随了好几天。辛亥日，太宗的病情痊愈，文武百官都前来祝贺。
当初太宗征讨高丽时，曾派遣右领军大将军执失思力率领突厥士兵驻守在夏州以北，防备薛延陀入侵。薛延陀多弥可汗即位后，认为太宗远征高丽，还没有返回，便率领军队入侵黄河以南地区。太宗派遣左武候中郎将长安人田仁会与执失思力合兵一处，迎击敌军。执失思力故意摆出兵力薄弱的样子，假装战败后退，引诱敌军深入，一直到夏州境内，才整顿好阵势，等待敌军到来。薛延陀军队大败，唐军追击了六百多里，在漠北地区炫耀军威后才返回。多弥可汗不甘心失败，再次出兵入侵夏州。己未日，太宗下令礼部尚书江夏王李道宗，征发朔、并、汾、箕、岚、代、忻、蔚、云九州的兵力镇守朔州；右卫大将军代州都督薛万彻、左骁卫大将军阿史那社尔，征发胜、夏、银、绥、丹、延、鄜、坊、石、隰十州的兵力镇守胜州；胜州都督宋君明、左武候将军薛孤吴，征发灵、原、宁、盐、庆五州的兵力镇守灵州；又命令执失思力征发灵、胜二州的突厥士兵，与各路军队相互呼应。薛延陀的军队抵达边塞后，得知唐军早有防备，便不敢贸然进攻。
起初，太宗留下侍中刘洎在定州辅佐皇太子，刘洎同时兼任左庶子、检校民部尚书，总管吏、礼、户三部尚书的事务。太宗将要出发时，对刘洎说：“朕如今远征辽东，你辅佐太子，国家的安危都寄托在你的身上，你一定要深刻领会朕的心意。” 刘洎回答说：“希望陛下不必忧虑，朝中大臣如果有犯罪的，臣一定会立即将他诛杀。” 太宗认为他说话轻率，很是奇怪，告诫他说：“你性情粗疏，又过于刚强，将来必定会因此招致灾祸，你一定要慎重行事！” 等到太宗生病后，刘洎从太宗的寝宫中出来，神色十分悲伤恐惧，对同僚们说：“皇上的病情如此严重，实在令人担忧啊！” 有人趁机向太宗诬陷刘洎说：“刘洎说国家大事不值得忧虑，他只要辅佐年幼的君主，效仿伊尹、霍光的旧事，诛杀那些心怀异志的大臣，天下自然就安定了。” 太宗信以为真，于庚申日下诏说：“刘洎与人私下密谋，觊觎皇位，企图执掌朝政大权，效仿伊尹、霍光废立君主的做法，猜忌大臣，想要将他们全部诛杀。应当赐刘洎自尽，赦免他的妻子儿女。”
中书令马周代理吏部尚书，他认为按四季选拔官员过于劳累，便请求恢复到每年十一月开始选拔官员，到次年三月结束的旧制；太宗批准了他的请求。
这一年，右亲卫中郎将裴行方率军讨伐茂州叛乱的羌族首领黄郎弄，大败叛军，并且追击残余的党羽，一直向西追到乞习山，抵达弱水后才率军返回。
太宗文武大圣大广孝皇帝下之上贞观二十年（丙午，公元 646 年）