李承乾被废黜之后，太宗驾临两仪殿，让文武群臣都退下，只留下长孙无忌、房玄龄、李世积、褚遂良四人，对他们说：“朕的三个儿子、一个弟弟，竟然做出这样大逆不道的事情，朕的心里真是百无聊赖，痛苦万分啊！” 说完就扑倒在床上，长孙无忌等人连忙上前搀扶。太宗又拔出佩刀，想要自刎，褚遂良一把夺过佩刀，递给了晋王李治。长孙无忌等人恳请太宗说出自己的心意，太宗说：“朕想立晋王为太子。” 长孙无忌说：“臣等谨奉陛下的诏令！如果有谁胆敢提出异议，臣请求将他斩首！” 太宗对李治说：“你的舅舅已经答应拥立你为太子了，你应该上前拜谢他。” 李治于是向长孙无忌下拜致谢。太宗又对长孙无忌等人说：“你们已经和朕的心意达成一致了，不知道外面的朝臣会怎么议论这件事呢？” 长孙无忌等人回答说：“晋王仁德孝顺，天下人早就归心于他了。恳请陛下试着召见文武百官，询问他们的意见，如果有谁不同意，臣等甘愿以死谢罪。” 太宗于是驾临太极殿，召见六品以上的文武官员，对他们说：“李承乾悖逆谋反，李泰也心怀凶险，他们都不配被立为太子。朕想要从其他儿子中挑选一位立为太子，你们认为谁最合适？请你们畅所欲言，大胆地说出来。” 众人都欢呼着说：“晋王仁德孝顺，应当被立为太子！” 太宗听后非常高兴。当天，李泰率领一百多名骑兵来到永安门；太宗敕令守门的官员，将他的骑兵全部驱散，只让李泰一个人进入肃章门，将他幽禁在北苑。丙戌日，太宗下诏册立晋王李治为皇太子，驾临承天门楼，大赦天下，允许百姓饮酒作乐三天。太宗对身边的大臣说：“朕如果立李泰为太子，那就是向天下人昭示，太子之位是可以通过苦心经营、耍弄手段得到的。从今往后，凡是太子德行败坏，藩王妄图觊觎太子之位的，朕都会将他们一同废黜。朕要将这条规定传给子孙后代，永远作为后世的法度。而且如果立李泰为太子，那么李承乾和李治都难逃一死；如果立李治为太子，那么李承乾和李泰就都可以安然无恙了。”
臣司马光说：唐太宗不把天下的社稷重器，私自授予自己偏爱的儿子，以此杜绝祸乱的根源，真可以称得上是深谋远虑啊！
丁亥日，太宗任命中书令杨师道为吏部尚书。起初，长广公主嫁给赵慈景为妻，生下了赵节；赵慈景死后，长广公主又改嫁给杨师道。杨师道与长孙无忌等人一同审理李承乾谋反一案时，暗中为赵节开脱罪责，因此受到牵连，被太宗降罪斥责。太宗来到长广公主的住所，公主用头叩地，痛哭流涕地为儿子赵节的罪行谢罪。太宗也回拜公主，流着眼泪说：“奖赏的时候不回避自己的仇敌，惩罚的时候不偏袒自己的亲人，这是天下最公正的道理，朕不敢违背啊，因此只能辜负姐姐你了。”
己丑日，太宗下诏任命长孙无忌为太子太师，房玄龄为太子太傅，萧瑀为太子太保，李世积为太子詹事，萧瑀、李世积一并担任同中书门下三品。“同中书门下三品” 这一官职，就是从这个时候开始设立的。太宗又任命左卫大将军李大亮兼任右卫率，前任太子詹事于志宁、中书侍郎马周为左庶子，吏部侍郎苏勖、中书舍人高季辅为右庶子，刑部侍郎张行成为少詹事，谏议大夫褚遂良为太子宾客。
李世积曾经突发重病，有个药方说 “需要用胡须烧成的灰来治疗”。太宗亲自剪下自己的胡须，为李世积调和药饵。李世积感动得叩首致谢，额头都流出了血。太宗说：“朕这样做是为了国家社稷，不是为了你个人，你有什么可谢的呢！” 李世积曾经侍奉太宗饮宴，太宗从容地对他说：“朕一直在寻找可以托付幼孤的大臣，想来想去，没有人能比得上你。你从前不辜负李密，现在又怎么会辜负朕呢！” 李世积听后，感动得泪流满面，推辞致谢，还咬破自己的手指，流出鲜血。后来李世积喝得酩酊大醉，太宗解下自己的皇袍，盖在他的身上。
癸巳日，太宗下诏解除魏王李泰的雍州牧、相州都督、左武侯大将军等职务，将他的爵位降为东莱郡王。李泰王府中那些被他亲近宠信的僚属，都被流放到岭南地区；因为杜楚客的哥哥杜如晦曾经为朝廷立下大功，所以杜楚客得以免除死罪，被废黜为平民。给事中崔仁师曾经暗中上奏，请求立魏王李泰为太子，因此被贬为鸿胪少卿。
庚子日，朝廷制定了太子拜见三师的礼仪规范：太子要在殿门外迎接三师，先向三师行跪拜之礼，三师再回拜答礼；每经过一道门，太子都要请三师先行。三师坐下之后，太子才能坐下。太子给三师写信的时候，信的开头和结尾都要自称名字，并加上 “惶恐” 二字。
五月癸酉日，太子李治上表给太宗，说：“李承乾和李泰现在穿的衣服不过是勉强遮体，吃的饭菜也不能合口味，他们的处境十分幽禁凄凉，实在令人怜悯。恳请陛下敕令相关部门，优厚地供给他们衣食用度。” 太宗听从了他的建议。
黄门侍郎刘洎上书给太宗，说：“太子应当勤奋学习，亲近老师和朋友。如今太子常常入宫侍奉陛下，动不动就超过十