赤水之战中，薛万均、薛万彻率领轻骑兵率先出击，被吐谷浑军队包围，兄弟二人都身中枪伤，失去战马后徒步作战，随从的骑兵阵亡了十分之六七，左领军将军契苾何力率领数百名骑兵前去救援，奋力拼杀，所向披靡，薛万均、薛万彻因此得以脱险。李大亮在蜀浑山击败吐谷浑军队，擒获吐谷浑亲王二十人。将军执失思力在居茹川击败吐谷浑军队。李靖督率各路大军途经积石山、黄河源头，抵达且末，直抵吐谷浑西部边境。得知伏允在突伦川，准备逃奔到于阗，契苾何力想要率军追击。薛万均因为之前战败的教训，坚持说不能追击。契苾何力说：“敌军没有城郭，随着水草迁徙，如果不趁他们聚居在一起的时候袭击攻取，一旦他们像云雾一样四散逃走，还怎么能够捣毁他们的巢穴呢！” 于是亲自挑选一千多名精锐骑兵，径直奔向突伦川，薛万均只好率领军队跟随他。沙漠中缺乏水源，将士们刺破战马的血管饮血解渴。突袭并攻破伏允的牙帐，斩杀数千名敌军，缴获二十多万头牲畜，伏允独自脱身逃走，他的妻子儿女都被俘虏。侯君集等人率军继续前进，越过星宿川，抵达柏海，然后回师与李靖的大军会合。
吐谷浑大宁王慕容顺，是隋朝的外甥、伏允的嫡长子，早年在隋朝做人质，长期不能返回吐谷浑，伏允另立其他儿子为太子，等到慕容顺返回吐谷浑后，心中常常郁郁不乐。恰逢李靖攻破吐谷浑，国内百姓走投无路，都怨恨天柱王；慕容顺应着民心，斩杀天柱王，举国请求投降唐朝。伏允率领一千多名骑兵逃入沙漠，十几天后，部众逐渐逃散殆尽，伏允被身边的人杀死。吐谷浑国人拥立慕容顺为可汗。壬子日，李靖上奏平定吐谷浑。乙卯日，太宗下诏恢复吐谷浑的国号，任命慕容顺为西平郡王、趉故吕乌甘豆可汗。太宗担心慕容顺不能收服民心，于是命令李大亮率领数千名精兵作为他的声援。
六月，己丑日，群臣再次请求太宗亲理朝政，太宗答应了他们的请求，琐碎的事务仍然委托太子处理，太子很善于听取和裁决政务。从此以后，太宗每次外出巡幸，常常让太子留守京城监国。
秋季，七月，庚子日，盐泽道行军副总管刘德敏率军进击叛乱的羌族部落，打败叛军。
丁巳日，太宗下诏：“太上皇的陵墓依照汉高祖长陵的先例修建，务必做到高大厚重。” 因为工期紧迫，难以完成。秘书监虞世南上书劝谏，认为：“圣人安葬父母从简，并非不孝，而是深思远虑，因为厚葬恰恰会成为父母的拖累，所以才不这样做。从前张释之说：‘如果陵墓中藏有让人贪图的财物，即使把整座南山铸铜封死，也会有缝隙可钻。’刘向说：‘死亡没有尽头，而国家有兴亡更替，张释之的话，是为子孙后代作长远打算啊。’这些话深刻透彻，实在合乎至理。陛下的圣德超越尧、舜，然而安葬父母却效仿秦、汉的奢侈厚葬之法，臣私下认为陛下不应这样做。即使陵墓中不再藏有金玉珠宝，后世之人只看到陵墓如此高大，怎么会知道里面没有金玉珠宝呢！况且如今陛下为太上皇守丧，已经依照汉文帝霸陵的先例，而陵墓的形制却要依照汉高祖长陵的标准，恐怕不合适。希望陛下依照《白虎通义》的规定，修建高为三仞的陵墓，陪葬器物的规格，一律节省减损，还在陵墓旁边刻石立碑，另外抄写一份碑文，珍藏在宗庙里，作为子孙后代永久遵循的制度。” 奏书呈上后，没有得到答复。虞世南再次上书劝谏，认为：“汉朝的天子即位后就开始营建陵墓，有的耗时五十多年；如今要在几个月的时间里完成需要数十年才能竣工的工程，恐怕人力难以办到。” 太宗于是将虞世南的奏书交给相关部门，命令他们详细商议妥善的方案。房玄龄等人商议后，认为：“汉高祖长陵高九丈，汉光武帝原陵高六丈，如今九丈太高，三仞又太低，请求依照原陵的规格修建。” 太宗听从了这个建议。
辛亥日，太宗下诏：“国家草创之初，宗庙的建制不够完备，如今将要把太上皇的神位迁入宗庙附祭，应当让礼官详细商议相关礼仪。” 谏议大夫朱子奢请求设立三昭三穆的宗庙制度，而空出太祖的位置。于是朝廷增修太庙，将弘农府君的神位以及高祖的神位，连同原来的四位祖先神位，共设为六室。房玄龄等人商议后，建议尊奉西凉武昭王李暠为始祖。左庶子于志宁提出异议，认为武昭王并非唐朝帝王基业的开创源头，不能尊为始祖；太宗听从了他的意见。
党项部落进犯叠州。
李靖进击吐谷浑的时候，用丰厚的财物贿赂党项部落，让他们担任向导。党项酋长拓跋赤辞前来拜见各位将领，说：“隋朝的人不讲信用，喜欢残暴地掠夺我们。如今各路唐军如果没有别的企图，我愿意供给你们粮草物资；如果不是这样，我就占据险要地势，堵塞你们前进的道路。” 各位将领与他立下盟誓后送他回去。赤水道行军总管李道彦率军抵达阔水，看到拓跋赤辞没有防备，便发动袭击，缴获数千头牛羊。于是羌族各部落都心怀怨恨愤怒