起初，东昏侯与身边人谋划，认为陈显达一战即败，崔慧景包围宫城后很快就撤走，觉得萧衍的军队也会这样，于是命令太官（掌管宫廷膳食的官员）准备一百天的柴草、粮食就够了。等到朱雀航大败，众人心情恐惧。茹法珍等人担心官员百姓逃散，所以关闭城门，不再出兵。不久后萧衍的长围修筑完成，壕沟和栅栏坚固严密；这时东昏侯才派兵出城冲击，却屡次战败。
东昏侯尤其爱惜金钱，不肯赏赐士兵；茹法珍叩头请求他赏赐，东昏侯说：“叛军难道是来单独抓我一个人的吗！为什么要向我要东西！” 后堂储存了几百根木材，有人奏请用来加固城防；东昏侯想留下木材建造宫殿，最终没有同意。他还督促御府（掌管宫廷器物制造的机构）制作三百件精致的帐幔，准备等包围解除后用来 “屏除”（清道时的屏障），对金银雕刻的杂物，比平时更加急切地催促制作。士兵们都怨恨懈怠，不愿尽力作战。城外的包围已经很久，城中人都希望早日逃离，却没人敢先行动。
茹法珍、梅虫儿劝说东昏侯：“大臣们不尽心，导致包围不能解除，应当把他们全部杀掉。” 王珍国、张稷害怕灾祸降临，王珍国秘密派亲信给萧衍献上一面明镜，暗示自己愿意归降，萧衍回赠一把断金，表明 “二人同心，其利断金”。兖州中兵参军冯翊人张齐是张稷的心腹，王珍国通过张齐秘密与张稷谋划共同杀死东昏侯。张齐夜里带王珍国去见张稷，两人促膝定下计策，张齐亲自拿着蜡烛照明；又把计策告诉后阁舍人钱强。十二月丙寅日夜，钱强秘密让人打开云龙门，王珍国、张稷率军进入宫殿，御刀丰勇之作为内应。
东昏侯在含德殿听着笙歌入睡，还没睡熟，听到士兵入宫，急忙从北门逃出，想返回后宫，宫门已经关闭。宦官黄泰平用刀砍伤他的膝盖，东昏侯摔倒在地，张齐上前斩下他的首级。张稷召集尚书右仆射王亮等人，让他们在殿前西钟下列坐，命令百官签署降书，用黄油包裹东昏侯的首级，派国子博士范云等人送到石头城交给萧衍。右卫将军王志叹息说：“帽子虽然破旧，怎能踩在脚下！” 他捡起庭院中的树叶揉烂吞下去，假装晕倒，不肯署名。萧衍看到降书上没有王志的名字，心中很赞赏他。王亮是王莹的堂弟；王志是王僧虔的儿子。
萧衍与范云有旧交，立即留他参与军政谋划。王亮在东昏侯朝中，靠模棱两可、迎合讨好保住职位。萧衍抵达新林时，百官都从小路前来表示归附，只有王亮没有派人联系。东昏侯失败后，王亮出来见萧衍，萧衍说：“君主跌倒却不搀扶，要宰相有什么用！” 王亮说：“如果君主还能搀扶，明公您怎么会有今天的举动！” 从城中逃出来的人，有的被抢劫掠夺。杨公则亲自率领部下在东掖门列阵，护送公卿官员和百姓，所以逃出来的人大多经过杨公则的军营。萧衍派张弘策先进入宫城清理，查封府库和图书典籍。当时宫城内珍宝堆积如山，张弘策约束部下，秋毫无犯。抓获潘妃及受宠的侍从茹法珍、梅虫儿、王咺之等四十一人，都交给司法官员处置。
起初，海陵王（萧昭文）被废黜后，王太后（明帝皇后王宝明）迁出皇宫，居住在鄱阳王的旧宅，号称宣德宫。己巳日，萧衍以宣德太后的名义下诏，追废涪陵王（萧宝卷）为东昏侯，褚皇后（东昏侯皇后褚令璩）及太子萧诵都贬为平民。任命萧衍为中书监、大司马、录尚书事、骠骑大将军、扬州刺史，封为建安郡公，依照东晋武陵王司马遵承制（秉承皇帝旨意行事）的旧例，百官向他致敬；任命王亮为长史。壬申日，改封建安王萧宝寅为鄱阳王。癸酉日，任命司徒、扬州刺史晋安王萧宝义为太尉，兼任司徒。
己卯日，萧衍进入阅武堂驻扎，下令大赦。又下令：“除了东昏侯制定的荒谬赋税、残酷刑罚和过度劳役之外，可详细核查以前的规定，全部废除；对于主管官员丢失物资造成的损耗，要制定明确的条例，都按照以往的惯例处理。” 又下令：“全面核查尚书省各部门，东昏侯时期所有判决不公的诉讼案件，以及主管官员拖延不处理的事务，要仔细审讯辨析，根据事实上奏商议。” 还下令：“收葬义军（萧衍军队）的阵亡士兵，掩埋叛军（东昏侯军队）的死者尸体。”
潘妃有倾国之色，萧衍想留下她，询问侍中、领军将军王茂的意见，王茂说：“使南齐灭亡的就是这个女人，留下她恐怕会招来外界的非议。” 于是萧衍下令在狱中缢杀潘妃，同时处死茹法珍等受宠侍从。把两千名宫女赏赐给将士。乙酉日，任命辅国将军萧宏为中护军。
萧衍东下时，豫州刺史马仙琕拥兵不依附萧衍，萧衍派他的老朋友姚仲宾去劝说，马仙琕先为姚仲宾设宴，然后在军门将他斩首示众。萧衍又派马仙琕的族叔马怀远去劝说，马仙琕说：“大义灭亲。” 又想斩杀马怀远；军中将士求情，马怀远才得以幸免。萧衍抵达新林时，马仙琕还在长江以西每天抢劫萧衍的运粮船。萧衍包围宫城后，