军主吴子阳等人率军出三关入侵北魏，九月，与北魏东豫州刺史田益宗在长风城交战，吴子阳等人战败返回。
萧懿进京救援时，萧衍派亲信虞安福快马去劝说萧懿：“平定叛乱后，你就会有无法封赏的大功。即便遇到贤明的君主，这样的功劳尚且难以立足；何况在混乱的朝廷，你凭什么保全自己！如果平定叛乱后，仍然率领军队进入皇宫，效仿伊尹、霍光废立君主的旧事，这是万世难逢的机会。如果不愿这样做，就上表请求返回历阳，借口抵御外敌，这样就能威震朝廷内外，谁敢不服从！一旦放弃兵权，接受朝廷的高官厚爵，虽然地位尊贵却没有民心，日后必定后悔。” 长史徐曜甫也苦苦劝说，萧懿都不听。
崔慧景死后，萧懿担任尚书令。他有九个弟弟：萧敷、萧衍、萧畅、萧融、萧宏、萧伟、萧秀、萧憺、萧恢。萧懿凭借大功位居朝廷高位，萧畅任卫尉，掌管宫门钥匙。当时东昏侯出入宫廷毫无节制，有人劝萧懿趁东昏侯外出时，起兵废黜他，萧懿不同意。受宠的臣子茹法珍、王咺之等人忌惮萧懿的权势，对东昏侯说：“萧懿将要效仿隆昌年间（萧鸾废郁林王）的旧事，陛下的性命危在旦夕。” 东昏侯相信了他们的话。徐曜甫得知后，秘密在江边准备好船只，劝萧懿向西逃往襄阳。萧懿说：“自古以来人都有一死，哪有尚书令背叛逃跑的道理！” 萧懿的弟弟、侄子都为他做好了防备。冬季十月己卯日，东昏侯在尚书省赐毒酒给萧懿。萧懿临死前说：“我弟弟在雍州，实在是朝廷的隐患。” 萧懿的弟弟、侄子都逃到民间躲藏，没人告发他们；只有萧融被抓获，处死。
丁亥日，北魏任命彭城王元勰为司徒，录尚书事（总领尚书省事务）；元勰坚决推辞，却未被允许。元勰一向喜好恬淡朴素，不贪图权势利益。北魏高祖（孝文帝）看重他的办事能力，所以委以重任，即便孝文帝有遗诏允许他辞官，他仍被世宗（宣武帝）挽留。元勰常常违背自己的心愿，时常悲伤叹息。他仪表俊美，端庄威严如神明，举止进退合乎礼仪，与人交谈欢笑时，观看的人都会忘记疲倦。他推崇文学历史，处理完公务后，就不停地阅读。他小心谨慎，从未有过失；即使闲居独处，也没有懈怠的神情。他敬重儒雅之士，真心实意地以礼相待。他清正节俭，家中从没有因私事拜见的人。
十一月己亥日，北魏东荆州刺史桓晖入侵南齐，攻克下笮戍，有两千多户百姓归附北魏。桓晖是桓诞的儿子。
起初，东昏侯怀疑雍州刺史萧衍有二心。直后荥阳人郑植的弟弟郑绍叔任萧衍的宁蛮长史，东昏侯派郑植以探望郑绍叔为名义，前去刺杀萧衍。郑绍叔得知后，秘密告诉了萧衍。萧衍在郑绍叔家设下宴席，调侃郑植说：“朝廷派你来谋害我，今天正好清闲宴饮，是下手的好机会啊。” 宾主大笑。萧衍又让郑植逐一参观城池、仓库、士兵、武器、战船，郑植离开后，对郑绍叔说：“雍州的实力，不容易图谋啊。” 郑绍叔说：“兄长回去后，好好对天子说：如果想攻取雍州，我郑绍叔请求率领这些人决一死战！” 郑绍叔送郑植到南岘，两人相持痛哭后分别。
等到萧懿被杀，萧衍得知消息，连夜召集张弘策、吕僧珍、长史王茂、别驾柳庆远、功曹吉士瞻等人到家中商议对策。王茂是王天生的儿子；柳庆远是柳元景弟弟的儿子。乙巳日，萧衍召集僚属说：“昏庸的君主残暴肆虐，恶行超过商纣王，我应当和你们一起除掉他！” 当天，萧衍树立军旗召集部众，得到一万多名士兵、一千多匹马、三千艘战船。他取出之前沉入檀溪的竹子、木头来装备战船，用茅草修缮船只，事情很快就办妥了。将领们争抢船橹，吕僧珍拿出之前预先准备好的船橹，每艘船分配两把，争抢才停止。
当时，南康王萧宝融任荆州刺史，西中郎长史萧颖胄代理府州事务。东昏侯派辅国将军、巴西梓潼二郡太守刘山阳率领三千士兵前往荆州赴任，让他联合萧颖胄的军队袭击襄阳。萧衍得知这个谋划，派参军王天虎前往江陵，给荆州府州的官员普遍送信，宣称：“刘山阳向西进军，要同时袭击荆州和雍州。” 萧衍于是对将领僚属说：“荆州人一向畏惧襄阳人，再加上唇亡齿寒，他们怎能不暗中与我们联合！我联合荆州、雍州的军队，大张旗鼓向东进军，即便韩信、白起复活，也无法为建康谋划；何况是让昏庸的君主指挥那些‘刀敕’之流呢！” 萧颖胄等人收到信后，犹豫不决。刘山阳抵达巴陵，萧衍又让王天虎携带书信给萧颖胄和他的弟弟南康王萧宝融的长史萧颖达。王天虎出发后，萧衍对张弘策说：“用兵之道，攻心为上。之前派王天虎去荆州，给每个人都送了信。这次派使者乘驿马加急前往，却只给萧颖胄兄弟送了两封空信，信中只写‘王天虎口头说明详情’；等他们问王天虎，王天虎却无话可说。王天虎是萧颖胄的心腹，荆州方面一定会认为萧颖胄和王天虎一起隐瞒事情，这样人人都会产生怀疑。刘山阳被众人的议论迷惑，必定会与萧颖胄互相猜忌，那么萧颖胄进退两难，无法自证清白，必然会加入我们的谋划。这就是用两封空信平定