南燕主慕容备德听说桓玄战败，命令北地王慕容钟等人率领军队，想夺取江南地区，恰逢慕容备德生病，才停止行动。
夏季，四月，己丑日（初三），武陵王司马遵进入东宫居住，朝廷内外都对他恭敬有加；任免百官的文书称为 “制书”，下达的指令称为 “令书”。任命司马休之为监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、兼任荆州刺史。
庚寅日（初四），桓玄挟持安帝到达江陵，桓石康接纳了他们。桓玄重新任命百官，任命卞范之为尚书仆射。他自认为战败逃亡后，担心政令无法推行，于是更加严厉地施行刑罚，众人更加离心离德，心怀怨恨。殷仲文劝谏，桓玄发怒说：“如今因为将领们不遵守纪律，天象也不吉利，所以才回到旧楚之地（江陵）；而你们这些小人却纷纷乱发议论！正应当用严厉的手段纠正，不能施行宽纵的政策。” 荆州、江州各郡听说桓玄流亡，有人上奏表问候他的起居，桓玄都不接受，反而命令各地官员祝贺他迁都江陵。
当初，王谧是辅佐桓玄篡位的核心大臣，桓玄接受禅让时，王谧亲手解下安帝的玉玺绶带；等到桓玄战败，众人都认为王谧应该被处死，刘裕却特意保全了他。刘毅曾经在朝会时，问王谧 “玉玺绶带在哪里”。王谧内心不安，逃奔到曲阿（今江苏镇江丹阳）。刘裕写信给武陵王司马遵，请求迎接王谧回来，恢复他的职位。
桓玄的侄子桓歆带领氐族首领杨秋侵犯历阳，魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一起击败他们，在练固（今安徽马鞍山和县西北）斩杀杨秋。
桓玄派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率领几千人，到湓口和何澹之等人会合，共同防守。何无忌、刘道规进军到桑落洲（今江西九江东北长江中），庚戌日（四月二十五日），何澹之等人率领水军迎战。何澹之平时乘坐的战船装饰着羽毛仪仗，旗帜非常显眼，何无忌说：“贼军主帅一定不在这艘船上，这是想欺骗我们，应该立即攻打它。” 众人说：“何澹之不在船上，攻占它也没用。” 何无忌说：“如今我们寡不敌众，作战不可能全胜，何澹之既然不在这艘船上，船上的士兵一定薄弱，我们用精锐士兵攻打，一定能攻占它；攻占之后，贼军的气势就会受挫，我们的士气则会倍增，趁机逼近他们，一定能击败贼军。” 刘道规说：“说得对！” 于是进军攻打，攻占了那艘战船，随即大声传令：“已经抓住何澹之了！” 何澹之的军队顿时陷入混乱。何无忌的部众也信以为真，乘胜进攻何澹之等人，大败贼军。何无忌等人攻克湓口，进军占据寻阳，派使者护送晋朝宗庙的神主返回京城…… 朝廷加授刘裕为都督江州诸军事。
桑落洲之战中，胡籓乘坐的战船被官军烧毁，胡籓穿着全套铠甲跳入水中，潜水游了三十多步，才得以登岸。当时前往江陵的道路已经断绝，他就返回豫章（今江西南昌）。刘裕一向听说胡籓为人忠诚正直，征召他担任参领军军事。
桓玄收编荆州的士兵，不到三十天，就聚集了两万人，战船、武器装备都很充足。甲寅日（四月二十九日），桓玄再次率领各路军队，挟持安帝向东进军，任命苻宏兼任梁州刺史，担任前锋；又派散骑常侍徐放先行出发，劝说刘裕等人：“如果你们能撤军解甲，我会和你们重新开始，各自授予官职，保证你们不失名分。”
刘裕任命诸葛长民为都督淮北诸军事，镇守山阳（今江苏淮安）；任命刘敬宣为江州刺史。
柔然可汗社仑的堂弟悦代大那谋划杀死社仑，没有成功，逃奔北魏。
后燕王慕容熙在龙腾苑修建逍遥宫，有几百间相连的房屋，还开凿了曲光海（人工湖）。当时正是盛夏，士兵们得不到休息，中暑而死的人超过一半。
西凉世子李谭去世。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌人孟怀玉率领部众从寻阳向西进军，五月，癸酉日（十七日），在峥嵘洲（今湖北武汉新洲西长江中）与桓玄相遇。刘毅等人的兵力不足一万，而桓玄的士兵有几万人，众人都很畏惧，想退回寻阳。刘道规说：“不行！敌众我寡，强弱形势悬殊，如今如果畏惧退缩，必定会被敌人趁机进攻，就算退回寻阳，又怎能守住呢！桓玄虽然名义上是雄豪，内心其实怯懦；再加上他之前已经战败逃亡，部众没有坚定的斗志。两军对阵决战，勇猛的将领才能取胜，胜负不在于兵力多少。” 于是指挥部众率先前进，刘毅等人也跟着进军。桓玄早就命令在大船旁系上小船，以防战败逃跑，因此部众都没有斗志。刘毅等人乘风放火，全军精锐奋勇争先，桓玄的军队大败溃散，桓玄烧毁军用物资，连夜逃跑。郭铨向刘毅投降。桓玄过去的部将刘统、冯稚等人聚集四百