不久，杨佺期、桓玄到达石头城，殷仲堪到达芜湖。司马元显从竹里飞驰返回京城，派遣丹杨尹王恺等人征发京城士人百姓数万人据守石头城抵抗他们。杨佺期、桓玄等人上表为王恭申辩，请求诛杀刘牢之。刘牢之率领北府兵驰赴京城，驻扎在新亭。杨佺期、桓玄见到后大惊失色，将军队撤回到蔡洲。朝廷不知道西部军队的虚实，殷仲堪等人拥有数万军队，遍布京郊，京城内外忧虑恐惧。
左卫将军桓修是桓冲的儿子，向司马道子进言说：“西部军队可以用游说的方法化解，我知道他们的情况。殷仲堪、桓玄以下，都专倚仗王恭，王恭既然已经被消灭，西部军队沮丧恐惧。现在如果用重利引诱桓玄和杨佺期，二人内心必定欢喜；桓玄能控制殷仲堪，杨佺期可以让他倒戈，攻取殷仲堪了。”司马道子采纳了他的建议，任命桓玄为江州刺史。召郗恢回朝任尚书，任命杨佺期代郗恢为都督梁、雍、秦三州诸军事、雍州刺史。任命桓修为荆州刺史，暂时兼领左卫文武所属部队前往镇守，又命令刘牢之派遣一千人护送桓修。贬黜殷仲堪为广州刺史，派遣殷仲堪的叔父太常殷茂宣示诏书，敕令殷仲堪撤回军队。
张骧的儿子张超收集三千多家占据南皮，自己号称乌桓王，抢掠各郡。北魏国王拓跋珪命令庾岳讨伐他。
杨轨驻扎在廉川，收集夷人、汉人，部众达到一万多人。王乞基对杨轨说：“秃发氏才能高而兵力强盛，而且是我王乞基的主人，不如归附他。”杨轨于是派遣使者向西平王秃发乌孤投降。杨轨不久被羌人酋长梁饥打败，向西逃奔亻零海，袭击乙弗鲜卑部落并占据了他们的地区。秃发乌孤对群臣说：“杨轨、王乞基向我归附诚心，你们不迅速救援，使他们被羌人打败，我非常惭愧。”平西将军浑屯说：“梁饥没有经略远大的谋略，可以一战就擒获。”
梁饥进攻西平，西平人田玄明抓住太守郭幸而取代他，率军抵抗梁饥，派遣儿子到秃发乌孤那里作人质。秃发乌孤想救援他，群臣畏惧梁饥兵力强大，大多犹豫不决。左司马赵振说：“杨轨刚刚失败，吕氏正强大，洪池以北，没有希望夺取。岭南五郡，或许可以攻取。大王如果没有开拓疆土的志向，我赵振不敢说什么；如果想经营四方，这个机会不可失去。如果让羌人得到西平，汉族和夷族都会震动，这不是我们的利益。”秃发乌孤高兴地说：“我也想乘机建立功业，怎么能坐守穷山沟呢！”于是对群臣说：“梁饥如果得到西平，据守山河，就不能再控制他了。梁饥虽然骁勇凶猛，但军令不整，容易攻破。”于是进军攻击梁饥，大败梁饥。梁饥退守龙支堡。秃发乌孤进攻，攻克龙支堡，梁饥单人匹马逃奔浇河，秃发乌孤俘虏斩杀数万人，任命田玄明为西平内史。乐都太守田瑶、湟河太守张裯、浇河太守王稚都献出郡城投降，岭南羌人、胡人数万部落都归附秃发乌孤。
西秦王乞伏乾归派遣秦州牧乞伏益州、武卫将军慕兀、冠军将军翟瑁率领骑兵二万人讨伐吐谷浑。
冬季，十月，癸酉（十四日），后燕群臣再次奉上皇帝尊号，丙子（十七日），长乐王慕容盛开始即皇帝位，大赦天下，尊奉皇后段氏为皇太后，太妃丁氏为献庄皇后。当初，在兰汗执政时，慕容盛跟随燕主慕容宝出逃，兰妃（慕容盛妃，兰汗女）侍奉丁后更加谨慎。等到兰汗被杀，慕容盛认为兰妃应当连坐，想杀了她；丁后因为兰妃有保全的功劳，坚决为她争辩，得以免死，但最终没有立为皇后。
（慕容盛）大赦天下。
殷仲堪得到诏书，大怒，催促桓玄、杨佺期进军。桓玄等人对朝廷的任命感到高兴，想接受，犹豫不决。殷仲堪听说后，急忙从芜湖南下返回，派遣使者告谕蔡洲的军士说：“你们不各自散伙回家，等我到了江陵，把你们全家杀光。”杨佺期的部将刘系率领二千人率先返回。桓玄等人非常恐惧，狼狈地向西撤退，追赶殷仲堪到寻阳，才追上他。殷仲堪既然失去了荆州刺史的职务，倚靠桓玄等人作为援手，桓玄等人也需要殷仲堪的军队，虽然内部互相猜疑阻碍，但形势上不得不联合。于是用子弟交换作为人质，壬午（二十三日），在寻阳结盟，都不接受朝廷的命令，联名上疏申诉王恭的冤屈，请求诛杀刘牢之和谯王司马尚之，并诉说殷仲堪无罪，唯独他被降职贬黜。朝廷非常畏惧他们，内外骚动不安。于是又罢免桓修，将荆州交还殷仲堪，下诏优抚劝谕，以求和解，殷仲堪等人这才接受诏书。御史中丞江绩弹劾桓修专为自己打算，疑惧贻误朝廷，下诏免去桓修的官职。
当初，桓玄在荆州时，行为豪奢放纵。殷仲堪的亲信党羽都劝殷仲堪杀了他，殷仲堪不听。等到在寻阳，倚仗他的声望门第，推举桓玄为盟主，桓玄更加骄傲自负。杨佺期为人骄横凶悍，桓玄常常把他当作寒士来压制。杨佺期非常怨恨，秘密劝说殷仲堪，认为桓玄终究是祸患，请求在结盟的地方袭击他。殷仲堪顾忌杨佺期兄弟勇