会稽王世子司马元显对司马道子说：“上次不讨伐王恭，所以有今天的灾难。现在如果再放纵他的欲望，那么太宰（司马道子）的灾祸就要到了。”司马道子不知如何是好，将事情全部委托给司马元显，自己每天只是狂饮美酒而已。司马元显聪明机警，粗略涉及文章义理，志向气概果敢敏锐，把天下的安危作为自己的责任。依附他的人都说司马元显英明威武，有晋明帝的风度。
殷仲堪听说王恭起兵，因为自己去年没有按期出兵，于是集结军队迅速出发。殷仲堪一向不熟悉军事，把军事全部委托给南郡相杨佺期兄弟，派杨佺期率领水军五千人为前锋，桓玄紧随其后，殷仲堪自己率领兵士二万人，相继顺流东下。杨佺期自认为他的祖先从东汉太尉杨震一直到他的父亲杨亮，九代都以才能德行着名，夸耀自己的门第，认为江东没有人能比。有人把他比作王珣，杨佺期还愤恨不平。当时的社会名流因为杨家过江较晚，婚姻仕宦与士族不同，杨佺期和哥哥杨广、弟弟杨思平、堂弟杨孜敬都性格粗犷，经常受到排挤压抑。杨佺期常常慷慨激昂，咬牙切齿，想找个机会来施展他的志向，所以也赞成殷仲堪的谋划。
八月，杨佺期、桓玄突然到达湓口。王愉没有防备，惊慌失措地逃奔临川，桓玄派遣偏军追击并抓获了他。
后燕任命河间公慕容熙为侍中、车骑大将军、中领军、司隶校尉，城阳公慕容元为卫将军。慕容元是慕容宝的儿子。又任命刘忠为左将军，张豪为后将军，都赐姓慕容氏。李旱为中常侍、辅国将军，卫双为前将军，张顺为镇西将军、昌黎尹，张真为右将军；都封为公爵。
乙亥（八月十五日），后燕步兵校尉马勤等人阴谋反叛，被处死；事情牵连到骠骑将军高阳公慕容崇、慕容崇的弟弟东平公慕容澄，都被赐死。
东晋宁朔将军邓启方、南阳太守闾丘羡率领军队二万人攻打南燕，与南燕中军将军慕容法、抚军将军慕容和在管城交战，邓启方等人兵败，单人匹马逃脱。
北魏国王拓跋珪命令有关部门确定京城的区域，标注道路的里程，统一度量衡的标准；派遣使者到各郡国巡视，举报不守法的守宰，由拓跋珪亲自考察加以罢黜或提升。
九月，辛卯（初二），东晋朝廷加授会稽王司马道子黄钺，任命世子司马元显为征讨都督，派遣卫将军王珣、右将军谢琰率军讨伐王恭，谯王司马尚之率军讨伐庾楷。
乙未（初六），后燕任命东阳公慕容根为尚书令，张通为左仆射，卫伦为右仆射，慕容豪为幽州刺史，镇守肥如。
己亥（初十），谯王司马尚之在牛渚大败庾楷，庾楷单人匹马投奔桓玄。会稽王司马道子任命司马尚之为豫州刺史，弟弟司马恢之为骠骑司马、丹杨尹，司马允之为吴国内史，司马休之为襄城太守，各自拥有兵马作为自己的援手。乙巳（十六日），桓玄在白石大败朝廷军队。桓玄与杨佺期进军到横江，司马尚之撤退逃走，司马恢之所率领的水军全部覆没。丙午（十七日），司马道子屯守中堂，司马元显守卫石头城，己酉（二十日），王珣守卫北郊，谢琰屯兵宣阳门，来防备叛军。
王恭一向凭才能门第凌驾于人，既已杀了王国宝，自认为威信没有不行的事，依靠刘牢之作为爪牙，却只把他当作部曲将对待，刘牢之对自己的才能很自负，深感耻辱和怨恨。司马元显知道这种情况，派遣庐江太守高素游说刘牢之，让他背叛王恭，许诺事成之后就将王恭的职位名号授给他；又把司马道子的信送给刘牢之，向他陈述祸福利害。刘牢之对他的儿子刘敬宣说：“王恭从前蒙受先帝的大恩，现在是皇帝的舅舅，不能辅佐拥戴王室，多次举兵指向京城，我不能确定王恭的志向，事情成功之后，他一定能屈居于天子、相王之下吗？我想奉朝廷的威严灵命，以顺讨逆，怎么样？”刘敬宣说：“朝廷虽然没有周成王、周康王那样完美，也没有周幽王、周厉王那样残暴；而王恭仗恃他的军队威势，粗暴蔑视王室。父亲大人与他并非骨肉之亲，又没有君臣之义，虽然共事一段时间，但感情并不融洽，今天讨伐他，在情义上有什么不可以！”
王恭的参军何澹之知道了他们的阴谋，报告王恭。王恭因为何澹之一向与刘牢之有矛盾，不相信。于是设置酒宴邀请刘牢之，在众人面前拜他为兄，将精兵坚甲全部配备给他，让他率领帐下督颜延作为前锋。刘牢之到达竹里，杀死颜延向朝廷投降；派遣刘敬宣和他的女婿东莞太守高雅之返回袭击王恭。王恭正在城外炫耀兵力，刘敬宣率领骑兵横向攻击他，王恭的军队全部溃败。王恭将要进城，高雅之已经关闭城门。王恭单人匹马逃奔曲阿，他平时不习惯骑马，大腿内侧磨伤了。曲阿人殷确是王恭过去的部下，用船载着王恭，准备投奔桓玄，到达长塘湖，被人告发，抓获了他，押送到京城，在倪塘斩首。王恭临刑时，还在梳理胡须鬓发，神色自如，对行刑的人说：“我错在相信别人，所以落到这个地步，但追究我的本