刁协、刘隗兵败后入宫，于太极殿东阶见元帝。元帝执二人手流泪呜咽，劝其避祸。刁协说：“臣当守节至死，不敢有二心。”元帝说：“今事态紧急，岂能不走！”于是赐予人马令其自寻生路。刁协年老不堪骑乘，素无恩信，招募的随从皆弃之而去，行至江乘被人所杀，送首级于王敦。刘隗投奔后赵，官至太子太傅而终。
元帝命公卿百官赴石头见王敦。王敦对戴渊说：“前日之战，尚有余力否？”戴渊答：“岂敢言余，但力不足耳！”王敦问：“我今此举，天下以为如何？”戴渊说：“见表象者谓之逆，体察诚心者谓之忠。”王敦笑说：“卿可谓善言。”又对周顗说：“伯仁，你负我！”周顗答：“公举兵逆天，我亲率六军未能克敌，致王师败绩，故此负公。”
辛未日（十八日），大赦天下。任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧，封武昌郡公；王敦推辞不受。
当初西晋覆亡时，四方劝晋元帝即位。王敦欲专国政，忌元帝年长难制，欲另立幼主，王导不从。及至王敦攻占建康，对王导说：“当初不听我言，几至灭族。”
王敦因太子司马绍有勇略深得人心，欲诬其不孝而废之。召百官集会，问温峤：“皇太子以何德着称？”声色俱厉。温峤答：“太子深谋远虑非浅见能测。以礼观之，可谓孝矣。”众人皆以为然，王敦图谋遂止。
元帝于广室召见周顗说：“近日大事，二宫（帝与太子）无恙，众人平安，大将军是否副众望？”周顗答：“二宫固然如诏所示，臣等命运尚未可知。”护军长史郝嘏等劝周顗避王敦，周顗说：“我既为大臣，岂能于朝廷危亡之际苟活草莽或投奔胡越！”
王敦参军吕猗曾任台郎，性奸谄，戴渊任尚书时厌恶之。吕猗劝王敦：“周顗、戴渊名高惑众，近日言语毫无愧色。公不除之，恐有后忧。”王敦素忌二人之才，心生杀意，闲问王导：“周、戴南北具望，应任三公无疑吧？”王导不答。又问：“若不任三公，莫非应为令仆？”仍不答。王敦说：“若不任用，便该诛杀！”王导依旧不答。丙子日（二十三日），王敦派部将陈郡人邓岳逮捕周顗、戴渊。此前王敦对谢鲲说：“我当以周伯仁为尚书令，戴若思（戴渊字）为仆射。”是日又问谢鲲：“近来人心如何？”谢鲲说：“明公之举虽为存社稷，然众人实未解高义。若能任用周、戴，则人心帖然。”王敦怒道：“君太糊涂！二人名不副实，我已收捕！”谢鲲愕然失语。参军王峤说：“‘济济多士，文王以宁’，奈何诛杀名士！”王敦大怒欲斩王峤，无人敢言。谢鲲说：“明公举大事不戮一人。王峤因进言忤旨便以之衅鼓，岂非过分！”王敦遂释王峤，贬为领军长史。王峤是王浑族孙。
周顗被押经太庙，大呼：“贼臣王敦倾覆社稷，枉杀忠臣！神灵有知当速杀之！”押卒以戟伤其口，血流至足，周顗容色不变，观者皆为流泪。与戴渊同被杀于石头城南门外。
元帝派侍中王彬犒劳王敦。王彬素与周顗交好，先往哭祭周顗，再见王敦。王敦见其面色凄惨，问之。王彬说：“刚哭伯仁，情难自抑。”王敦怒道：“周伯仁自招刑戮；况且常人待你平平，何必哀哭？”王彬说：“伯仁长者，是兄亲友；在朝虽非耿直敢言，亦非阿附之徒。大赦后竟遭极刑，故此悲伤。”继而勃然斥责王敦：“兄举兵逆天，杀戮忠良，图谋不轨，祸将及门！”辞气慷慨，声泪俱下。王敦大怒厉声道：“你狂妄至此，以为我不敢杀你吗！”时王导在座，深恐王彬遇害，劝其谢罪。王彬说：“我脚痛不能跪拜！况且有何可谢！”王敦说：“脚痛比得颈痛吗！”王彬毫无惧色，终不跪拜。
王导后来清理中书文件，方见周顗救己之表，执之流泪说：“我虽不杀伯仁，伯仁由我而死。幽冥之中，负此良友！”
沈充攻取吴国，杀内史张茂。
当初王敦闻甘卓起兵，大惧。甘卓兄子甘卬任王敦参军，王敦派甘卬归告甘卓：“君此举是为臣节，我不责怪。我实因家计危急不得不尔。望即回军襄阳，你我重修旧好。”甘卓虽慕忠义，但性多疑寡断，驻军猪口欲待各方同进，滞留数十日不前。王敦得建康后，派台使持驺虞幡（停战旗）至甘卓军令其退兵。甘卓闻周顗、戴渊死讯，流泪对甘卬说：“我所忧者正是今日。若圣上安康太子无恙，我据王敦上游，他未必敢危社稷。我若直取武昌，王敦情急必劫天子以绝天下之望，不如回襄阳再图后举。”即命退兵。都尉秦康与乐道融劝甘卓：“今分兵断彭泽使王敦上下不得相顾，其众自散，可一战擒之。将军起义兵而中止，实不可取。况且部下