河间王司马颙驻军在郑县，作为东军的声援，听说刘沈起兵，回镇渭城，派督护虞遵夔在好畦迎战。夔兵败，司马颙恐惧，退入长安，紧急召回张方。张方抢掠洛阳官府私人的奴婢一万多人西归。军中缺粮，就杀人混杂牛马肉吃。
刘沈渡过渭水驻军，与司马颙交战，司马颙多次失败。刘沈派安定太守衙博、功曹皇甫澹带领五千精兵袭击长安，攻入城门，奋力战斗到司马颙帐下。刘沈的援兵来迟了，冯翊太守张辅见他们没有后继，带兵横击，杀死衙博和皇甫澹，刘沈的军队于是失败，收集残兵退走。张方派部将敦伟夜袭，刘沈军队惊散溃败，刘沈和部下南逃，被追兵抓获。刘沈对司马颙说：“知己的恩惠轻，君臣的道义重，我不能违背天子的诏令，衡量强弱苟且保全。奋起的时候，就期望必死，被剁成肉酱的杀戮，我也觉得甜如荠菜。”司马颙发怒，用鞭子抽打后腰斩。新平太守江夏人张光多次为刘沈出谋划策，司马颙抓住他责问，张光说：“刘雍州不用我的计策，所以让大王能有今天！”司马颙认为他壮烈，拉他一起欢宴，上表任命为右卫司马。
罗尚逃到江阳，派使者上表陈述情况，诏令罗尚暂时统领巴东、巴郡、涪陵以供应军赋。罗尚派别驾李兴向镇南将军刘弘求粮，刘弘的僚属因为运输道路阻远，而且荆州自己也空乏，想给零陵米五千斛。刘弘说：“天下是一家，彼此没有区别，我现在给他粮食，就没有西顾之忧了。”于是给三万斛粮食，罗尚靠此生存。李兴愿留下当刘弘的参军，刘弘夺过他的手版遣送他回去。又派治中何松带兵驻守巴东作为罗尚的后援。当时在荆州的流民有十多万户，寄居贫困，大多成为盗贼，刘弘大量供给他们田地种子粮食，提拔贤才，根据资历任用，流民于是安定。
二月，乙酉（十七日），丞相司马颖上表废黜皇后羊氏，幽禁在金墉城，废黜皇太子司马覃为清河王。
陈敏与石冰交战几十次，石冰部众是陈敏的十倍，陈敏攻击，所向都胜，于是与周玘在建康合攻石冰。三月，石冰向北逃走，投奔封云，封云的司马张统杀了石冰和封云投降，扬、徐二州平定。周玘、贺循都遣散部众回家，不提功劳奖赏。朝廷任命陈敏为广陵相。
河间王司马颙上表请求立丞相司马颖为皇太弟。戊申（疑误，三月无戊申），诏令任命司马颖为皇太弟，都督中外诸军事，丞相照旧。大赦天下。皇帝的车驾服饰都迁到邺城，制度完全依照魏武帝的旧例。任命司马颙为太宰、大都督、雍州牧；前太傅刘实为太尉。刘实因为年老，坚决推辞不接受。皇太弟司马颖超越本分奢侈日益严重，宠幸小人当权，大失众望。司空东海王司马越，和右卫将军陈眕，以及长沙王旧将上官巳等谋划讨伐他。秋季，七月，丙申朔（初一），陈眕率兵进入云龙门，用诏书召三公百官到殿中，戒严讨伐司马颖，石超逃回邺城。戊戌（初三），大赦天下，恢复皇后羊氏和太子司马覃的地位。己亥（初四），司马越侍奉皇帝北征。任命司马越为大都督。征召前侍中嵇绍到行营。侍中秦准对嵇绍说：“现在去，安危难测，你有好马吗？”嵇绍严肃说：“臣子护卫皇帝车驾，生死以之，要好马干什么！”
司马越传檄召集四方军队，赴援的人云集，等到安阳时，部众十几万，邺中震惊恐惧。司马颖召集僚属询问计策，东安王司马繇说：“天子亲自征伐，应该卸甲穿白衣出迎请罪。”司马颖不听从，派石超率部众五万迎战。折冲将军乔智明劝司马颖奉迎皇帝车驾，司马颖发怒说：“你名为了解事理，投身侍奉我；现在主上被群小逼迫，你怎么想让我束手就刑呢！”
陈眕的两个弟弟陈匡、陈规从邺城赶到行营，说邺中都已经离散，因此不太设防。己未（二十四日），石超军队突然到来，皇帝在荡阴战败，脸颊受伤，中了三箭，百官侍从都逃散。嵇绍穿上朝服，下马登上皇帝车驾，用身体护卫皇帝，士兵把嵇绍拉到车辕中砍杀。皇帝说：“是忠臣，不要杀！”士兵回答：“奉皇太弟令，只不侵犯陛下一人而已！”于是杀了嵇绍。血溅到皇帝衣服上。皇帝掉在草丛中，丢失了六颗玺印。石超侍奉皇帝到他的军营，皇帝非常饿，石超进水，左右侍从献上秋桃。司马颖派卢志迎接皇帝；庚申（二十五日），进入邺城。大赦天下，改年号为建武。左右想洗皇帝衣服。皇帝说：“嵇侍中的血，不要洗！”
陈眕、上官巳等侍奉太子司马覃守卫洛阳。司空司马越逃奔下邳，徐州都督东平王司马楙不接纳，司马越直接回东海。皇太弟司马颖因为司马越的哥哥弟弟是宗室中有声望的人，下令招抚，司马越不接受命令。前奋威将军孙惠上书劝司马越结交藩镇，共同辅佐王室。司马越任命孙惠为记室参军，参与谋划议事。北军中候苟曦投奔范阳王司马虓，司马虓承制任命苟曦代理兖州刺史。
当初，三王起兵讨伐赵王司马伦时，