马日磾的灵柩运回京师，朝廷商议要给他加礼厚葬，孔融说：“马日磾身为上公（太傅）之尊，手持天子符节出使，却曲意谄媚奸臣（指李傕），被奸臣所控制。王室大臣，怎能以被胁迫为借口！皇上哀怜老臣，不忍心追究，但也不应再加礼遇。”朝廷采纳了他的意见。金尚的灵柩运回京师，献帝下诏百官祭奠吊唁，任命他的儿子金玮为郎中。
冬季，十一月，曹操再次攻打张绣，攻占湖阳（今河南唐河南），活捉刘表部将邓济；又进攻舞阴（今河南泌阳西北），将其攻克。
韩暹、杨奉在下邳一带，侵扰徐州、扬州地区，军队饥饿困乏，向吕布告辞，想去荆州；吕布不答应。杨奉知道刘备与吕布有旧怨，便暗中与刘备联络，想联合攻打吕布；刘备假装答应。杨奉率军到沛县，刘备请他进城，宴饮不到一半，刘备在座位上命人绑了杨奉，将他处死。韩暹失去杨奉，势单力孤，带着十几个骑兵逃往并州，被抒秋（今安徽砀山）县令张宣杀死。胡才、李乐留在河东郡，胡才被仇家杀死，李乐自己病死了。郭汜被他的部将伍习杀死。
颍川人杜袭、赵俨、繁钦避乱荆州，刘表都以宾客之礼相待。繁钦多次在刘表面前展现才华，杜袭开导他说：“我和你一起来荆州的原因，只是想保全性命等待时机，难道认为刘表是能拨乱反正的明主，值得托付终身吗！你如果不停地显露才能，就不是我的朋友了，我与你绝交！”繁钦感慨地说：“我接受您的劝告！”等到曹操迎奉天子定都许县，赵俨对繁钦说：“曹镇东（曹操时任镇东将军）必定能匡济华夏，我知道该归附谁了！”于是返回许县投奔曹操，曹操任命赵俨为朗陵县（今河南确山西南）长。阳安都尉、江夏人李通的妻子的伯父犯法，赵俨将他逮捕判处死刑。当时生杀大权掌握在州牧郡守手中，李通的妻子儿女号哭着请求饶命。李通说：“我正与曹公同心协力，按道义不能因私废公！”他反而称赞赵俨执法不阿，与赵俨结为好友。
汉献帝建安三年（戊寅年，公元198年）
春季，正月，曹操回到许县。三月，准备再次攻打张绣。荀攸说：“张绣与刘表互相依靠才显得强大；然而张绣是流动部队，依靠刘表供应粮草，刘表无法长期满足他，双方势必会分裂。不如暂缓进军等待他们关系破裂，可以诱使张绣自己来降；如果逼得太急，他们势必互相救援。”曹操不听，进军将张绣包围在穰城。
夏季，四月，派谒者仆射裴茂携带诏书命令关中诸将段煨等人讨伐李傕，诛灭李傕三族。任命段煨为安南将军，封阌乡侯。
当初，袁绍每次接到诏书，担心对自己不利，想把天子迁到自己身边，派人游说曹操，说许县地势低洼潮湿，洛阳又残破不堪，应该迁都到鄄城（今山东鄄城北），那里接近袁绍控制区，物资充足；曹操拒绝了。田丰劝袁绍说：“迁都的计策既然不被采纳，就应该及早图谋许都，奉迎天子，然后假借天子诏书号令天下，这是上策。不这样做，最终会被人控制，后悔也来不及了。”袁绍不听。恰逢袁绍的逃兵投奔曹操，说田丰曾劝袁绍袭击许都，曹操便解除对穰城的包围，撤军返回。张绣率军追击。五月，刘表派兵援救张绣，驻守安众（今河南邓州东北），据守险要切断曹军退路。曹操写信给荀彧说：“我到安众后，一定能打败张绣。”等到了安众，曹操军队前后受敌，曹操便连夜在险要处开凿地道假装逃走。刘表、张绣率领全部军队前来追击，曹操安排伏兵突然从步骑两面夹攻，大败刘表、张绣联军。后来，荀彧问曹操：“您先前预料敌军必败，根据是什么？”曹操说：“敌人阻挡我们撤退的军队，又把我们置于死地（指前有安众守军，后有追兵），因此我知道必胜。”张绣追击曹操时，贾诩劝阻说：“不能追，追必败。”张绣不听，进兵交战，果然大败而回。贾诩登上城楼对张绣说：“赶快再去追击，再战必胜。”张绣道歉说：“没听您的话，才落到这地步，如今已经败了，为什么还要去追？”贾诩说：“战场形势已发生变化，赶快去追！”张绣一向信任贾诩，便收拾残兵再去追击，与曹军交战，果然得胜而归。于是问贾