冬季，十月庚子日，阜陵质王刘延去世。
这一年，九个郡国发生严重水灾。
永元二年（庚寅，公元90年）
春季，正月丁丑日，大赦天下。
二月壬午日，发生日食。
夏季，五月丙辰日，封皇弟刘寿为济北王，刘开为河间王，刘淑为城阳王；将前淮南顷王刘歙的儿子刘侧封为常山王（继承其父王爵）。
窦宪派遣副校尉阎盘率领二千多骑兵袭击驻守伊吾的北匈奴军队，重新夺取了该地。车师国（今新疆吐鲁番一带）震惊恐惧，前王、后王各派王子到汉朝充当人质。
月氏国（今中亚阿姆河流域）请求娶汉朝公主，班超拒绝并遣返月氏使者，月氏因此怨恨，派其副王谢率领七万大军进攻班超。班超兵力少，部下都非常恐惧；班超开导士兵说：“月氏兵虽然多，但跋涉数千里翻越葱岭（今帕米尔高原）而来，没有后勤运输，有什么可忧虑的！我们只需坚守城池，他们饥饿困穷自然会投降，不过几十天就能见分晓了！”谢于是进攻班超，未能攻克，四处抢掠又一无所获。班超估计他们的粮食快吃完了，必定会向龟兹求援，就派兵数百人在东路拦截。谢果然派骑兵带着金银珠宝去贿赂龟兹，班超的伏兵拦击，将使者全部杀死，拿着使者的头颅给谢看。谢大惊，立即派使者前来请罪，希望能让他们活着回去，班超放他们走了。月氏因此受到极大震动，每年都向汉朝进贡。
当初，北海哀王刘基没有后代，章帝因齐武王刘演（光武帝兄）首倡反莽大业而其后代封国断绝，心中常感怜悯，遗诏命令恢复齐国、北海国两个封国。丁卯日，封芜湖侯刘无忌（刘演曾孙）为齐王，北海敬王刘睦的庶子刘威为北海王。
六月辛卯日，中山简王刘焉去世。刘焉是东海恭王刘强的同母弟，而窦太后是刘强的外甥女（窦太后母亲是刘强女儿沘阳公主）；所以特别赐予助丧钱一亿，大修坟墓，削平官吏百姓的坟墓数以千计，施工的有一万多人，共征发扰动了六个州十八个郡。
朝廷下诏封窦宪为冠军侯，窦笃为郾侯，窦瓌为夏阳侯；只有窦宪不肯接受封爵。
秋季，七月乙卯日（按：七月无乙卯，疑日期有误），窦宪出兵驻扎凉州，任命侍中邓叠代理征西将军职务作为副手。
北单于因汉朝送还其入侍的弟弟，九月，再次派使者到边塞表示臣服，并请求入京朝见。冬季十月，窦宪派班固、梁讽前往迎接。适逢南单于再次上书请求消灭北匈奴王庭，于是南单于派遣左谷蠡王师子等人率领左右两部八千骑兵从鸡鹿塞出塞，中郎将耿谭派遣从事率领汉军监护，袭击北单于。夜晚到达，包围了北单于，北单于受伤，仅以身免，汉军俘获北单于的阏氏（皇后）及其子女五人，斩杀八千人，俘虏数千人。班固到达私渠海后返回。这时，南匈奴部众日益强盛，拥有三万四千户，能当兵作战的有五万人。
永元三年（辛卯，公元91年）
春季，正月甲子日，和帝（刘肇）采用曹褒制定的新礼仪，举行冠礼（成年礼）；提升曹褒为羽林左骑监。
窦宪认为北匈奴势力微弱，想趁机将其消灭，二月，派遣左校尉耿夔、司马任尚从居延塞（今内蒙古额济纳旗东南）出塞，在金微山（今阿尔泰山）包围了北单于，大败北匈奴军，俘虏了北单于的母亲阏氏、亲王以下五千多人，北单于逃走，不知去向。汉军出塞五千多里后班师，这是自汉朝出兵以来从未到达过的地方。朝廷封耿夔为粟邑侯。
窦宪立下大功之后，威名更加显赫，他以耿夔、任尚等为爪牙，邓叠、郭璜为心腹，班固、傅毅等人掌管文书，各州刺史、郡太守、县令，大多出自他的门下，这些人竞相搜刮官吏百姓，一起贿赂窦宪。司徒袁安、司空任隗弹劾各二千石官员以及牵连到的人，被贬官免职的达四十多人，窦氏集团十分痛恨；但袁安、任隗一向品行高尚，窦氏也无法加害他们。尚书仆射乐恢，检举弹劾无所回避，窦宪等人非常痛恨他。乐恢上书说：“陛下年轻，继承帝业，各位舅父（指窦宪兄弟）不应干预把持王室，向天下显示私心。当今的上策是，皇上应以大义自行割舍亲情，臣下应以谦让主动引退，四位国舅（窦宪、窦笃、窦景、窦瓌）就可以长久保持封爵国土的荣耀，皇太后也可以永远没有辜负宗庙的忧虑，这实在是上上之策。”奏书呈上，未被理睬。乐恢称病请求退休，返回故乡长陵；窦宪暗中指使州郡官员胁迫乐恢服毒自杀。于是朝廷大臣震惊恐惧，望风承旨，无人敢违抗窦氏。袁安因皇帝年幼势弱，外戚专权，每当朝会进见以及与公卿谈论国家大事时，无不呜咽流泪；从天子到大臣，都依赖他。
冬季，十月癸未日，和帝巡幸长安，下诏寻求萧何、曹参的近亲中适合做他