闰四月，西域假司马班超率领疏勒、康居、于窴、拘弥等国军队一万人进攻姑墨国的石城，攻破该城，斩杀七百人。
冬天，十二月十一日（丁酉），任命马防为车骑将军。
武陵郡漊中地区的蛮人反叛。
这一年，有关部门奏请遣送广平王刘羡、巨鹿王刘恭、乐成王刘党前往封国就位。章帝天性友爱深厚，不忍心与诸亲王分离，于是将他们全都留在京城。
汉章帝建初四年（己卯年，公元79年）
春天，二月五日（庚寅），太尉牟融去世。
夏天，四月四日（戊子），立皇子刘庆为太子。
四月五日（己丑），改封巨鹿王刘恭为江陵王，汝南王刘畅为梁王，常山王刘昞为淮阳王。
四月七日（辛卯），封皇子刘伉为千乘王，刘全为平春王。
有关部门接连依据旧典，请求章帝赐封各位舅父。章帝因全国丰收，四方边境太平无事，四月十九日（癸卯），便封卫尉马廖为顺阳侯，车骑将军马防为颍阳侯，执金吾马光为许侯。太后听到消息后说：“我年轻的时候，只羡慕古人青史留名，不顾虑性命。如今虽然老了，仍然警惕贪得无厌（戒之在得），所以日夜警惕，想着自我减损，希望遵循此道，不辜负先帝。所以劝导兄弟，共同抱定这个志向，想让我在瞑目之日，不再有什么遗憾，想不到老年的志向还是不能遵从！我死后将永远怀恨了！”马廖等人都辞让爵位，只愿做关内侯，章帝不许。马廖等人不得已接受了封爵，但上书请求辞去官职，章帝应允。五月六日（丙辰），马防、马廖、马光都以特进身份离开朝廷，返回府第。
五月二十四日（甲戌），任命司徒鲍昱为太尉，南阳太守桓虞为司徒。六月三日（癸丑），皇太后马氏驾崩。章帝既然由马太后抚养长大，便专以马氏为外家（母族），所以贾贵人不能登上太后高位，贾氏亲族没有受到恩宠尊荣的。等到太后驾崩，章帝只给贾贵人增加了王赤绶（贵人印绶的一种），安车（可坐乘的小车）一辆，永巷（宫庭）宫女二百人，御府（掌管宫廷财物的官署）杂色帛二万匹，大司农（掌管国家财政）黄金一千斤，钱二千万而已。
秋天，七月九日（壬戌），安葬明德皇后（马皇后）。
校书郎杨终建议说：“宣帝曾广泛征召儒生，在石渠阁讨论审定《五经》。如今天下太平，学者得以完成学业，但那些只知分析章节句读的儒生，破坏了儒家经典的根本大义。应当依照石渠阁的先例，永久作为后世准则。”章帝采纳了他的建议。冬天，十一月十一日（壬戌），章帝下诏给太常：“将军、大夫、博士、郎官以及众儒生，在白虎观集会，讨论《五经》的异同。”命五官中郎将魏应代表皇帝发问，侍中淳于恭向皇帝奏报，章帝亲自到场裁决，将讨论结果汇编成《白虎议奏》。着名儒者丁鸿、楼望、成封、桓郁、班固、贾逵以及广平王刘羡都参与了此会。班固是班超的哥哥。
汉章帝建初五年（庚辰年，公元80年）
春天，二月初一（庚辰朔），发生日食。章帝下诏，令各地推举直言极谏的士人。
荆州、豫州各郡军队讨伐漊中蛮人，打败了他们。
夏天，五月三日（辛亥），章帝下诏说：“朕殷切盼望正直的士人，侧席而坐（虚位以待）以求听到不同的言论。先到的几位，各自已经抒发愤懑，朕略知大夫们的志向了。都想把他们安排在朕的身边，以备顾问咨询。建武年间的诏书又说：‘尧用任职来考察臣子，不只是靠言语和文书。’如今地方官多有缺额，都可以从应诏的人中补任。”
五月二十日（戊辰），太傅赵熹去世。
班超想完成平定西域的事业，上书请求派兵说：“臣私下看到先帝（明帝）打算开通西域，所以北击匈奴，西派使者出使外国，鄯善、于窴很快归顺。如今拘弥、莎车、疏勒、月氏、乌孙、康居等国又愿意归附，想合力消灭龟兹，打通通往汉朝的道路。如果拿下龟兹，那么西域尚未归服的不过百分之一罢了。前代议论者都说：‘争取西域三十六国，等于斩断匈奴的右臂。’如今西域各国，从太阳落山的地方起，无不向往归化，大小国家欢欣鼓舞，不断进贡，只有焉耆、龟兹没有服从。臣先前与部下三十六人奉命出使绝域，历尽艰难险阻。自从孤守疏勒，至今已有五年，对于胡夷的情况，臣颇为熟悉。询问西域各国大小城邦，都说‘依靠汉朝如同依靠上天一样’。由此证明，葱岭（帕米尔高原）可以打通，龟兹可以讨伐。如今应拥立龟兹在汉朝作人质的王子白霸为龟兹国王，派几百名步兵骑兵护送他回去，与西域各