宰相李吉甫痛恨他们言辞耿直，哭着向皇上告状，还说“裴垍、王涯复核考卷，皇甫湜是王涯外甥，王涯不提前说明，裴垍也没异议”。皇上不得已，罢免裴垍、王涯翰林学士之职，裴垍改任户部侍郎，王涯改任都官员外郎，韦贯之贬为果州刺史。几天后，韦贯之又贬巴州刺史，王涯贬虢州司马。乙亥日，杨於陵也因阅卷无异议，调任岭南节度使。牛僧孺等人长期得不到调任，都接受藩镇征召任职。
（注：牛僧孺是牛弘七世孙，李宗闵是李元懿玄孙，韦贯之是韦福嗣六世孙，皇甫湜是睦州新安人）
丁丑日，朝廷废除五月初一在宣政殿举行朝贺的制度。
任命荆南节度使裴均为右仆射。裴均向来依附宦官显贵，做了仆射便骄傲自大，入朝时曾越位站立。御史中丞卢坦示意他退回原位，他不肯。卢坦说：“从前姚南仲任仆射时从不敢这样。”（原文此处有脱漏）
戊戌日，中书侍郎、同平章事李吉甫，以同平章事身份兼任淮南节度使。
河中、晋绛节度使、邠宣公杜黄裳去世。
冬十二月庚戌日，朝廷在临泾设置行原州，任命镇将郝泚为刺史。
南诏王异牟寻去世，儿子寻阁劝继位。
元和四年（己丑，公元809年）
春正月戊子日，简王李遘去世。
渤海康王大嵩璘去世，儿子大元瑜继位，改年号为永德。
南方遭遇旱灾饥荒，庚寅日，皇上命左司郎中郑敬等人担任江淮、两浙、荆湖、襄鄂等地宣慰使赈灾。临行前皇上告诫：“我宫里用一匹绢都要记账，唯独救济百姓绝不计较花费。你们要懂我的心意，别学潘孟阳只知饮酒游山！”
给事中李藩在门下省任职，遇到不妥的诏令，就直接在黄纸诏令背面批注。下属请他另附白纸，李藩说：“附白纸就成了奏章，还叫什么批敕！”裴垍举荐李藩有宰相之才。皇上嫌门下侍郎、同平章事郑絪遇事敷衍、只会讨好，二月丁卯日，罢免郑絪为太子宾客，提拔李藩为门下侍郎、同平章事。李藩知无不言，皇上十分器重他。
河东节度使严绶在任九年，军政人事全由监军李辅光做主，自己只拱手不管。裴垍上奏实情，请求让李鄘接替。三月乙酉日，任命严绶为左仆射，凤翔节度使李鄘为河东节度使。
成德节度使王士真去世，他的副大使儿子王承宗自行继任留后。河北三镇向来惯例：都设副大使，由嫡长子担任，父亲去世就接管军务。
皇上因久旱想降恩诏，翰林学士李绛、白居易上奏：“要让百姓得实惠，不如减免租税；宫女数量太多该裁减省开支；禁止各道横征暴敛充进贡；岭南、黔中、福建常有掠卖良人为奴，要严令禁止。”闰三月己酉日，皇上下诏大赦囚犯、减免租税、放出宫女、杜绝进贡、禁止掠卖，全按二人建议施行。己未日，天降大雨。李绛上表庆贺：“这才明白，事前忧虑就能无忧，事到临头再愁就没用了。”
当初王叔文一党被贬后，皇诏规定即使遇赦也不准调迁。吏部尚书、盐铁转运使李巽上奏：“郴州司马程异有才干、处事明断，请求任扬子留后。”皇上准许。李巽督查严苛，下属哪怕在千里之外也像在他面前一样惶恐；程异核查账目比李巽还精细，最终得到重用。
魏征玄孙魏稠十分穷困，把祖宅抵押借钱。平卢节度使李师道请求用私财赎回，皇上命白居易起草诏书。白居易上奏：“这事关乎朝廷激励贤臣，该由朝廷出面。李师道算什么人，敢抢这份美名！请令官府用公款赎回还给其后人。”皇上采纳，从内库拿两千缗钱赎回祖宅赐给魏稠，还禁止再抵押售卖。
王承宗叔父王士则因王承宗擅自继位，怕祸及宗族，和幕客刘栖楚主动投奔京城。皇上下诏任命王士则为神策大将军。
翰林学士李绛等人上奏：“陛下登基四年，还没立太子、行册礼，这会引发旁人觊觎，违背社稷重慎之道。恳请陛下放下谦让小节，举行立储大典。”丁卯日，皇上下诏立长子邓王李宁为皇太子（李宁是纪美人所生）。
辛未日，灵盐节度使范希朝上奏，请求把太原六百防秋兵的粮草补给沙陀，皇上准许。
夏四月，山南东道节度使裴均仗着有宦官撑腰，在恩诏颁布后第一个进贡银器一千五百多两。翰林学士李绛、白居易等人上奏：“裴均是试探陛下，恳请拒收。”皇上立刻下令把银器交给度支。不久却下诏给进奏院：“今后各道进贡，不用申报御史台；有查问的，就上报姓名。”白居易再劝谏，皇上不听。
宪宗想要革除河北藩镇节度使职位世袭的弊端，趁着王士真去世的时机，打算由朝廷直接任命节度使，如果藩镇拒不服从，就调兵讨伐。裴垍进谏说：“李纳为人骄横跋扈，对朝廷向来不敬，而王武俊曾为国家立下功劳，