韦皋的幕僚房式、韦乾度、独孤密、符载、郗士美、段文昌等人，穿着白色丧服、踩着麻鞋，口衔泥土（古代请罪的方式）前来请罪。高崇文全部赦免了他们，并且以礼相待，起草奏表举荐房式等人，还赠送了丰厚的财物，遣送他们离开。高崇文看着段文昌说：“你将来一定能担任将相，我不敢贸然举荐你。”符载是庐山人，房式是房琯的侄子，段文昌是段志玄的玄孙。
刘辟有两个小妾，都长得非常美丽，监军请求把她们献给宪宗，高崇文说：“天子命令我讨伐平定叛乱的逆贼，应当以安抚百姓为先，仓促献上妇人来讨好天子，难道是天子的本意吗！我高崇文坚守道义，绝不做这样的事。”于是把这两个小妾许配给了没有妻子的将领和官吏。
杜黄裳建议征伐蜀地，以及传授给高崇文的用兵策略，都与实际情况完全契合。高崇文向来忌惮刘澭，杜黄裳派人对他说：“如果不能立下战功，就派刘澭来取代你。”因此高崇文能拼尽全力效命。等到蜀地平定后，宰相入朝庆贺，皇上看着杜黄裳说：“这是你的功劳啊！”
辛巳日，皇上下诏征召少室山隐士李渤担任左拾遗。李渤称病推辞，不肯赴任，但每当朝廷政事存在过失时，他总会附上奏疏陈述自己的见解。
冬季十月甲子日，易定节度使张茂昭入京朝见。
皇上下令划出资、简、陵、荣、昌、泸六个州，隶属于东川。房式等人还没抵达京城，就都被任命为尚书省、寺监的官员。丙寅日，任命高崇文为西川节度使。戊辰日，任命严砺为东川节度使。庚午日，任命将作监柳晟为山南西道节度使。柳晟抵达汉中时，府兵讨伐刘辟刚回来，还没进城，朝廷又下诏派他们去戍守梓州，士兵们既怨恨又愤怒，胁迫监军，图谋发动叛乱。柳晟得知后，迅速骑马进城，慰问犒劳士兵，接着问道：“你们是靠什么立下功劳的？”士兵们回答说：“是诛杀了反叛的刘辟啊。”柳晟说：“刘辟因为不接受朝廷诏命，所以你们才得以立功，怎么能再让别人诛杀你们来立功呢？”众人都跪拜谢罪，遵照诏书前往戍守之地。军府因此得以安定。壬午日，任命平卢留后李师道为节度使。
戊子日，刘辟被押送到长安，连同他的宗族党羽一起被处死。
武宁节度使张愔身患疾病，上奏表请求派人接替自己的职位。十一月戊申日，朝廷征召张愔担任工部尚书，任命东都留守王绍接替他，同时把濠、泗二州重新划归武宁军管辖。徐州百姓因得到两个州而欣喜，所以没有发生动乱。
丙辰日，任命内常侍吐突承璀为左神策中尉。吐突承璀早在皇上还是太子时就侍奉他，凭借干练机敏得到宠幸。
这一年，回鹘前来进贡，首次带着摩尼教僧人一同前来，朝廷在中原地区修建寺庙安置他们。摩尼教的规矩是到傍晚才吃饭，只吃荤食，不吃奶和奶酪。回鹘人信奉摩尼教，可汗有时会和摩尼教僧人商议国家大事。
元和二年（丁亥年，公元807年）
春季正月辛卯日，皇上到圆丘祭祀天地，大赦天下。
皇上因杜佑年事已高、品德厚重，对他以礼相待，常常称呼他为司徒，而不直呼其名。杜佑因年老多病，请求辞官退休。皇上下诏允许杜佑每月入朝觐见不超过两三次，入朝时便到中书省商议国家大政，其他时间任凭他回到樊川休养。
门下侍郎、同平章事杜黄裳，具备经国济世的雄才大略，但不拘小节，所以没能长期担任宰相。乙巳日，朝廷任命杜黄裳为同平章事，充任河中、晋、绛、慈、隰节度使。己酉日，任命户部侍郎武元衡为门下侍郎，翰林学士李吉甫为中书侍郎，二人都担任同平章事。李吉甫得知任命后感动落泪，对中书舍人裴垍说：“我流落在江淮地区，超过十五年，如今承蒙皇恩得到这样的职位。想要报答皇上的恩德，唯有举荐贤能之人，但朝廷中的后辈官员，我很少有机会结交认识，你有精准的识人眼光，希望能把他们的情况都告诉我。”裴垍拿起笔，列出三十多人的名单，短短几个月内，这些人大多被选拔任用。当时人们一致称赞李吉甫善于选拔人才。
二月癸酉日，邕州上报击败黄贼，俘获他们的首领黄承庆。
夏季四月甲子日，任命右金吾大将军范希朝为朔方、灵、盐节度使，将右神策军、盐州、定远的兵马划归他统领，以此革除以往的弊端，重视边将的作用。
秋季八月，刘济、王士真、张茂昭因私人恩怨产生争执，轮番上奏表请求朝廷惩处对方。戊寅日，任命给事中房式为幽州、成德、义武宣慰使，调解他们的矛盾。
九月乙酉日，密王李绸去世。
夏州、蜀地平定之后，藩镇都惶恐不安，很多人请求入京朝见。镇海节度使李锜也内心不安，请求入朝，皇上批准了他的请求。派遣宦官前往京口安抚慰问他，并且犒劳他的将士。李锜虽然任命判官王澹为留后，实际上却没有入朝的打算