特进、汉阳王张柬之上奏表请求返回襄州养病；乙未日，任命张柬之为襄州刺史，不主管州中具体事务，发放全额俸禄。
黄河南北十七州发生大水灾。八月戊申日，朝廷因水灾征求百官直言进谏。右卫骑曹参军西河人宋务光上奏疏，认为：“水属于阴类，是臣妾的象征，恐怕后宫有干预外朝政事的人，应当杜绝这种苗头。如今阴雨连绵不止，却关闭坊门来祈祷消灾，以至于街巷里的人说坊门是宰相，意思是朝廷让坊门来调和阴阳。另外，太子是国家的根本，应当早日挑选贤能之人册立。还有，外戚势力过于强盛，像武三思等人，应当解除他们的机要职务，给予丰厚的俸禄赏赐。此外，郑普思、叶静能凭借小伎俩窃取高位，也是朝政的祸害。”奏疏呈上后，中宗没有理会。
壬戌日，追立妃子赵氏为恭皇后，孝敬皇帝的妃子裴氏为哀皇后。
九月壬午日，中宗在明堂祭祀昊天上帝、皇地只，以高宗配享。
起初，中宗在房陵时，州府官吏的约束限制非常严格；只有刺史河东人张知謇、灵昌人崔敬嗣以礼相待，供给的物资十分丰厚，中宗感激他们的恩德，将张知謇从贝州刺史提拔为左卫将军，赐予范阳公爵位。崔敬嗣已经去世，中宗找到他的儿子崔汪，崔汪嗜酒如命，不能胜任官职，于是任命他为五品散官。
改葬上洛王韦玄贞，葬礼的礼仪都依照太原王（武则天之父武士彟）的旧例。
癸巳日，太子宾客、同中书门下三品韦巨源被罢免为礼部尚书，因为他的叔父韦安石担任中书令的缘故。
任命左卫将军上邽人纪处讷兼任代理太府卿，因为纪处讷娶了武三思妻子的姐姐。
冬季十月，命令唐休瓃留守京师长安。
癸亥日，中宗前往龙门；乙丑日，在新安打猎后返回。
辛未日，任命魏元忠为中书令，杨再思为侍中。
十一月戊寅日，群臣为中宗上尊号为应天皇帝，为韦后上尊号为顺天皇后。壬午日，中宗与韦后前往太庙拜谢祖先，大赦天下；相王、太平公主增加实封户数，都达到一万户。
己丑日，中宗登上洛城南楼，观看泼寒胡戏（西域传入的一种歌舞游戏）。清源尉吕元泰上奏疏，认为“君主应当谋划时令，顺应寒温变化，何必让艺人裸身泼水，在街道上歌舞乞讨呢！”奏疏呈上后，中宗没有采纳。
壬寅日，武则天在上阳宫去世，享年八十二岁。遗制说：“去掉帝号，改称则天大圣皇后。王皇后、萧淑妃的家族以及褚遂良、韩瑗、柳奭的亲属都予以赦免。”
中宗在守丧期间，让魏元忠代理冢宰职务三天。魏元忠一向有忠诚正直的声望，朝廷内外都依赖他；武三思忌惮他，伪造武则天的遗制，安慰晓谕魏元忠，赐予他实封一百户。魏元忠捧着遗制，感动得流泪哭泣，看到的人说：“大势已去了！”
十二月丁卯日，中宗开始在同明殿接见群臣。
武则天将要与高宗合葬于乾陵，给事中严善思上奏疏，认为：“乾陵的墓室用石头做门，铁水浇灌缝隙，如今打开墓室，必须凿刻石头。神明之道，崇尚幽深玄秘，兴师动众加以施工，恐怕会多次惊扰亵渎神灵。况且合葬并非古代的制度，汉朝的各个皇帝陵墓，皇后大多没有合葬，从魏晋以后，才开始有合葬的情况。希望在乾陵旁边另外选择吉祥之地建造陵墓，如果神灵有知，幽冥之路自然会相通；如果神灵无知，合葬又有什么益处呢！”中宗没有听从。
这一年，户部上奏天下共有六百一十五万户，三千七百一十四万多人口。
神龙二年（丙午，公元706年）
春季正月戊戌日，任命吏部尚书李峤为同中书门下三品，中书侍郎于惟谦为同平章事。
闰月丙午日，中宗下制书：“太平、长安、安乐、宜城、新都、定安、金城七位公主都可以开设府署，设置属官。”
武三思因为敬晖、桓彦范、袁恕己还在京师，十分忌恨他们，乙卯日，将三人外放为滑州、洺州、豫州刺史。
赐予閺乡僧人万回“法云公”的称号。甲戌日，封突骑施酋长乌质勒为怀德郡王。
二月乙未日，任命刑部尚书韦巨源为同中书门下三品，仍然与韦皇后叙论宗族关系。
丙申日，僧人慧范等九人都被加授五品官阶，赐予郡公、县公爵位；道士史崇恩等三人加授五品官阶，任命为国子祭酒，待遇等同于正式官员；叶静能加授金紫光禄大夫。
挑选左、右台及朝廷内外五品以上官员二十人担任十道巡察使，委托他们考察官吏、安抚百姓、举荐贤才、公正断案，每两年更换一次，根据他们的功过进行升降奖惩。易州刺史魏人姜师度、礼部员外郎马怀素、殿中侍御史临漳人源乾曜、监察御史灵昌人卢怀慎、卫尉少卿滏阳人李杰都在其中。
三月甲辰日，中书令韦安石被罢免为户部尚书；户部尚书苏瑰为侍中、西京留守。苏瑰是苏飂的父亲。唐休瓃退休。