朝廷提拔田归道为夏官侍郎，他深受太后的亲近和信任。
蜀州每年派遣五百名士兵戍守姚州，路途艰险遥远，死亡的人很多。蜀州刺史张柬之上疏说：“姚州本来是哀牢国的土地，是荒凉偏远的绝域，山高水深。国家开辟设置为州，从来没有得到过那里的盐、布赋税，也没有得到过兵力的支持，反而耗尽国库，驱使平民百姓，为蛮夷服役，肝脑涂地，我私下为国家感到惋惜。请求废除姚州，将其隶属于巂州，让当地首领每年按时朝见，如同藩国一样。泸水以南的各个军镇也都废除，在泸水以北设置关卡，百姓如果不是奉命出使，不得随意交通往来。”奏疏呈上后，太后没有采纳。
圣历二年（己亥，公元699年）
正月初一，丁卯日，太后在通天宫举行告朔仪式。
二十六日，朝廷立皇嗣李旦为相王，兼任太子右卫率。
二十八日，朝廷设置控鹤监丞、主簿等官职，担任这些官职的大多是太后宠幸的人，也略微任用一些有才能和文学素养的人参与其中。任命司卫卿张易之为控鹤监，银青光禄大夫张昌宗、左台中丞吉顼、殿中监田归道、夏官侍郎李迥秀、凤阁舍人薛稷、正谏大夫临汾人员半千都担任控鹤监内供奉。薛稷是薛元超的侄子。员半千认为古代没有这种官职，而且聚集的大多是轻薄之士，上疏请求废除控鹤监；因此违背了太后的旨意，被贬为水部郎中。
腊月二十五日，朝廷任命左台中丞吉顼为天官侍郎，右台中丞魏元忠为凤阁侍郎，二人一同担任同平章事。
文昌左丞宗楚客和他的弟弟司农卿宗晋卿，因贪污受贿超过一万缗，住宅建造过度奢华而获罪，宗楚客被贬为播州司马，宗晋卿被流放到峰州。太平公主参观他们的住宅后，感叹说：“看到他们的居所，我们这些人简直是白活了！”
二十八日，太后赏赐太子改姓武氏；大赦天下。
太后长出重叠的眉毛，形成八字形，文武百官都前来祝贺。
朝廷在黄河南北设置武骑团，以防备突厥。
春季一月初七，夏官尚书、同凤阁鸾台三品武攸宁被罢免，担任冬官尚书。
二月初六，太后前往嵩山，经过缑氏县，拜谒升仙太子庙。初九，太后生病，派遣给事中栾城人阎朝隐到少室山祈祷。阎朝隐把自己当作祭品，沐浴后趴在祭祀用的礼器上，请求代替太后承受天命。太后的病情略微好转，重重赏赐了他。十四日，太后从缑氏县返回洛阳。
起初，吐蕃赞普器弩悉弄还年幼，论钦陵兄弟掌权，他们都有勇有谋，各个蛮夷部落都畏惧他们。论钦陵在朝中执掌政权，各个弟弟手握兵权，分别占据四方边境，赞婆常年居住在东部边境，成为中原王朝的祸患三十多年。器弩悉弄逐渐长大，暗中与大臣论岩谋划诛杀论钦陵兄弟。恰逢论钦陵外出，赞普谎称外出打猎，集结军队逮捕了论钦陵的亲信党羽两千多人，将他们杀死，派遣使者召见论钦陵兄弟，论钦陵等人起兵不接受命令。赞普率领军队讨伐他们，论钦陵的军队溃败，论钦陵自杀身亡。夏季四月，赞婆率领部下一千多人前来投降，太后命令右武卫铠曹参军郭元振与河源军大使夫蒙令卿率领骑兵迎接他，任命赞婆为特进、归德王。论钦陵的儿子弓仁，率领所统领的吐谷浑七千帐前来投降，被任命为左玉钤卫将军、酒泉郡公。
初九，朝廷任命魏元忠为检校并州长史，担任天兵军大总管，以防备突厥。娄师德为天兵军副大总管，仍然担任陇右诸军大使，专门负责安抚投降的吐蕃人。
太后年纪大了，担心自己去世后太子与武氏诸王不能相容。十九日，太后命令太子、相王、太平公主与武攸暨等人立下誓文，在明堂向天地祷告，将誓文刻在铁券上，收藏在史馆中。
秋季七月，朝廷命令建安王武攸宜留守西京长安，接替会稽王武攸望。
初四，吐谷浑部落一千四百帐归附唐朝。
八月初一，突骑施乌质勒派遣他的儿子遮弩入朝拜见太后。朝廷派遣侍御史元城人解琬安抚乌质勒以及十姓部落。
太后下制书：“州县长官，没有上奏并得到敕旨批准，不得擅自立碑。”
内史王及善虽然没有学问，但清正耿直，意志坚定，有大臣的气节。张易之兄弟每次陪同太后在内宫宴饮，完全没有臣子的礼节；王及善多次上奏认为不可以这样。太后不高兴，对王及善说：“你既然年纪大了，不适合再陪同宴游，只负责检查宫中事务就可以了。”王及善因此称病，请假一个多月；太后没有过问。王及善叹息说：“哪有担任中书令而天子一天不见的呢？事情可想而知了！”于是上疏请求退休，太后没有批准。十九日，朝廷任命王及善为文昌左相，太子宫尹豆卢钦望为文昌右相，仍然一同担任同凤阁鸾台三品。鸾台侍郎、同平章事杨再思被罢免，担任左台大夫。