皇帝身边的人急忙跑去告诉武后，武后迅速赶到皇帝面前诉说冤屈。诏书草稿还在皇帝那里，皇帝羞愧退缩，不忍心废后，又像以前一样对待她；又担心武后怨恨，于是欺骗她说：“我起初并没有这个想法，都是上官仪教我的。”上官仪先前担任陈王咨议，与王伏胜都曾侍奉过前太子李忠，武后于是让许敬宗诬告上官仪、王伏胜与李忠图谋大逆。十二月丙戌日，上官仪被关进监狱，与他的儿子上官庭芝、王伏胜一同被处死，家产被没收。戊子日，李忠在流放地被赐死。右相刘祥道因与上官仪关系友好，被免去政事，改任司礼太常伯；左肃机郑钦泰等众多朝廷官员被流放贬谪，都是因为与上官仪有交往。
从此，皇帝每次处理朝政，武后都在帘后垂帘听政，政事无论大小她都要参与。天下大权全部归于皇后，官员的升降、百姓的生死，都由她决定，皇帝只是拱手无为而已，朝廷内外称他们为“二圣”。
太子右中护、检校西台侍郎乐彦玮、西台侍郎孙处约一同被任命为同东西台三品。
麟德二年乙丑（公元665年）
春季正月丁卯日，吐蕃派遣使者入朝觐见，请求再次与吐谷浑和亲，还要求获得赤水地区作为畜牧之地，皇帝没有同意。
二月壬午日，皇帝从京师出发；丁酉日，抵达合璧宫。
皇帝谈及隋炀帝，对侍臣说：“隋炀帝拒绝劝谏而亡国，朕常常以此为戒，虚心寻求劝谏；但最终却没有劝谏的人，为什么呢？”李积回答说：“陛下所做的事情都很完美，群臣没有可以劝谏的地方。”
三月甲寅日，任命兼司戎太常伯姜恪为同东西台三品。姜恪是姜宝谊的儿子。
辛未日，东都乾元殿建成。闰月壬申朔日，皇帝抵达东都洛阳。
疏勒、弓月部落带领吐蕃军队入侵于阗。朝廷命令西州都督崔知辩、左武卫将军曹继叔率领军队援救于阗。
夏季四月戊辰日，左侍极陆敦信兼任检校右相；西台侍郎孙处约、太子右中护、检校西台侍郎乐彦玮一同被免去政事。
秘阁郎中李淳风认为傅仁均的《戊寅历》推算日益不准确，于是增删刘焯的《皇极历》，重新撰写了《麟德历》；五月辛卯日，朝廷颁布施行《麟德历》。
秋季七月己丑日，兖州都督邓康王李元裕去世。
皇帝命令熊津都尉扶馀隆与新罗王金法敏摒弃旧怨；八月壬子日，两人在熊津城结盟。刘仁轨带领新罗、百济、耽罗、倭国的使者渡海向西返回，准备参加泰山封禅大典，高丽也派遣太子福男前来陪同祭祀。
冬季十月癸丑日，皇后上表说：“封禅的旧礼仪中，祭祀皇地只时，太后作为昭配，但却让公卿大臣代为祭祀，礼仪不够完备，到封禅那天，妾请求率领内外命妇进行奠献。”皇帝下诏：“在社首山举行禅礼时，由皇后担任亚献，越国太妃燕氏担任终献。”壬戌日，皇帝下诏：“封禅坛上设置的上帝、后土神位，以前使用禾秆、陶制礼器等，都应改用茵褥、青铜礼器，其他郊外祭祀也按照这个标准执行。”又下诏：“从今以后，郊外祭祀、宗庙祭祀和宴会，文舞使用《功成庆善之乐》，武舞使用《神功破阵之乐》。”
丙寅日，皇帝从东都出发，随从的文武官员和仪仗队伍，绵延数百里不断。沿途设置的营帐，遍布原野。东自高丽，西至波斯、乌长等国前来朝会的使者，各自率领下属随从，他们的毡帐、牛羊驼马，塞满了道路。当时连年丰收，一斗米只卖五钱，麦子、豆子便宜得不需要在市场上售卖。
十一月戊子日，皇帝抵达濮阳，窦德玄骑马随从。皇帝问：“濮阳被称为帝丘，为什么呢？”窦德玄无法回答。许敬宗从后面策马赶到前面说：“从前颛顼曾居住在这里，因此被称为帝丘。”皇帝称赞他说得好。许敬宗退下后，对别人说：“大臣不能没有学问；我看到窦德玄无法回答，心里实在为他感到羞愧。”窦德玄听到后，说：“人各有能有不能，我不强硬回答自己不知道的事情，这正是我的长处。”李积说：“许敬宗见识广博，确实很好；窦德玄的话也有道理。”
寿张人张公艺九代人同居一处，北齐、隋朝、唐朝都曾表彰过他的家门。皇帝经过寿张时，前往他的住宅，询问他能够九世同居的原因，张公艺写下一百多个“忍”字进献给皇帝。皇帝很赞赏他，赏赐给他丝帛。
十二月丙午日，皇帝抵达齐州，停留了十天。丙辰日，从灵岩顿出发，抵达泰山脚下，有关部门在泰山南面修建了圆坛，在山顶修建了登封坛，在社首山上修建了降禅方坛。
乾封元年丙寅（公元666年）
春季正月戊辰朔日，皇帝在泰山南面祭祀昊天上帝。己巳日，登上泰山，封存玉牒（记载祭祀祝文的玉片），祭祀上帝的册文藏在玉匮中，配祭先帝的册文藏在金匮中，都用金绳缠