起初，太宗留侍中刘洎在定州辅佐皇太子，刘洎还兼任左庶子、检校民部尚书，总管吏、礼、户三部事务。太宗临行前对刘洎说：“我如今远征，你辅佐太子，国家安危全寄托在你身上，要深刻领会我的心意。”刘洎回答：“愿陛下无忧，大臣中有罪的，我会立即诛杀。”太宗认为他随口妄言，十分奇怪，告诫道：“你性情疏阔又过于强硬，必定会因此败事，务必谨慎！”后来太宗生病，刘洎从宫中出来，神色十分悲伤恐惧，对同僚说：“皇上病情这么重，实在令人担忧！”有人向太宗进谗言：“刘洎说国家大事不用愁，只需辅佐年幼君主，效仿伊尹、霍光的旧事，诛杀有二心的大臣，自然就能安定。”太宗信以为真，庚申日下诏称：“刘洎与人私下议论，妄图觊觎皇位，谋划执掌朝政，自比伊尹、霍光，猜忌大臣，想要全部诛杀。应赐他自尽，赦免其妻子儿女。”
中书令马周代理吏部尚书，因四季选拔官员过于辛劳，请求恢复每年十一月选拔，次年三月结束；太宗准奏。
这一年，右亲卫中郎将裴行方讨伐茂州反叛的羌族首领黄郎弄，大败叛军，追击残余势力，向西直到乞习山，临近弱水才返回。
二、贞观二十年（公元646年）大事
（一）安抚四方与太子监国
春，正月辛未日，夏州都督乔师望、右领军大将军执失思力等人进攻薛延陀，大败敌军，俘虏两千多人。多弥可汗率领轻骑兵逃走，其部落内部骚乱不安。
丁丑日，太宗派大理卿孙伏伽等二十二人按六条诏令巡察全国，刺史、县令以下官员多被降职或罢免，前来京城喊冤的人络绎不绝。太宗令褚遂良分类整理冤情上奏，亲自临朝裁决，提拔贤能者二十人，处死七人，流放及以下免官者数百上千人。
二月乙未日，太宗从并州出发。三月己巳日，返回京城。太宗对李靖说：“我率领天下大军却被困在小夷族，为何？”李靖说：“这一点李道宗能解释。”太宗询问江夏王李道宗，李道宗详细陈述了在驻跸山时建议乘虚夺取平壤的想法。太宗怅然道：“当时仓促之间，我没记起来。”
太宗病情未痊愈，想要专心休养，庚午日下诏将军政要务全部交给皇太子处理。于是太子每隔一天在东宫处理政务，结束后就入宫侍奉太宗用药膳，不离左右。太宗让太子暂时外出游览，太子推辞不愿去；太宗便在寝殿旁设置别院，让太子居住。褚遂良请求让太子每十天回东宫一次，与师傅探讨道义；太宗准奏。
太宗曾驾临未央宫，仪仗队已经走过，忽然在草丛中发现一人携带佩刀，盘问后那人说：“听到仪仗队到来，害怕不敢出来，仪仗队没看见我，就趴在原地不敢动。”太宗立即返回，对太子说：“这件事如果追究，会有几人丧命，你稍后赶紧把他放走。”又曾乘坐腰舆，有一名三卫卫士不小心碰到了太宗的衣服，卫士十分恐惧，脸色大变。太宗说：“这里没有御史，我不怪罪你。”
陕州人常德玄告发刑部尚书张亮收养义子五百人，与术士公孙常交谈时说“名字应验图谶”，又问术士程公颖：“我手臂上长有龙鳞，想要举大事，可行吗？”太宗命马周等人审理此事，张亮拒不认罪。太宗说：“张亮收养五百名义子，养这些人干什么？正是要谋反！”令百官商议此案，众人都称张亮谋反，应当诛杀。只有将作少匠李道裕说：“张亮谋反的证据不足，罪不当死。”太宗派长孙无忌、房玄龄到狱中与张亮诀别：“法律是天下公平的准则，我与你共同遵守。你自己不谨慎，与恶人交往，触犯法律，如今有什么办法！你好自为之。”己丑日，张亮与程公颖一同在西市被斩首，家产被查抄没收。
一年多后，刑部侍郎空缺，太宗让宰相们挑选合适人选，拟定了几人都不合心意，后来说道：“我找到合适的人了。之前李道裕议论张亮案时说‘谋反证据不足’，这话很恰当，我当时虽没听从，至今仍后悔。”于是任命李道裕为刑部侍郎。
闰月癸巳朔日，发生日食。
戊戌日，撤销辽州都督府和岩州。
夏，四月甲子日，太子太保萧瑀被免去太保职务，仍任同中书门下三品。
五月甲寅日，高丽王高藏及莫离支盖金（即渊盖苏文）派使者谢罪，并献上两名美女，太宗将美女送回。
六月丁卯日，西突厥乙毗射匮可汗派使者入朝进贡，请求通婚；太宗应允，并让他割让龟兹、于阗、疏勒