高祖也厌恶僧人、道士随意逃避赋税徭役，不遵守戒律，都像傅奕所说的那样。另外，寺庙、道观与市井店铺相邻，混杂着屠宰、卖酒的场所。辛巳日，高祖下诏命令有关部门筛选淘汰天下的僧尼、道士、女冠，其中精进勤勉、修养有成的，迁移到大型寺庙、道观，供给他们衣食，不让他们短缺；平庸粗俗、品行恶劣的，全部勒令还俗，遣返回乡。京城保留三座寺庙、两座道观，各州各保留一座，其余的都废除。
傅奕性情谨慎周密，担任占候之职后，断绝了与他人的交往，所上奏的灾异现象，都烧掉底稿，没有人知道。
癸未日，突厥侵犯西会州。
五月戊子日，虔州胡人成郎等人杀死长史，反叛归附梁师都；都督刘昮追击并斩杀了他们。
壬辰日，党项侵犯廓州。
戊戌日，突厥侵犯秦州。
壬寅日，越州人卢南反叛，杀死刺史宁道明。
丙午日，吐谷浑、党项侵犯河州。
突厥侵犯兰州。
丙辰日，朝廷派遣平道将军柴绍率领军队进击胡人。
六月丁巳日，太白星白天出现。
秦王李世民与太子李建成、齐王李元吉产生矛盾后，认为洛阳是地势险要的战略要地，担心一旦发生变故，想要出兵驻守那里以自保，于是任命行台工部尚书温大雅镇守洛阳，派遣秦府车骑将军荥阳人张亮率领左右王保等一千多人前往洛阳，暗中结交山东的豪杰之士等待时机，拿出大量金银布帛，任由他们使用。李元吉告发张亮图谋不轨，朝廷将张亮交付官吏审讯；张亮始终不说话，朝廷于是释放了他，让他返回洛阳。
李建成夜里召见李世民，设宴饮酒并在酒中下毒，李世民突然心口疼痛，吐了几升血，淮安王李神通搀扶着他返回西宫。高祖前往西宫探望李世民的病情，告诫李建成说：“秦王向来不能饮酒，从今往后不要再夜里设宴饮酒了！”接着对李世民说：“首先提出反隋的大计，平定天下，都是你的功劳。我想立你为太子，你却坚决推辞；况且李建成年长，作为太子已经很久了，我不忍心剥夺他的太子之位。看你们兄弟之间似乎互不相容，住在同一个京城，必然会发生纷争，我会派你返回行台，驻守洛阳，从陕州以东的地区都归你管辖。还会让你设置天子的旌旗仪仗，就像汉朝梁孝王的旧例一样。”李世民流泪哭泣，以不愿远离父亲身边为由推辞。高祖说：“天下是一家，东都和西都距离很近。我想念你时就会前去看望你，不必悲伤。”李世民即将出发时，李建成、李元吉一起谋划说：“秦王如果到了洛阳，拥有土地和军队，就再也无法控制他了；不如把他留在长安，他不过是个普通人，要除掉他就容易了。”于是秘密让几个人上奏密信，说：“秦王的部下听说要前往洛阳，无不欢欣雀跃，看他们的志向，恐怕不会再回来了。”又派遣亲近宠信的大臣用利害关系劝说高祖。高祖的心意就此改变，这件事又中途停止了。
李建成、李元吉与后宫妃嫔日夜在高祖面前诋毁李世民，高祖相信了他们的话，准备治李世民的罪。陈叔达劝谏说：“秦王对天下有大功，不能废黜他。而且他性情刚烈，如果加以压制，恐怕会承受不住忧愁愤怒，或许会引发难以预料的疾病，陛下到时后悔就来不及了！”高祖才作罢。李元吉秘密请求杀死秦王，高祖说：“他有平定天下的功劳，罪状还不明显，用什么作为借口呢！”李元吉说：“秦王当初平定东都后，观望不前，不愿返回京城，散发金银布帛来树立个人恩德，又违背敕命，这不是谋反是什么！只需尽快杀了他，还担心没有借口吗！”高祖没有回应。
秦府的僚属都担忧恐惧，不知道该怎么办。行台考功郎中房玄龄对於比部郎中长孙无忌说：“如今嫌隙已经形成，一旦祸患突然发生，不仅秦府会覆灭，实在也是国家的忧患；不如劝说秦王效仿周公诛杀管叔、蔡叔的做法，来安定国家。存亡的关键，刻不容缓，就在今天！”长孙无忌说：“我早就有这样的想法，只是不敢说出口；如今你所说的话，正合我意，我会立刻禀报秦王。”于是入宫向李世民进言。李世民召见房玄龄商议，房玄龄说：“大王的功劳盖过天地，应当继承大业；如今面临的忧患危险，正是上天的帮助，希望大王不要犹豫！”于是与府属杜如晦一起劝说李世民诛杀李建成、李元吉。
李建成、李元吉因为秦府有很多勇猛的将领，想要引诱他们为自己所用，秘密将一车金银器物赠送给左二副护军尉迟敬德，并且写信招抚他说：“希望能得到长者的眷顾，以加深我们平民般的交情。”尉迟敬德推辞说：“我尉迟敬德是出身贫寒之人，遭遇隋末战乱，长期沦落在叛逆之地，罪该万死。秦王赐予我再生之恩，如今我又在秦府任职，只能以死报答秦王的恩德；我对殿下没有功劳，不敢冒昧接受如此厚重的赏赐。如果私下与殿下结交，就是怀有二心，贪图利益而忘记忠诚，殿下又怎么会