起初，秦王府官员杜如晦的叔父杜淹效力于王世充。杜淹一直和杜如晦兄弟不和，诬陷杜如晦的兄长并杀了他，又关押了杜如晦的弟弟杜楚客，把他饿得差点死了，可杜楚客始终没有怨恨的神色。洛阳平定后，杜淹该被处死，杜楚客哭着求杜如晦救他，杜如晦不肯。杜楚客说：“以前叔父已经杀了兄长，现在兄长又要杀叔父，一家人自相残杀殆尽，难道不可悲吗！”说着就要自杀，杜如晦这才向李世民求情，杜淹得以保住性命。秦王李世民坐在阊阖门，苏威请求拜见，说自己年老多病不能下拜。李世民派人斥责他说：“你是隋朝的宰相，国家危难时不能扶持，导致君主被杀、国家灭亡。见了李密、王世充却都跪地叩拜、舞蹈行礼。如今既然年老多病，就不用麻烦来见了。”等苏威到了长安，又请求拜见，还是没被允许。他又老又穷，没了官爵，最后死在家里，享年八十二岁。
秦王李世民参观隋朝的宫殿，感叹道：“放纵奢侈的心思，穷尽百姓的欲望，这样的王朝怎么会不灭亡呢！”下令拆毁端门楼，焚烧乾阳殿，毁掉则天门及其两边的望楼；废除各种佛教道场，城中的和尚、尼姑，只留下有德行名望的各三十人，其余的都让他们还俗。
前真定县令周法明，是周法尚的弟弟。隋末时他聚集宾客，攻占了黄梅，派族侄周孝节攻打蕲春，派侄子周绍则攻打安陆，派儿子周绍德攻打沔阳，都攻了下来。庚午日，周法明带着这四个郡前来投降。
壬申日，齐善行带着洺州、相州、魏州等州前来投降。当时窦建德的残余部众逃到洺州，想拥立窦建德的养子为主，征兵抵抗唐军；又想劫掠百姓，逃回海边当盗贼。只有齐善行认为不行，说：“隋末天下大乱，我们这些人才聚集在民间，只是为了活命罢了。凭夏王（窦建德）的英武，平定了河朔地区，兵马精锐强盛，却一下子就被活捉，易如反掌，这难道不是天命有所归属，不是人力能争夺的吗！如今败得这么惨，坚守也不会成功，逃跑也免不了灾祸；同样是亡国，怎么能再残害百姓呢！不如真心归顺唐朝请求保全性命。如果将士们一定要得到丝织品，就把府库里的东西全部分给他们，不要再伤害百姓了！”于是运出府库里的几十万段丝帛，放在万春宫东街，分给将士们，整整分了三天三夜才分完。还派兵守住街巷，拿到财物的将士就离开，不许再进百姓家。将士们都散去后，齐善行才和右仆射裴矩、行台曹旦，率领文武百官捧着窦建德的妻子曹氏、传国八玺，以及打败宇文化及后得到的珍宝，向唐朝投降。唐高祖任命齐善行为秦王左二护军，还重重赏赐了他。
起初，窦建德诛杀宇文化及时，隋南阳公主有个儿子叫禅师。窦建德的虎贲郎将於士澄问公主：“宇文化及犯了大逆不道的罪，他兄弟的儿子都该连坐处死，如果你舍不得禅师，我可以帮你留下他。”公主哭着说：“你是隋朝的贵臣，这种事还用问吗！”窦建德最终还是杀了禅师。公主不久后请求出家为尼。窦建德战败后，公主准备返回长安，在洛阳遇到了宇文士及。宇文士及请求见面，公主不肯。宇文士及站在门外，请求恢复夫妻关系。公主说：“我和你是仇家，如今不亲手杀你，只是因为察觉你在谋反时并不知道内情罢了。”呵斥他赶紧离开。宇文士及坚持请求，公主大怒说：“你要是想死，就进来见！”宇文士及知道无法让她屈服，只好叩拜告辞离开。
乙亥日，朝廷任命周法明为黄州总管。
戊寅日，王世充的徐州行台、杞王王世辩带着徐州、宋州等三十八个州，到河南道安抚大使任镶那里请求投降；王世充原来的地盘全部平定。
窦建德的博州刺史冯士羡又推举淮安王李神通为慰抚山东使，攻占了三十多个州；窦建德的地盘也全部平定。
己卯日，代州总管李大恩攻打苑君璋，打败了他。
突厥侵犯边境，长平靖王李叔良率领五位将领迎击，李叔良中了流箭；军队返回时，六月戊子日，李叔良在路上去世。
戊戌日，孟海公的残余党羽蒋善合带着郓州，孟啖鬼带着曹州前来投降。孟啖鬼是孟海公的堂兄。庚子日，营州人石世则捉住总管晋文衍，率领全州反叛，拥立靺鞨族的突地稽为主。
黄州总管周法明攻打萧铣的安州，攻了下来，俘获了安州总管马贵迁。
乙巳日，朝廷任命右骁卫将军盛彦师为宋州总管，安抚河南地区。
乙卯日，海州盗贼首领臧君相带着五个州前来投降，被任命为海州总管。
秋季七月庚申日，王世充的行台王弘烈、王泰、左仆射豆卢行褒、右仆射苏世长带着襄州前来投降。唐高祖和豆卢行褒、苏世长都有旧交情，之前曾多次写信招降他们，豆卢行褒每次都杀了使者；到长安后，唐高祖杀了豆卢行褒