当初，隋炀帝亲自征讨吐谷浑，吐谷浑可汗伏允带着几千名骑兵逃到党项，隋炀帝立伏允在隋朝当人质的儿子伏顺为吐谷浑君主，让他统领剩下的部众，可伏顺没能回到吐谷浑就又回来了。后来隋朝大乱，伏允又回到吐谷浑，收复了原来的地盘。唐高祖称帝后，伏顺从江都回到长安，唐高祖派人跟伏允结盟，让他攻打李轨，答应把伏顺送回吐谷浑。伏允很高兴，起兵攻打李轨，又多次派人来唐朝进贡，请求送回伏顺，唐高祖就把伏顺送回去了。
闰二月，朱粲派人请求投降唐朝，唐高祖下诏封朱粲为楚王，允许他自己任命属官，根据实际情况处理事务。
宇文化及用珍贵的财物引诱海边的各路盗贼，贼帅王薄率领部众投靠他，和他一起防守聊城。
窦建德对他的部下说：“我是隋朝的百姓，隋朝皇帝是我的君主；现在宇文化及杀了皇帝，他是我的仇人，我不能不讨伐他！”于是带兵直奔聊城。
淮安王李神通攻打聊城，宇文化及粮食吃完了，请求投降，李神通不答应。安抚副使崔世干劝李神通同意投降，李神通说：“士兵们在外征战这么久，敌人已经粮尽计穷，早晚就能攻克城池，我要攻下聊城来显示大唐的威势，还能把敌人的财物分给士兵们当奖赏；如果接受他们投降，拿什么给士兵们赏钱呢！”崔世干说：“现在窦建德的军队就要到了，如果宇文化及还没平定，我们就会腹背受敌，军队一定会打败仗。不用打仗就能拿下城池，功劳来得多容易，怎么能因为贪图财物而不接受投降呢！”李神通很生气，把崔世干关在军营里。不久，宇文士及从济北运来粮食给宇文化及，宇文化及的军队士气稍微振作，就又抵抗起来。李神通指挥士兵攻城，贝州刺史赵君德爬上城墙率先登城，李神通心里嫉妒他的功劳，下令收兵不打了。赵君德大骂着从城墙上下来，聊城最终没能攻下来。窦建德的军队快到了，李神通只好带兵撤退。
窦建德和宇文化及连续交战，把宇文化及打得大败，宇文化及又退守聊城。窦建德指挥士兵从四面猛攻，王薄打开城门放窦建德军进城。窦建德进城后，活捉了宇文化及，先去拜见隋朝的萧皇后，说话时都自称臣子，还穿着白色衣服为隋炀帝痛哭哀悼；接着收缴了传国玉玺和皇帝的仪仗，安抚隋朝的官员，然后抓了宇文化及的党羽宇文智及、杨士览、元武达、许弘仁、孟景，召集隋朝官员，把这些人斩首，把头挂在军营门外示众。窦建德用囚车装着宇文化及和他的两个儿子宇文承基、宇文承趾，押到襄国，杀了他们。宇文化及临死前，没说别的话，只说了一句：“我没有辜负夏王（窦建德）！”
窦建德每次打胜仗、攻占城池后，得到的财物都会全部分给将士，自己一点都不拿。他又不吃肉，经常吃蔬菜、粗粮；他的妻子曹氏，不穿华丽的丝绸衣服，身边使唤的奴婢、侍妾，也只有十几个。打败宇文化及后，窦建德得到一千多名隋朝宫女，立刻就把她们遣散了。他任命隋朝的黄门侍郎裴矩为左仆射，负责官员选拔；任命兵部侍郎崔君肃为侍中，少府令何稠为工部尚书，右司郎中柳调为左丞，虞世南为黄门侍郎，欧阳询为太常卿。欧阳询是欧阳纥的儿子。其他隋朝官员都根据才能任命官职，让他们处理政务。那些不愿意留下来、想去关中或东都的人，窦建德也同意，还发给他们路费和粮食，派兵护送他们出境。隋朝剩下的近万名骁果军士兵，也都被遣散，让他们想去哪里就去哪里。窦建德又和王世充结盟，派人向隋朝皇泰主上奏表，皇泰主封他为夏王。窦建德出身盗贼，虽然建立了政权，却没有完善的礼仪和法律，裴矩帮他制定朝廷礼仪、修订法律，窦建德很满意，经常向裴矩咨询礼仪制度的事。
甲辰日，唐高祖考核大臣们的政绩，把李纲、孙伏伽评为第一。于是设宴招待大臣，对裴寂等人说：“隋朝因为君主骄傲、大臣谄媚而亡国，我登基以来，一直虚心接受建议，可只有李纲还算忠心，孙伏伽称得上正直。其他人还在学隋朝的坏风气，只会低头顺从，这不是我期望的！我把你们当作亲生儿子，你们也该把我当作慈父。有什么想法就直说，别藏着掖着。”接着让大臣们不用讲究君臣礼节，尽情欢乐后才散宴。
唐高祖派前御史大夫段确出使朱粲那里。
当初，唐高祖在隋朝当殿内少监时，宇文士及是尚辇奉御，两人关系很好。宇文士及跟着宇文化及到了黎阳，唐高祖亲笔写信召他来，宇文士及