四月二十四日，世子李建成等人返回长安。
东都洛阳的政令出不了城门，人们没有坚守的决心，朝议郎段世弘等人谋划响应唐军。恰逢唐军已经返回，他们就派人招请李密，约定在四月二十五日夜迎接李密进城。事情败露，越王杨侗命令王世充讨伐并杀了段世弘等人。李密听说东都城里已经安定，就返回了。
宇文化及拥有十几万部众，占据了隋炀帝的六宫妃嫔，自己的生活待遇和隋炀帝完全一样。他经常在帐篷里面朝南坐着，有人向他报告事情，他就沉默不回应；退帐后，才拿出奏章和唐奉义、牛方裕、薛世良、张恺等人商议决定。他把幼主杨浩交给尚书省，派十多个卫士看守，只派令史去拿杨浩签署的敕令，百官不再朝见杨浩。
宇文化及到达彭城，水路不通，又强夺百姓的牛车，得到两千辆，一起装载宫人和珍宝；至于兵器铠甲，都让士兵背着，路途遥远，士兵疲惫不堪，开始产生怨恨。司马德戡私下对赵行枢说：“你大错特错，耽误了我！现在平定叛乱，必须依靠贤能的人；宇文化及平庸愚昧，身边又都是小人，事情一定会失败，该怎么办？”赵行枢说：“这事全在我们，废掉他有什么难的！”
当初，宇文化及掌权后，赐给司马德戡温国公的爵位，加授光禄大夫；但因为司马德戡专门统领骁果军，宇文化及心里很猜忌他。几天后，宇文化及安排众将分配士兵，任命司马德戡为礼部尚书，表面上是提拔他，实际上是剥夺他的兵权。司马德戡因此怨恨，把得到的赏赐都用来贿赂宇文智及；宇文智及为他说话，宇文化及才让他率领一万多后军跟随。
于是司马德戡、赵行枢和将领李本、尹正卿、宇文导师等人谋划，用后军袭击杀死宇文化及，改立司马德戡为主帅；他们派人到孟海公那里，联络他作为外部援助；因为等待孟海公的回信，计划拖延没有实施。许弘仁、张恺知道了这个谋划，把它告诉了宇文化及。宇文化及派宇文士及假装去打猎，到后军军营，司马德戡不知道事情败露，出营迎接拜见，宇文士及趁机把他抓了起来。宇文化及责备他说：“我和你齐心协力平定天下，经历了无数生死。现在刚成功，正想一起守住富贵，你又为什么要反叛？”司马德戡说：“当初杀昏君（隋炀帝），是因为痛恨他的荒淫暴虐；推举你为主帅，你却比他还过分；我是被形势逼迫，不得已才这么做。”宇文化及用绳子勒死了司马德戡，还杀了他的十多个党羽。孟海公害怕宇文化及的势力强大，率领部众准备好酒肉迎接他。
李密占据巩洛抵抗宇文化及，宇文化及不能向西前进，就率领军队向东郡进发，东郡通守王轨献出城池投降。
四月二十八日，李密的将领井陉人王君廓率领部众前来投降唐王。王君廓原本是盗贼，有几千部众，和贼帅韦宝、邓豹在虞乡联合驻军，唐王和李密都派使者招抚他。韦宝、邓豹想归附唐王，王君廓假装和他们一致，趁他们没有防备，发动袭击，打败了他们，夺取了他们的物资，投奔李密；李密对他不加礼遇，他又来投降唐王，唐王任命他为上柱国，暂代河内太守。
萧铣登基称帝，设置百官，仿照南朝梁的旧制。他追谥叔父萧琮为孝靖皇帝，祖父萧岩为河间忠烈王，父亲萧璿为文宪王，封董景珍等七位功臣为王。他派宋王杨道生攻打南郡，攻了下来，把都城迁到江陵，修复皇家园林和宗庙。萧铣召岑文本担任中书侍郎，让他掌管文书，把机密事务托付给他。又派鲁王张绣夺取岭南，隋朝将领张镇周、王仁寿等人抵抗；不久他们听说隋炀帝被杀，都投降了萧铣。钦州刺史宁长真也率领郁林、始安地区归附萧铣。汉阳太守冯盎率领苍梧、高凉、珠崖、番禺地区归附林士弘。
萧铣、林士弘各自派人招请交趾太守丘和，丘和不投降。萧铣派宁长真率领岭南军队从海路攻打丘和，丘和想出城迎接，司法书佐高士廉劝他说：“宁长真的军队虽然多，但远道而来，不能持久，城里能作战的士兵足够抵抗他们，为什么要看到敌人就屈服呢！”丘和听从了他的建议，任命高士廉为军司马，率领水陆各路军队迎击，打败了宁长真，宁长真仅自身逃脱，他的部众全被俘虏。不久有骁果军士兵从江都来到交趾，带来了隋炀帝被杀的消息，丘和也率领全郡归附萧铣。高士廉是高劢的儿子。
始安郡丞李袭志，是李迁哲的孙子，隋朝末年，他拿出家里的财产，招募了三千士兵，来保卫郡