到了天亮，孟秉率领披甲的骑兵迎接宇文化及，宇文化及吓得浑身发抖说不出话，有人来拜见他，他只是低着头靠在马鞍上，不停地说“罪过”。宇文化及到达城门时，司马德戡迎接拜见，把他引进朝堂，尊称为丞相。裴虔通对隋炀帝说：“文武百官都在朝堂上，陛下需要亲自出去安抚慰问。”把自己的随从骑兵牵过来，逼迫隋炀帝骑上去；隋炀帝嫌弃马鞍和缰绳破旧，换了新的才骑上去。裴虔通牵着缰绳、握着刀，带着隋炀帝走出宫门，贼兵们欢呼呐喊，声音震动大地。宇文化及大声说：“何必带着这个人出来，赶紧把他带回去处死。”隋炀帝问：“虞世基在哪里？”贼党马文举说：“已经被斩首了！”于是把隋炀帝带回寝殿，裴虔通、司马德戡等人拔出刀站在旁边。隋炀帝叹息说：“我有什么罪，落到这个地步？”马文举说：“陛下抛弃宗庙，不停巡游，对外频繁征讨，对内极尽奢侈荒淫，让壮年男子死于战乱，妇女儿童饿死在山沟里，士农工商失去产业，盗贼遍地兴起；您只信任阿谀奉承的人，掩饰过错，拒绝劝谏；这怎么能说没罪！”隋炀帝说：“我确实对不起百姓；但至于你们，荣华富贵都享尽了，为什么还要这样做！今天的事，谁是主谋？”司马德戡说：“天下人都怨恨你，何止一个人！”宇文化及又派封德彝列举隋炀帝的罪状，隋炀帝说：“你是读书人，为什么也这样做！”封德彝羞愧地退了下去。隋炀帝的爱子赵王杨杲，当时十二岁，在隋炀帝身边，哭得不停，裴虔通杀了他，鲜血溅到了隋炀帝的衣服上。贼兵想杀隋炀帝，隋炀帝说：“天子死有固定的方式，怎么能用电刀砍杀！拿毒酒来！”马文举等人不答应，让令狐行达按住隋炀帝，逼他坐下。隋炀帝自己解下丝织的腰带，交给令狐行达，令狐行达用腰带勒死了他。当初，隋炀帝自己知道一定会遭遇灾难，经常带着一个装有毒药的瓦罐，对受宠的妃嫔们说：“如果贼兵来了，你们先喝毒药，然后我再喝。”等到叛乱发生，他回头找毒药，身边的人都逃散了，最终没能找到。萧皇后和宫女们拆下漆床的木板，做了一个小棺材，把隋炀帝和赵王杨杲一起埋葬在西院的流珠堂。
隋炀帝每次巡游，常常带着蜀王杨秀，把他囚禁在骁果军的军营里。宇文化及杀了隋炀帝后，想拥立杨秀为皇帝，众人商议后认为不行，于是杀了杨秀和他的七个儿子。又杀了齐王杨暕和他的两个儿子，以及燕王杨倓，隋朝的皇族、外戚，无论老少都被杀死。只有秦王杨浩因为一向和宇文智及有往来，宇文智及用计谋保全了他。齐王杨暕一向不受隋炀帝宠爱，父子之间经常相互猜忌。隋炀帝听到叛乱的消息，回头对萧皇后说：“该不会是阿孩（杨暕的小名）干的吧？”宇文化及派人到杨暕的府第杀他，杨暕以为是隋炀帝派来抓他的，说：“诏使请慢一点，我没有辜负国家！”贼兵把他拉到街上杀了，杨暕到死都不知道杀他的人是谁，父子到死都相互不了解。宇文化及又杀了内史侍郎虞世基、御史大夫裴蕴、左翊卫大将军来护儿、秘书监袁充、右翊卫将军宇文协、千牛卫宇文皛、梁公萧钜等人以及他们的儿子。萧钜是萧琮弟弟的儿子。
叛乱将要发生时，江阳县令张惠绍骑马赶来告诉裴蕴，裴蕴和张惠绍谋划假传圣旨，调发城外的军队逮捕宇文化及等人，然后敲门救援隋炀帝。计划确定后，派人报告虞世基；虞世基怀疑报告叛乱的人说的不是实话，压下了这个计划，没有同意。没过多久，叛乱就发生了，裴蕴叹息说：“和虞世基（字播郎）商量事情，最终误了大事！”虞世基的同宗虞汲对虞世基的儿子、符玺郎虞熙说：“事态已经这样了，我带你向南渡过长江逃命，一起死有什么用？”虞熙说：“抛弃父亲、背叛君主，哪里还有求生的地方？感谢您的关怀，但我已经决定要死了！”虞世基的弟弟虞世南抱着虞世基痛哭，请求代替他去死，宇文化及不答应。黄门侍郎裴矩知道一定会发生叛乱，即使是对仆人也都优厚对待，又建议为骁果军士兵娶媳妇；等到叛乱发生，贼兵们都说：“这不是裴黄门的罪过。”不久宇文化及到达，裴矩在马前迎接拜见，所以得以幸免。宇文化及因为苏威不参与朝政，也赦免了他。苏威的名声和地位一向很高，前去拜见宇文化及；宇文化及召集众人接见他，对他格外客气，给予特殊的礼遇。文武百官都到朝堂祝贺宇文化及，只有给事郎许善心不到。
许弘仁骑马赶去告诉许善心说：“天子已经驾崩，宇文将军代理朝政，满朝文武都已聚集。天道人事本就有更替终结，这事跟您有什么关系，您何必这样迟疑不去？”许善心发怒，不肯前往。许弘仁转身骑马离开，哭着走了。宇文化及派人到许善心家中把他抓到朝堂，不久又放了他。许善心不行