五月初一（乙未），隋文帝下诏说：“北魏末年战乱，军队临时设置坊府（军事编制），南征北伐，居无定所，家无完整房屋，土地难以长久耕种，我很怜悯他们。所有军人，都可归属州县管理，开垦田地、户籍登记，全和百姓一样。军府统领军队的制度，应按旧制保留。废除山东、河南及北方边境地区新设置的军府。”
六月二十八日（辛酉），隋文帝规定，百姓年满五十岁可免除徭役，改用缴纳绢帛代替（即“收庸”）。
秋季七月十一日（癸卯），隋文帝任命纳言杨素为内史令。
冬季十一月初九（辛丑），隋文帝到南郊祭祀上天。
江南地区从东晋以来，刑法宽松，世家大族凌驾于寒门之上；平定陈国后，隋朝治理当地的官员完全改变了旧制。苏威又制定《五教》（五种教化条文），让百姓无论老少都要背诵，士民都哀叹怨恨。民间又谣传隋朝要把他们迁到关中，远近百姓都惊恐不安。于是婺州人汪文进、越州人高智慧、苏州人沈玄懀都起兵反叛，自称天子，设置百官。乐安人蔡道人、蒋山人李凌、饶州人吴世华、温州人沈孝彻、泉州人王国庆、杭州人杨宝英、交州人李春等人都自称大都督，攻陷州县。陈国旧境，几乎全在反叛，大的叛军有几万人，小的有几千人，互相呼应。叛军抓住隋朝县令，有的抽肠，有的割肉吃，说：“看你还能让我们背《五教》吗！”隋文帝下诏任命杨素为行军总管，率军讨伐叛军。
杨素将要渡江，派始兴人麦铁杖背着稻草，夜里游过长江侦察叛军情况，返回后又再次前往，被叛军抓获，叛军派三十名士兵看守他。麦铁杖夺取叛军的刀，乱砍看守士兵，把他们全杀了，割下他们的鼻子揣在怀里返回。杨素对他大为惊奇，上奏任命他为仪同三司。
杨素率领水军从杨子津进入，在京口进攻叛军首领朱莫问，将其击败。又进军攻打晋陵叛军首领顾世兴、无锡叛军首领叶略，都平定了他们。沈玄懀战败逃走，杨素追击将其活捉。高智慧占据浙江东岸扎营，连绵一百多里，战船布满江面；杨素率军进攻。子总管南阳人来护儿对杨素说：“吴人轻便勇猛，擅长水战，而且是必死的叛军，难以和他们正面交锋。您应严阵以待，不和他们交战，请给我几千奇兵暗中渡江，突袭他们的营垒。让他们退无归路、进不能战，这是韩信破赵的计策。”杨素采纳了他的建议。来护儿率领几百艘轻便战船直接登上江岸，突袭叛军大营，趁机放火，浓烟火焰冲天。叛军看到火起而恐慌，杨素趁机率军猛攻，大败叛军，叛军溃散。高智慧逃到海上，杨素追击到海边，召行军记室封德彝商议战事，封德彝不小心掉进水里，被人救起，换了衣服去见杨素，始终没说自己落水的事。杨素后来知道了，问他原因，封德彝说：“这是私事，所以没说。”杨素赞叹他与众不同。封德彝名伦，以字行世，是封隆之的孙子。汪文进任命蔡道人为司空，驻守乐安，杨素进军讨伐，将其全部平定。
杨素派总管史万岁率领两千士兵，从婺州另一条路翻山越海，攻破无数叛军盘踞的溪洞。前后打了七百多场仗，转战一千多里，有一百天没有消息，远近的人都以为史万岁已经阵亡。史万岁把书信放在竹筒里，让它顺着水流漂下，被打水的人捡到，报告给杨素。杨素上奏史万岁的事迹，隋文帝感叹不已，赏赐史万岁家十万钱。
杨素又在温州击败沈孝彻，从陆路向天台进军，直指临海，追捕残余叛军，前后打了一百多场仗，高智慧逃到闽、越一带据守。隋文帝因杨素长期在外征战辛劳，下令让他乘驿车回朝。杨素认为残余叛军没消灭，担心留下后患，又请求出征，于是乘驿车到会稽。王国庆自认为海路艰险，北方人不熟悉，没有设防；杨素从海路突然抵达，王国庆惊慌失措，弃城逃走。残余叛军分散逃入海岛，或据守溪洞，杨素分派将领，从水陆两路追