当时城中实际有武装士兵七万人，东昏侯向来喜欢军阵，常和黄门、刀敕（侍卫）及宫女在华光殿前练习作战，假装受伤，让人用木板抬走，以此厌胜（古代一种巫术，试图以诅咒制服对手）。他还经常在殿中穿着军装、骑马出入，用金银打造铠甲头盔，装饰上孔雀羽毛和翡翠。他白天睡觉、夜里起床，和平时一样。听到城外击鼓呐喊声，就穿上大红袍，登上景阳楼屋顶观望，差点被弓箭射中。
起初，东昏侯和身边的人谋划，认为陈显达一战就败，崔慧景围攻建康不久也撤走，觉得萧衍的军队也会这样，于是命令太官准备一百天的柴草、粮食而已。等到朱雀航战败，众人情绪恐慌。茹法珍等人担心士兵百姓逃散，就关闭城门不再出兵。不久萧衍的军队修筑了长墙包围宫城，壕沟和栅栏十分坚固；之后东昏侯的军队再出城冲击，多次作战都失败了。
东昏侯特别吝啬金钱，不肯赏赐将士；茹法珍叩头请求赏赐，东昏侯说：“贼寇难道是来单独抓我一个人的吗！为什么要向我要东西！”后堂储存了几百块木板，群臣启奏用来加固城防；东昏侯想留着建造宫殿，最终不肯给。他还督促御府打造三百人的精致仪仗，等围困解除后用来看门，对金银雕刻的杂物，比平时更急切地催促制作。士兵百姓都心怀怨恨，不愿为他尽力。城外包围已久，城中的人都希望早点逃离，只是没人敢先行动。
茹法珍、梅虫儿劝东昏侯说：“大臣们不尽心，导致包围不能解除，应该把他们都杀了。”王珍国、张稷害怕灾祸降临，王珍国秘密派遣亲信向萧衍献上明镜，萧衍折断黄金作为回赠（表示“二人同心”）。兖州中兵参军冯翊人张齐，是张稷的心腹，王珍国通过张齐秘密和张稷谋划一起杀死东昏侯。夜里，张齐带王珍国去见张稷，两人促膝定下计策，张齐亲自举着蜡烛；又把计策告诉后阁舍人钱强。十二月丙寅日夜，钱强秘密让人打开云龙门，王珍国、张稷领兵进入宫殿，御刀丰勇之作为内应。东昏侯在含德殿听笙歌，还没睡熟，听到士兵进来，急忙从北门逃出，想返回后宫，宫门已关闭。宦官黄泰平用刀砍伤他的膝盖，东昏侯倒地，张齐上前斩杀了他。张稷召集尚书右仆射王亮等人，让他们在殿前西钟下排列而坐，命令百官签署降书，用黄油包裹东昏侯的首级，派遣国子博士范云等人送到石头城交给萧衍。右卫将军王志叹息说：“帽子虽破，怎能踩在脚下！”他捡起庭院中的树叶揉烂吞下去，假装晕倒，不肯署名。萧衍看降书没有王志的名字，心里很赞赏他。王亮是王莹的堂弟；王志是王僧虔的儿子。
萧衍和范云有旧交，当即留范云参与军事谋划。王亮在东昏侯朝中，靠模棱两可的态度讨好权贵。萧衍到新林时，百官都从小路去表示归附，只有王亮没派人去。东昏侯失败后，王亮出来见萧衍，萧衍说：“君主跌倒了却不搀扶，要这样的宰相有什么用！”王亮说：“如果他还能搀扶，明公您怎会有今日的举动！”从城中逃出来的人，有的被抢劫掠夺。杨公则亲自率领部下在东掖门列阵，护送公卿士民，所以逃出的人大多经过杨公则的军营。萧衍派张弘策先进入皇宫清理，查封府库和图书典籍。当时宫中珍宝堆积如山，张弘策约束部下，秋毫无犯。捕获潘妃及受宠大臣茹法珍、梅虫儿、王唅之等四十一人，都交给司法官吏处置。
当初，海陵王被废后，王太后迁出皇宫，住在鄱阳王的旧宅，称为宣德宫。己巳日，萧衍以宣德太后的名义下诏，追废涪陵王萧宝卷为东昏侯，褚皇后和太子萧诵都贬为平民。任命萧衍为中书监、大司马、录尚书事、骠骑大将军、扬州刺史，封为建安郡公，依照晋代武陵王司马遵承制（代行皇帝职权）的旧例，百官向他致敬；任命王亮为长史。壬申日，改封建安王萧宝寅为鄱阳王。癸酉日，任命司徒、扬州刺史晋安王萧宝义为太尉，兼任司徒。
己卯日，萧衍进入阅武堂驻扎，下令大赦天下。又下令：“除了东昏侯时期荒谬的制度、苛捐杂税、残酷刑罚和过度劳役之外，可详细核查以往的规定，全部废除；对主管官员遗失、损耗的物资，明确制定条例，都予以赦免。”又下令：“全面核查尚书省各部门，东昏侯时期所有审理不当的案件以及主管官员拖延不办的事情，仔细调查辨析，根据实际情况上奏处理。”还下令：“收葬义军将士的遗体，掩埋叛党死者的尸体。”
潘妃有倾国之色，萧衍想留下她，询问侍中、领军将军王茂，王茂说：“使南齐灭亡的就是这个女人，留下她恐怕会招来外界的议论。”萧衍于是下令在狱中缢杀潘妃，同时诛杀茹法珍等受宠大臣。把两千名宫女赏赐给将士。乙酉日，任命辅国将军萧宏为中护军。
萧衍东下建康时，豫州刺史马仙瑅手握兵权，不肯归附萧衍。萧衍派马仙瑅的老朋友姚仲宾去劝降，马仙瑅先为姚仲宾摆酒，随后在军门将他斩首示众。萧衍又派马仙瑅的族叔马怀远去劝说，马仙瑅说：“大义面前要割舍亲情。”又想杀马怀远；军中将士求情，马怀远才得以幸免。萧衍抵达新林时，马仙瑅仍在长江以西每日劫掠萧衍的运粮船。萧衍