南齐曲江公萧遥欣喜好军事，明帝因为自己的儿子们还年幼，在内亲中依靠萧遥欣兄弟，在外亲中依靠皇后的弟弟西中郎长史彭城人刘暄、自己的内弟太子詹事江祏。所以任命始安王萧遥光为扬州刺史，在朝中掌权；任命萧遥欣为都督荆、雍等七州诸军事、荆州刺史，镇守西部边境。但萧遥欣在江陵，招揽了很多有才能、勇猛的人，极力扩充自己的势力，明帝对此非常厌恶。萧遥欣轻视南郡太守刘季连，刘季连秘密上奏说萧遥欣有谋反的迹象；明帝于是任命刘季连为益州刺史，让他占据萧遥欣上游的位置来牵制萧遥欣。刘季连是刘思考的儿子。
这一年，高昌王马儒派司马王体玄向北魏进贡，请求北魏派兵迎接，计划率领全国百姓迁到北魏境内；孝文帝派明威将军韩安保前去迎接，并划出伊吾五百里土地给马儒的部众居住。马儒派左长史顾礼、右长史金城人麴嘉率领一千五百步兵、骑兵迎接韩安保，但韩安保没到；顾礼、麴嘉返回高昌，韩安保也回到伊吾。韩安保派下属朝兴安等人出使高昌，马儒又派顾礼带领世子马义舒迎接韩安保，到达白棘城，这里距离高昌一百六十里。高昌老臣留恋故土，不愿向东迁徙，一起杀了马儒，拥立麴嘉为高昌王，再次向柔然称臣。韩安保只带着顾礼、马义舒返回洛阳。
永泰元年（公元498年）戊寅年。
春季正月癸未日初一，南齐实行大赦。
明帝加授中军将军徐孝嗣为开府仪同三司，徐孝嗣坚决推辞。
北魏将领李佐攻打新野，丁亥日，攻克新野，活捉刘思忌，问他：“现在想投降吗？”刘思忌说：“我宁可做南方的鬼，也不做北方的臣！”李佐于是杀了他。从此沔水北岸地区大为震动。戊子日，湖阳戍主蔡道福，辛卯日，赭阳戍主成公期，壬辰日，舞阴戍主黄瑶起、南乡太守席谦，相继向南逃跑。黄瑶起被北魏军队俘获，孝文帝把他赐给王肃，王肃把他切成小块吃了。乙巳日，明帝命令太尉陈显达救援雍州。
明帝身患疾病，因为近亲势单力薄，猜忌高帝、武帝的子孙。当时高帝、武帝的子孙还有十位藩王，每次初一、十五入朝，明帝回到后宫就叹息说：“我和司徒（萧子良）的儿子们都年幼，高帝、武帝的子孙却越来越大了！”明帝想把高帝、武帝的家族全部除掉，就用含蓄的话问陈显达，陈显达回答：“这些人不值得担忧！”又问扬州刺史始安王萧遥光，萧遥光认为应当按顺序逐步除掉。萧遥光有脚病，明帝常让他乘车从望贤门入宫。每次萧遥光和明帝屏退旁人长时间交谈后，明帝就索要香火，呜咽流泪，第二天必定会有人被诛杀。恰逢明帝病情突然加重，昏死后又苏醒过来，萧遥光于是实施了诛杀计划。丁未日，明帝派人杀了河东王萧铉、临贺王萧子岳、西阳王萧子文、永阳王萧子峻、南康王萧子琳、衡阳王萧子珉、湘东王萧子建、南郡王萧子夏、桂阳王萧昭粲、巴陵王萧昭秀，从此太祖（萧道成）、世祖（萧赜）和世宗（萧长懋）的子孙全被杀害。萧铉等人死后，明帝才让公卿大臣上奏他们的罪状，请求诛杀他们，明帝下诏不允许；大臣们再次上奏，然后才批准。南康王的侍读济阳人江泌为萧子琳痛哭，眼泪流干后，接着流出鲜血；他亲自看着萧子琳的遗体殡葬完毕，才离开。
庚戌日，孝文帝前往南阳。二月癸丑日，明帝下诏派左卫将军萧惠休等人救援寿阳。甲子日，北魏军队攻克宛城北城，房伯玉反绑双手出城