壬戌日，北魏下诏：“各州刺史要精心考察下属官员，根据他们的政绩得失分为三等上报朝廷。”又下诏：“徐州、兖州、光州、南青州、荆州、洛州六州，要严格整顿军备，随时准备接受调遣。”十一月丁卯日，孝文帝下诏废除世宗（北魏宣武帝，此时尚未即位，此处应为笔误，或指前代相关设施）的东田，拆毁兴光楼。
己卯日，南齐明帝为太子迎娶褚氏为太子妃，实行大赦。褚妃是褚澄的女儿。
庚午日，孝文帝前往委粟山，确定祭天的圜丘位置。己卯日，孝文帝召集儒生讨论祭天礼仪。秘书令李彪建议：“鲁国人要祭祀天帝，一定会先在泮宫祭祀先师。请陛下在祭天前一天到太庙告祭祖先。”孝文帝采纳了他的建议。甲申日，孝文帝在圜丘祭祀天帝；丙戌日，实行大赦。
十二月乙未日初一，孝文帝在光极堂召见群臣，宣布官员品级制度，正式开始大规模选拔官员。光禄勋于烈的儿子于登援引旧例请求升官，于烈上奏表说：“如今朝廷推行圣明治理，官员应讲究廉洁谦让，而我的儿子于登却援引旧例求官；这是我平时教导无方所致，请求将我罢官！”孝文帝说：“这真是有见识的话，没想到于烈能有这样的觉悟！”于是召见于登，对他说：“我正要教化天下，因为你父亲有谦逊的美德、正直的风范，所以提拔你为太子翊军校尉。”又加封于烈为散骑常侍，封为聊城县子。
孝文帝对群臣说：“国家历来有一件事让人叹息：大臣们不肯公开议论朝政得失。君主的担忧是不能接受劝谏，臣子的担忧是不能尽忠。从今以后，我任命一个人，如果有不合适的地方，你们要直接指出他的缺点；如果有有才能却没被我发现的人，你们也应当推荐。这样一来，推荐贤才的人有赏赐，该说却不说的人要治罪，你们要清楚这一点。”
丁酉日，南齐明帝下诏修缮晋朝皇帝的各个陵墓，增加守卫人员。
甲子日，孝文帝在光极堂召见群臣，赏赐他们礼服和官帽。
在此之前，北魏人从未使用过钱币，孝文帝开始下令铸造“太和五铢”钱。这一年，钱币铸造基本完成，孝文帝下诏朝廷和民间都可使用。
北魏任命光城蛮人首领田益光为南司州刺史，他所管辖地区的官员，允许他自行选拔任命。后来又在新蔡设立东豫州，任命田益光为刺史。
氐族首领杨炅去世。
建武三年（公元 496 年）丙子年。
春季正月丁卯日，南齐任命杨炅的儿子杨崇祖为沙州刺史，封为阴平王。
孝文帝下诏，认为：“北方人把‘土’叫做‘拓’，把‘后’叫做‘跋’。北魏的祖先源自黄帝，以土德称王，所以姓拓跋。土，是黄色的，是万物的本源；应当改姓为‘元’。各位从代都来的功臣旧族，姓氏有的重复，都要更改。”于是开始改拔拔氏为长孙氏，达奚氏为奚氏，乙旃氏为叔孙氏，丘穆陵氏为穆氏，步六孤氏为陆氏，贺赖氏为贺氏，独孤氏为刘氏，贺楼氏为楼氏，勿忸于氏为于氏，尉迟氏为尉氏；其余姓氏的更改，多得记不过来。
孝文帝很重视门第宗族，认为范阳卢氏、清河崔氏（崔宗伯家族）、荥阳郑氏（郑羲家族）、太原王氏（王琼家族）是四大名门望族，深受士大夫推崇，于是娶这四大家族的女子充实后宫。陇西人李冲因才能见识被重用，在朝中地位尊贵，他联姻的家族，无一不是名望清高的门第；孝文帝也娶了他的女儿为夫人。
孝文帝下诏让黄门郎、司徒左长史宋弁审定各州的士族等级，对很多家族的等级进行了升降调整。又下诏：“代都人以前没有门第宗族之分，即使是功臣贤人的后代，也和地位低微的人没有区别；所以有的人身居公卿高位，他的近亲却还在担任卑微的官职。穆、陆、贺、刘、楼、于、嵇、尉这八姓，从太祖（拓跋珪）以来，功勋卓着，世代担任王公，地位显赫，应当通知司州、吏部，不让他们的族人担任卑微官职，待遇与四大名门望族相同。除这八姓之外，其他应该列入士族的家族，随后再下诏书规定。
那些过去是部落首领，且从皇始年间（拓跋珪时期）以来，三代官职在给事以上或爵位达到王公的，定为‘姓’；如果原本不是部落首领，但从皇始年间以来，三代官职在尚书以上或爵位达到王公的，也定为‘姓’。部落首领的后代，若官职不显赫，定为‘族’；原本不是部落首领，但官职显赫的，也定为‘族’。所有这些‘姓’和‘族’，都要仔细审核，不容许假冒。命令司空穆亮、尚书陆琇等人详细审定，务必做到公平合理。”陆琇是陆馛的儿子。
北魏旧制度规定：王国的侍从官（舍人）都应娶八姓及清高门第的女子。咸阳王元禧却娶了奴仆出身的女子，孝文帝严厉责备他，趁机下诏为六个弟弟聘娶妻子：“之前你们娶的妻子，可以改为妾。咸阳王元禧，可聘娶前颍川太守陇西人李辅的女儿；河南王元干，可聘娶前中散大夫代郡人穆明乐的女儿；广陵王元羽，可聘娶骠骑咨议参军荥阳人郑平城的女儿；颍川王元雍，可聘娶前中书博士范阳人卢神宝