刘裕病情好转后，在三月己未日宣布大赦。
秦州、雍州（今陕西、甘肃一带）的流民向南逃到梁州（今陕西南部、四川北部），三月庚申日，刘裕派人送一万匹绢到梁州，还从荆州、雍州调运粮食，救济这些流民。
当年刁逵被刘裕诛杀后，他的儿子刁弥一直逃亡。三月辛酉日，刁弥带几十人潜入京口城（今江苏镇江），被太尉留府司马陆仲元击杀。
三月乙丑日，北魏河南王拓跋曜去世。
四月甲戌日，北魏国主拓跋嗣立皇子拓跋焘为太平王，兼任相国、大将军；还封其他儿子拓跋丕为乐平王、拓跋弥为安定王等。
四月乙亥日，刘裕下诏封仇池公杨盛为武都王。
西秦王乞伏炽磐任命折冲将军乞伏是辰为西胡校尉，在汁罗（今青海附近）修筑列浑城，用来镇守当地的胡人部落。
五月，刘裕病情加重，召来太子刘义符，叮嘱他：“檀道济虽然有才干谋略，但没太大野心，不像他哥哥檀韶那样有难以驾驭的傲气；徐羡之、傅亮应该不会有二心；谢晦跟着我打过很多仗，懂随机应变，要是将来有人叛乱，肯定是他。”还亲手写诏书：“以后如果有年幼的君主，朝廷大事全交给宰相，太后不用临朝听政。”
刘裕指定司空徐羡之、中书令傅亮、领军将军谢晦、镇北将军檀道济为“顾命大臣”。五月癸亥日，刘裕在西殿去世。
刘裕生活简朴，没什么欲望，治国有法度，穿的用的比普通读书人还节俭，很少举办宴会，后宫妃嫔也少。他曾得到后秦高祖姚兴的侄女，特别宠爱，甚至因此耽误政事；谢晦稍微劝谏，他立刻把这个女子送走。国家财帛都由外府管理，他自己没有私人储藏。岭南曾进贡一种“入筒细布”，一匹有八丈长，刘裕嫌这种布太精美、耗费人力，立刻让有关部门弹劾进贡的太守，把布退了回去，还下令岭南禁止再织这种布。公主出嫁，陪嫁不超过二十万钱，没有锦绣等贵重物品。朝廷内外都遵守禁令，没人敢奢侈浪费。
太子刘义符继位，当时才十七岁，宣布大赦，尊皇太后为太皇太后，立妃子司马氏为皇后（司马氏是前东晋恭帝司马德文的女儿海盐公主）。
拓跋嗣长期服用“寒食散”（魏晋南北朝流行的丹药，副作用大），多年来药性发作，加上天灾异象频繁，他很担心自己的身后事，暗中派使者问白马公崔浩：“最近在赵、代地区（今河北、山西一带）发生日食，我病了一年多没好，怕哪天突然去世，儿子们都还小，该怎么办？你帮我想想身后事。”
崔浩说：“陛下还年轻，病会好的；如果真要做准备，我就说几句浅见。自从北魏建立，一直没重视立太子，所以永兴初年，国家差点动乱。现在该早点立太子，选贤能的公卿当太子的老师，找可靠的大臣当太子的朋友，让太子在内总管朝政、在外掌管军事。这样陛下就能安心养病，就算将来去世，国家有成熟的君主，百姓有依靠，坏人没机会作乱。皇子拓跋焘快满十二岁，聪明温和，立长子为太子是礼法的根本，如果等皇子成年再选，打乱长幼顺序，会招来祸乱。”
拓跋嗣又问南平公长孙嵩，长孙嵩说：“立长子名正言顺，立贤能的人能让大家信服，拓跋焘既是长子又贤能，这是天意。”拓跋嗣听从建议，立太平王拓跋焘为皇太子，让他在正殿处理朝政，成为国家副主。
拓跋嗣任命长孙嵩、奚斤、安同为“左辅”，坐在东宫东厢，面朝西；崔浩、穆观、丘堆为“右弼”，坐在西厢，面朝东；百官都向太子汇报工作。拓跋嗣自己搬到西宫，有时偷偷观察太子处理事务，特别满意，对大臣们说：“长孙嵩是有德望的老臣，侍奉过四代君主，对国家有功；奚斤能言善辩、有智谋，名声远扬；安同懂民间情况，办事老练；穆观懂政务关键，知道我的心意；崔浩知识渊博、能洞察天象人事；丘堆虽然没大才，但办公专心谨慎。有这六个人辅佐太子，我和你们去巡视边境，讨伐叛乱、安抚降民，就能称霸天下了。”
长孙嵩本姓“拔拔”，奚斤姓“达奚”，穆观姓“丘穆陵”，丘堆姓“丘敦”。当时北魏大臣中，来自代北（北魏发源地）的人，姓氏大多复杂重复，直到后来孝文帝迁都洛阳，才把这些复姓改成单姓。旧史书觉得复姓难记，就用了后来的单姓，这里也沿用这个习惯。
拓跋嗣又因为典东西部刘絜、门下奏事古弼、直郎卢鲁元忠诚谨慎、做事勤勉，让他们在东宫任职，分别掌管机密事务和传达命令。太子拓跋焘聪明大度，大臣们有时上奏疑难问题，拓跋嗣就说：“这事我不懂，你们该找太子决定。”
六月壬申日，任命尚书仆射傅亮为中书监、尚书令；让领军将军谢晦兼任中书令；侍中谢方明为丹阳尹（京城最高行政长官）。谢方明擅长治理地方，到任之处都有能干的名声；他接任别人职位时，不轻易改变原有政策，确实需要改的，就慢慢调整，让人看不出痕迹。
六月戊子日，长沙景王刘道怜（