刘裕收集后秦的礼器、浑天仪、土圭、记里鼓、指南车，派人送到建康。其余的金玉、丝绸、珍宝等，都赏赐给了将士们。后秦平原公姚璞、并州刺史尹昭献出蒲阪投降，东平公姚赞率领宗族一百多人到刘裕那里投降，刘裕把他们都杀了。把姚泓押送到建康，在街市上斩首。刘裕任命薛辩为平阳太守，让他镇守北方边境。
刘裕提议迁都洛阳，谘议参军王仲德说：“这种不寻常的事，本来就不是普通人能理解的，一定会引起骚动。现在军队征战已久，士兵们都想回家，迁都的计划，不能再议了。”刘裕才打消了这个念头。
十几万羌人向西逃奔到陇上，沈林子追击到槐里，俘虏了数以万计的人。
河西王沮渠蒙逊听说太尉刘裕消灭了后秦，非常愤怒。门下校郎刘祥进见汇报事情，沮渠蒙逊说：“你听说刘裕进入关中，还敢说这样的话吗？”他对大臣们说：“姚泓不是刘裕的对手。而且他的兄弟在内部叛乱，怎么能抵抗别人呢！刘裕一定能夺取关中。但刘裕不会长久留在那里，必然会南归，留下子弟和将领驻守，到时候我夺取关中就像捡地上的草芥一样容易。”于是他喂饱战马，磨利兵器，训练士兵，进军占据安定，秦岭以北的郡县和戍所都投降了他。刘裕派使者给赫连勃勃送去书信，相约结为兄弟；赫连勃勃让中书侍郎皇甫徽起草回信，又暗中熟记内容，然后当着刘裕使者的面，口授给舍人让他写下来。刘裕读了这封信，感叹说：“我比不上他啊！”
广州刺史谢欣去世，东海人徐道期聚集部众攻陷了广州城，进而攻打始兴，始兴相彭城人刘谦之讨伐并斩杀了他。朝廷下诏任命刘谦之为广州刺史。
癸酉日，司马休之、司马文思、司马国璠、司马道赐、鲁轨、韩延之、刁雍、王慧龙以及桓温的孙子桓道度、桓道子、同族人桓谧、桓璲、陈郡人袁式等人都到北魏长孙嵩那里投降。后秦匈奴镇将姚成都和他的弟弟姚和都献出城镇投降北魏。北魏主拓跋嗣下诏，民间有人能把姚氏子弟送到平城的，给予奖赏。冬季十月己酉日，拓跋嗣召长孙嵩等人返回。司马休之不久后在北魏去世。北魏赐给司马国璠淮南公的爵位，司马道赐池阳子的爵位，鲁轨襄阳公的爵位。刁雍上表请求到南部边疆效力，拓跋嗣任命他为建义将军。刁雍在黄河、济水之间聚集部众，骚扰徐州、兖州；太尉刘裕派兵讨伐，没有攻克，刁雍进军驻守固山，部众达到两万人。
朝廷下诏进封宋公刘裕为王，增加十个郡的封地；刘裕推辞不接受。
西秦王乞伏炽磐派左丞相昙达等人攻打后秦旧将姚艾，姚艾派使者请求称藩臣服，乞伏炽磐任命姚艾为征东大将军、秦州牧。征召王松寿为尚书左仆射。
十一月，北魏叔孙建等人讨伐西山丁零人翟蜀洛支等，平定了他们。
辛未日，刘穆之去世。太尉刘裕听说后，震惊悲痛，哀伤惋惜了好几天。起初，刘裕想留在长安经营西北， but 各位将领和僚属都因长期征战而思念家乡，大多不愿意留下。恰逢刘穆之去世，刘裕因为朝廷没有可以托付的人，于是下定决心东归。
刘穆之去世后，朝廷上下惶恐不安，想下诏书，任命太尉左司马徐羡之代替他的职位，中军谘议参军张邵说：“现在确实是紧急情况，最终的人选当是徐羡之；但世子没有独自任命官员的权力，应该先请示太尉。”刘裕想让王弘代替刘穆之，从事中郎谢晦说：“王弘轻率浮躁，不如徐羡之。”于是任命徐羡之为吏部尚书、建威将军、丹阳尹，代管留守事务。从此，朝廷中过去由刘穆之决定的大事，都要向北边的刘裕请示。
刘裕任命次子桂阳公刘义真为都督雍、梁、秦王州诸军事、安西将军，兼任雍、东秦二州刺史。刘义真当时才十二岁。任命太尉谘议参军京兆人王修为长史，王镇恶为司马、兼任冯翊太守，沈田子、毛德祖都为中兵参军，还让沈田子兼任始平太守，毛德祖兼任秦州刺史、天水太守，傅弘之为雍州治中从事史。
在此之前，陇上流亡到关中的百姓，希望能凭借军队的威力重返故乡；等到设置东秦州后，知道刘裕没有再向西开拓的意思，都叹息失望。
关中人向来敬重王猛，刘裕攻克长安，王镇恶的功劳最大，因此南方人都嫉妒他。沈田子自认为在峣柳的战功，和王镇恶争功，心里不平衡。刘裕将要返回时，沈田子和傅弘之多次对刘裕说：“王镇恶的家在关中，不能保证他会忠心。”刘裕说：“现在留下你们这些文武将士和一万精兵，他如果想做坏事，正好足以自取灭亡。不要再多说了。”刘裕私下对沈田子说：“钟会没能实现他的叛乱，是因为有卫瓘