戊午日，慕容备德在东阳殿召见群臣，商议立慕容超为太子。不久发生地震，百官惊恐，慕容备德自己也不安，回到宫中。当天夜里，他病情加重，不能说话。段后大声说：“现在召中书来写诏书立慕容超为太子，可以吗？”慕容备德睁开眼睛点头。于是立慕容超为皇太子，大赦天下，慕容备德不久就去世了。他们制作了十多口棺材，夜里，分别从四个城门运出，偷偷埋葬在山谷中。
己未日，慕容超登上皇帝位，大赦天下，改年号为太上。尊奉段后为皇太后。任命北地王慕容钟为都督中外诸军、录尚书事，慕容法为征南大将军、都督徐、兖、扬、南兖四州诸军事，加封慕容镇为开府仪同三司，任命尚书令封孚为太尉，鞠仲为司空，封嵩为尚书左仆射。癸亥日，把慕容备德虚葬在东阳陵，谥号为献武皇帝，庙号世宗。
慕容超把亲信公孙五楼当作心腹。慕容备德过去的大臣北地王慕容钟、段宏等人都感到不安，请求到外地任职。慕容超任命慕容钟为青州牧，段宏为徐州刺史。公孙五楼为武卫将军，领屯骑校尉，参与朝政。封孚劝谏说：“我听说亲信不能安置在外地，寄居的人不能安置在朝廷内。慕容钟是国家的宗室重臣，国家的依靠；段宏是外戚中有美德声望的人，百姓都敬仰他；他们正应该辅佐朝政，不适合到远方镇守。现在慕容钟等人出京镇守，公孙五楼在朝廷内辅佐，我私下里感到不安。”慕容超不听。慕容钟、段宏心里都不满，互相说：“黄狗的皮，恐怕最终要用来补狐裘啊。”公孙五楼听说后恨他们。
魏咏之去世，江陵令罗修谋划起兵袭击江陵，尊奉王慧龙为主。刘裕任命并州刺史刘道规为都督荆、宁等六州诸军事、荆州刺史。罗修没能发动起事，侍奉王慧龙逃奔后秦。
乞伏乾归讨伐仇池，被杨盛打败。西凉公李暠和长史张邈谋划迁都酒泉，来逼近沮渠蒙逊；任命张体顶为建康太守，镇守乐涫，任命宋繇为敦煌护军，和他的儿子敦煌太守李让镇守敦煌，于是把都城迁到酒泉。
李暠亲手写命令告诫几个儿子，认为：“从政的人应当谨慎地施行赏罚，不要凭个人的爱憎行事，亲近忠诚正直的人，疏远奸佞谄媚的人，不要让身边的人窃取权力、作威作福。对批评和赞誉，应当研究核查真假；处理诉讼案件，一定要和颜悦色地依照道理，千万不要预先怀疑别人欺诈，主观臆断，轻易地发脾气。一定要广泛咨询，不要独断专行。我治理政事五年，虽然没能让百姓休养生息，但能包容别人的过失，早上还是仇敌，晚上就可以托付心腹，大体上没有辜负新交旧友，处理事务公平，胸怀坦荡没有私心，一开始就不怀偏见，对事物的增减都有分寸。从眼前看好像做得不够，但从长远看却是足够的，或许也无愧于前人了。”
十二月，后燕王熙袭击契丹。
义熙二年（丙午，公元406年）：
春天正月甲申日，北魏主拓跋珪前往豺山宫。各州设置三个刺史，各郡设置三个太守，各县设置三个令长；刺史、令长分别到所在的州、县任职，太守虽然设置了却不管理百姓，功臣担任州刺史的都被召回京城，以爵位回家。
益州刺史司马荣期在白帝攻打谯明子，打败了他。
后燕王熙到了陉北，害怕契丹人多，想回去，苻后不答应，戊申日，于是放弃辎重，率领轻装部队袭击高句丽。
南燕主慕容超猜忌暴虐一天比一天厉害，政令出自受宠的权贵，他沉迷于游乐打猎，封孚、韩讠卓多次劝谏，他都不听。慕容超曾经在朝堂上问封孚：“我可以和前代的哪个君主相比？”封孚回答说：“桀、纣。”慕容超又惭愧又愤怒，封孚从容地走出去，脸色一点都没变。鞠仲对封孚说：“和天子说话，怎么能这样！应该回去道歉。”封孚说：“我年纪七十了，只寻求死的地方罢了！”最终也没去道歉。慕容超因为他有很高的声望，宽容了他。
桓玄叛乱时，河间王司马昙之的儿子司马国璠、司马叔璠逃奔南燕。二月甲戌日，司马国璠等人攻打弋阳。
后燕军队行军三千多里，士兵和马匹疲惫寒冷，死的人在路上接连不断，攻打高句丽的木底城，没能攻克就返回了。夕阳公慕容云被箭射伤，而且害怕后燕王熙的暴虐，于是以生病为由辞去官职。
三月庚子日，北魏主拓跋珪返回平城。夏季四月庚申日，又前往豺山宫。甲午日，返回平城。
柔然社仑侵犯北魏边境。
五月，后燕主慕容宝的儿子博陵公慕容虔、上党公慕容昭，都因受猜疑而被赐死。
六月，后秦陇西公姚硕德从上邽入朝，秦王姚兴为他大赦天下；等他回去时，姚兴送他到雍城才返回。姚兴对待晋公姚绪和姚硕德都像家人一样有礼节，车马、服饰玩物，先送给两位叔叔，自己用次一等的，国家大政，都向他们咨询后才施行。
秃发傉檀讨伐沮渠蒙逊，沮渠蒙逊环城固守。秃发傉檀到赤泉后返回，向后秦献上三千匹马、三万只羊。秦王姚兴