夏天四月，刘裕返回京口镇守，改授都督荆、司等十六州诸军事，加领兖州刺史。
卢循派使者前来进贡。当时朝廷刚刚平定，没有空闲去征讨他；壬申日，任命卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相。卢循送给刘裕益智粽，刘裕回赠他续命汤。卢循任命前琅邪内史王诞为平南长史。王诞劝卢循说：“我本来不是军旅之人，在这里没什么用处；向来受到刘镇军（指刘裕）的厚待，如果能回到北方，必定会受到任用，无论公私场合，都会报答您的厚恩。”卢循认为他说得很对。刘裕给卢循写信，让他遣送吴隐之回来，卢循不答应。王诞又劝卢循说：“将军现在留下吴公，对公私都没好处。孙伯符（孙策）难道不想留下华子鱼（华歆）吗？只是因为一境之内容不下两个君主罢了。”于是卢循派吴隐之和王诞一起返回。
当初，南燕主慕容备德在秦国做官时担任张掖太守，他的哥哥慕容纳和母亲公孙氏住在张掖，慕容备德跟随秦王苻坚侵犯淮南时，留下一把金刀和母亲告别。慕容备德和燕王慕容垂在山东起兵后，张掖太守苻昌收捕了慕容纳和慕容备德的几个儿子，把他们都杀了，公孙氏因为年老得以赦免，慕容纳的妻子段氏正在怀孕，没有被处决。狱掾呼延平是慕容备德过去的下属，偷偷带着公孙氏和段氏逃到羌中。段氏生下儿子慕容超，十岁时公孙氏生病，临终前，把金刀交给慕容超说：“你如果能回到东方，应当把这把刀还给你的叔叔。”呼延平又带着慕容超母子逃奔到凉州。等到吕隆投降秦国，慕容超跟随凉州的百姓迁徙到长安。呼延平去世后，段氏为慕容超娶了呼延平的女儿为妻。
慕容超担心被秦国人收捕，就假装疯狂，沿街乞讨；秦国人都看不起他，只有东平公姚绍见了觉得他不一般，对秦王姚兴说：“慕容超身材相貌奇特不凡，恐怕不是真的疯狂，希望能稍微给他点官爵来笼络他。”姚兴召见慕容超，和他交谈，慕容超故意说些荒谬的话来回答，有时问他也不回应。姚兴对姚绍说：“谚语说‘漂亮的皮肤包裹不住丑陋的骨头’，不过是瞎说罢了。”于是把他放了。
慕容备德听说哥哥慕容纳有个遗腹子在秦国，就派济阴人吴辩去寻访。吴辩通过在长安以占卜为生的同乡宗正谦，把消息告诉了慕容超。慕容超不敢告诉母亲和妻子，偷偷和宗正谦改名换姓逃回南燕。走到梁父时，镇南长史悦寿把这事报告给兖州刺史慕容法。慕容法说：“从前汉朝有个占卜的人冒充卫太子，现在怎么知道他不是这类人呢！”对慕容超不加礼遇。慕容超因此和慕容法产生了嫌隙。
慕容备德听说慕容超到了，非常高兴，派三百名骑兵去迎接。慕容超到了广固，把金刀献给慕容备德。慕容备德痛哭不止，悲伤得不能自已。他封慕容超为北海王，任命为侍中、骠骑大将军、司隶校尉、开府，还精心挑选当时的贤才做他的僚属。慕容备德没有儿子，想把慕容超立为继承人。慕容超在宫内侍奉慕容备德极尽孝道，在宫外对士人谦逊有礼，因此朝廷内外的赞誉和期望都集中到他身上。
五月，桂阳太守章武王司马秀和益州刺史司马轨之谋反，被杀。司马秀的妻子是桓振的妹妹，所以他因自疑而谋反。桓玄的残余党羽桓亮、苻宏等人，还有十多股在郡县聚众作乱，刘毅、刘道规、檀祗等人分兵讨伐，把他们都消灭了，荆、汀、江、豫等地都平定了。朝廷下诏任命刘毅为都督淮南等五郡军事、豫州刺史，何无忌为都督江东五郡军事、会稽内史。
北青州刺史刘该反叛，勾结北魏作为援军，清河、阳平二郡太守孙全聚集部众响应他。六月，北魏豫州刺史索度真、大将斛斯兰侵犯徐州，包围彭城。刘裕派他的弟弟南彭城内史刘道怜、东海太守孟龙符领兵救援，斩杀了刘该和孙全，北魏军队战败逃走。孟龙符是孟怀玉的弟弟。
后秦陇西公姚硕德讨伐仇池，多次打败杨盛的军队；将军敛俱攻打汉中，攻克成固，把三千多家流民迁到关中。秋季七月，杨盛向后秦请求投降。后秦任命杨盛为都督益、宁二州诸军事、征南大将军、益州牧。
刘裕派使者到后秦求和，并且请求归还南乡等几个郡，秦王姚兴答应了。大臣们都认为不可以，姚兴说：“天下的善行都是一样的。刘裕从低微的地位崛起，能够讨伐诛杀桓玄，复兴晋室，对内整顿政务，对外整治边疆，我何必吝惜几个郡，不成就他的好事呢！”于是割让南乡、顺阳、新野、舞阴等十二个郡给晋朝。
八月，后燕辽西太守邵颜有罪，逃亡做了强盗；九月，中常侍郭仲讨伐并斩杀了他。
汝水干涸了，南燕主慕容备德对此很厌恶，不久就卧病在床。北海王慕容超请求祈祷，慕容备德说：“君主的寿