尚书左仆射王愉和他的儿子荆州刺史王绥谋划袭击刘裕，事情泄露，被灭族，王绥的侄子王慧龙被僧彬藏起来，得以幸免。
北魏因为中原地区经济萧条，下诏撤销户数不满一百的县。
丁卯日，刘裕迁到东府镇守。
桓玄到了寻阳，郭昶之给他提供器具物资和兵力。辛未日，桓玄逼迫皇帝向西进发，刘毅率领何无忌、刘道规等各路军队追击他。桓玄留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨和郭昶之镇守湓口。桓玄在路上自己撰写《起居注》，叙述讨伐刘裕的事情，自认为谋划策略没有一点失误，是各路军队违反了调度，才导致失败。他一心专注于着述，没时间和部下商议时事。《起居注》写成后，向远近各处宣扬展示。
丙戌日，刘裕声称接受了皇帝的秘密诏书，让武陵王司马遵按照皇帝旨意总领百官行事，加封侍中、大将军，于是宣布大赦，只有桓玄一族不被宽恕。
刘敬宣、高雅之联合青州的大族和鲜卑的豪强首领，谋划杀害南燕主慕容备德，推举司马休之为主。慕容备德任命刘轨为司空，非常宠信他。高雅之想邀请刘轨一起谋划，刘敬宣说：“刘公年老体衰，有安定齐地的心愿，不能告诉他。”高雅之最终还是告诉了刘轨，刘轨没有听从。谋划渐渐泄露，刘敬宣等人向南逃走，南燕人抓住刘轨，杀了他，追上高雅之，也杀了他。刘敬宣、司马休之到了淮水、泗水之间，听说桓玄战败，就前来归顺，刘裕任命刘敬宣为晋陵太守。
南燕主慕容备德听说桓玄战败，命令北地王慕容钟等人领兵准备夺取江南地区，恰逢慕容备德生病而停止。
夏季四月己丑日，武陵王司马遵进入东宫居住，朝廷内外都对他恭敬有礼；任免百官的文书称为制书，教化百姓的文书称为令书。任命司马休之监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。
庚寅日，桓玄挟持皇帝到了江陵，桓石康接纳了他们。桓玄重新安排设置百官，任命卞范之为尚书仆射。他自认为战败奔逃之后，担心威严命令不能施行，于是更加严酷地加重刑罚，众人心里更加离散怨恨。殷仲文劝谏，桓玄发怒说：“现在因为众将领违反军纪，天象不利，所以才回到旧楚的都城；而这些小人却纷纷乱乱，妄自提出不同意见！正应当用严厉的手段纠正，不能施行宽容的政策。”荆、江各郡听说桓玄流亡，有上奏表问候起居的，桓玄都不接受，反而命令当地官员祝贺迁都新址。
当初，王谧是桓玄辅佐称帝的重要大臣，桓玄接受禅让时，王谧亲手解开皇帝的玉玺绶带；等到桓玄战败，众人认为王谧应该被诛杀，刘裕却特意保全了他。刘毅曾经在朝会时，问王谧玉玺绶带在哪里。王谧心里不安，逃到曲阿。刘裕写信报告武陵王，迎接他回来恢复职位。
桓玄哥哥的儿子桓歆带领氐族首领杨秋侵犯历阳，魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一起打败了他们，在练固斩杀了杨秋。
桓玄派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率领几千人到何澹之等人那里一起镇守湓口。何无忌、刘道规到了桑落洲，庚戌日，何澹之等人带领水军迎战。何澹之平时乘坐的船装饰着羽毛仪仗和旗帜，非常显眼，何无忌说：“贼寇首领一定不在这艘船上，是想欺骗我们罢了，应该赶快攻打它。”众人说：“何澹之不在里面，攻下它也没什么好处。”何无忌说：“现在我们兵力少，敌人兵力多，作战不可能完全胜利，何澹之既然不在这艘船上，船上的战士一定薄弱，我们用精锐部队攻打，一定能攻下；攻下它，那么他们的气势就会受挫，而我们的士气会倍增，趁机逼近他们，一定能打败贼寇。”刘道规说：“好！”于是前去攻打并攻下了这艘船，接着传呼说：“已经抓住何澹之了”。何澹之的军队惊慌混乱。何无忌的部下也认为真的抓住了何澹之，乘胜进攻何澹之等人，把他们打得大败。何无忌等人攻克湓口，进军占据寻阳，派遣使者护送宗庙的神主牌位返回京城。朝廷加封刘裕都督江州诸军事。
桑落洲之战中，胡藩乘坐的船被官军烧毁，胡藩穿着全套铠甲跳入水中，潜水游了三十多步，才得以登上岸。当时去江陵的路已经断绝，他就回到豫章。刘裕一向听说胡藩为人忠诚正直，邀请他参与领军军事。
桓玄收罗荆州的兵力，不到三十天，就有了两万人马，楼船、器械都很精良充足。甲寅日，桓玄又率领各路军队挟持皇帝向东进军，任命苻宏领梁州刺史，作为前锋；又派散骑常侍徐放先去劝降，对刘裕等人说：“如果能撤回军队，解散武装，会给你们重新开始的机会，各自授予官职，让你们不会失去应有的名分。”
刘裕任命诸葛长民为都督淮北诸军事，镇守山阳；任命刘敬宣为江州刺史。
柔然可汗社仑的堂弟悦代大那谋划杀害社仑，没成功，逃奔北魏。
后燕王熙在龙腾苑修建逍遥宫，有几百间相连的房屋，还开凿了曲光海。盛夏时节，士兵得不到休息，中暑而死的超过一半。
西凉世子李谭去世。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平