自从皇帝即位以来，朝廷内外就不和睦，石头城以南都被荆州、江州所控制，以西都由豫州独掌大权，京口及长江以北则被刘牢之和广陵相高雅之把持，朝廷能直接管辖的，只有三吴地区而已。等到孙恩作乱，八郡都被孙恩占据，京城周围各县，盗贼到处蜂拥而起，孙恩的党羽中还有潜伏在建康的，人们内心都很恐慌，常常担心会发生意外叛乱，于是朝廷内外都进入戒严状态。朝廷加授司马道子黄钺，司马元显兼任中军将军，命令徐州刺史谢琰兼管吴兴、义兴的军事，去讨伐孙恩；刘牢之也出兵讨伐孙恩，上奏表后就立刻行动。
西秦任命金城太守辛静为右丞相。
十二月甲午日，燕国燕郡太守高湖率领三千户人家投降北魏。高湖是高泰的儿子。
丙午日，燕国君主慕容盛封弟弟慕容渊为章武公，慕容虔为博陵公，儿子慕容定为辽西公。
丁未日，燕国太后段氏去世，谥号为惠德皇后。
谢琰进军击杀了许允之，迎接魏隐返回郡城，又进军攻打丘尫，打败了他，然后和刘牢之边打边进，所到之处都取得胜利。谢琰留在乌程驻守，派司马高素协助刘牢之，进军到浙江边。朝廷下诏任命刘牢之都督吴郡诸军事。
当初，彭城人刘裕，出生时母亲就去世了，父亲刘翘客居京口，家境贫寒，打算把他扔掉。同郡人刘怀敬的母亲，是刘裕的姨母，当时生下刘怀敬还没满一年，跑去阻止了刘翘，断掉刘怀敬的奶来喂养刘裕。刘裕长大后，勇猛健壮有远大志向，只认识一点字，靠卖鞋子为生，还喜欢玩樗蒲这种赌博游戏，被同乡人看不起。刘牢之攻打孙恩时，引荐刘裕参与军事，让他带领几十人去侦察贼军情况。他们遇上了几千名贼兵，刘裕立刻迎上去攻击，随从的人都战死了，刘裕也掉到了河岸下。贼兵到岸边想下去，刘裕举起长刀向上砍杀了好几个人，才得以爬上岸，接着大声呼喊着追赶贼兵，贼兵都逃跑了，刘裕杀死杀伤了很多贼兵。刘敬宣奇怪刘裕怎么这么久没回来，带兵去寻找，看到刘裕独自一人驱赶着几千名贼兵，都十分惊叹。于是趁机进攻贼兵，把他们打得大败，斩杀和俘获了一千多人。
起初，孙恩听说八郡都响应自己，对下属说：“天下大事没什么可担忧的了，我会和各位穿着朝服到建康去。”不久听说刘牢之到了江边，又说：“我割据浙江以东，至少也能像勾践一样称王！”戊申日，刘牢之带兵渡过长江，孙恩听说后，说：“我逃跑也不算羞耻。”于是驱赶着二十多万男女向东逃跑，在路上丢弃了很多宝物、子女，官军只顾着争抢这些东西，孙恩因此得以逃脱，又逃回了海岛。高素在山阴打败了孙恩的党羽，斩杀了孙恩任命的吴郡太守陆瑰、吴兴太守丘尫、馀姚县令吴兴人沈穆夫。
东部地区遭受战乱后，百姓都盼望官军到来，可后来刘牢之等人放纵士兵大肆抢掠，士人百姓都很失望，郡县城中再也看不到人影，过了一个多月才有少量人回来。朝廷担心孙恩再次来袭，任命谢琰为会稽太守、都督五郡军事，率领徐州的文武官员驻守海浦。
任命司马元显为录尚书事。当时人们称司马道子为“东录”，司马元显为“西录”；西录府门前车马众多，十分热闹，东录府门前却冷清得可以张网捕鸟。司马元显没有好的老师和朋友，他所亲信的大都是些奸佞谄媚的人，这些人有的吹捧他是一时的英雄豪杰，有的称赞他是风流名士。从此司马元显一天比一天骄横奢侈，还暗示礼官提议，认为自己德行高、威望重，既然总领百官，百官都应该对他表示最高的敬意。于是公卿以下的官员，见到司马元显都要下拜。当时战事频繁，国家财力空虚，从司徒以下的官员，每天的口粮只有七升，可司马元显却不停地搜刮钱财，财富超过了皇室。
殷仲堪担心桓玄专横跋扈，就和杨佺期联姻，互为援助。杨佺期多次想攻打桓玄，殷仲堪每次都制止他。桓玄担心最终会被殷仲堪、