八月，杨佺期、桓玄突然到达湓口。王愉没有防备，惊慌地逃到临川，桓玄派偏军追上抓住了他。
燕国任命河间公慕容熙为侍中、车骑大将军、中领军、司隶校尉，城阳公慕容元为卫将军。慕容元是慕容宝的儿子。又任命刘忠为左将军，张豪为后将军，都赐姓慕容氏。李旱为中常侍、辅国将军，卫双为前将军，张顺为镇西将军、昌黎尹，张真为右将军；都封为公爵。
乙亥日，燕国步兵校尉马勤等人谋反，被处死；事情牵连到骠骑将军高阳公慕容崇、慕容崇的弟弟东平公慕容澄，都被赐死。
宁朔将军邓启方、南阳太守闾丘羡率领两万士兵攻打南燕，与南燕中军将军慕容法、抚军将军和在管城交战，邓启方等人兵败，单人匹马逃脱。
魏王拓跋珪命令有关部门划定京城地区的疆界，标明道路里程，统一权衡标准，审定度量单位；派使者巡视各郡国，举报不守法的地方长官，亲自考察后进行罢免或提升。
九月辛卯日，朝廷加授会稽王司马道子黄钺，任命世子司马元显为征讨都督，派卫将军王珣、右将军谢琰率兵讨伐王恭，谯王司马尚之率兵讨伐庾楷。
乙未日，燕国任命东阳公慕容根为尚书令，张通为左仆射，卫伦为右仆射，慕容豪为幽州刺史，镇守肥如。
己亥日，谯王司马尚之在牛渚大败庾楷，庾楷单人匹马投奔桓玄。会稽王司马道子任命司马尚之为豫州刺史，他的弟弟司马恢之为骠骑司马、丹杨尹，司马允之为吴国内史，司马休之为襄城太守，各自拥有兵马作为自己的援助。乙巳日，桓玄在白石大败官军。桓玄与杨佺期进军到横江，司马尚之退走，司马恢之所率领的水军全军覆没。丙午日，司马道子驻扎在中堂，司马元显守卫石头城，己酉日，王珣守卫北郊，谢琰驻扎在宣阳门，防备叛军。
王恭一向凭借才能和门第轻视别人，杀了王国宝后，自认为威风无人能挡，倚仗刘牢之作为爪牙却只把他当作普通的部将对待，刘牢之自负有才能，心怀深深的羞耻和怨恨。司马元显知道后，派庐江太守高素劝说刘牢之，让他背叛王恭，许诺事成之后把王恭的职位名号授给他；又把司马道子的书信送给刘牢之，向他陈述祸福。刘牢之对他的儿子刘敬宣说：“王恭过去受先帝大恩，现在是皇帝的舅舅，却不能辅佐王室，多次起兵向京城进军，我不能判断王恭的志向，事情成功的那天，他一定能屈居天子和相王之下吗？我想凭借国家的声威，以顺讨逆，怎么样？”刘敬宣说：“朝廷虽然没有周成王、周康王那样的美好政绩，也没有周幽王、周厉王那样的恶行；而王恭依仗他的兵权，轻视蔑视王室。父亲您与他既不是骨肉亲人，也没有君臣之义，虽然一起共事过一段时间，但心意不相投合，现在讨伐他，在情义上有什么不妥呢！”
王恭的参军何澹之知道了他们的阴谋，把这事告诉了王恭。王恭因为何澹之一向和刘牢之有矛盾，不相信。于是设酒宴请刘牢之，在众人面前拜他为兄长，把精锐的士兵和坚固的铠甲都配给他，让他率领帐下督颜延作为前锋。刘牢之到了竹里，斩杀颜延投降朝廷；派刘敬宣和他的女婿东莞太守高雅之回去袭击王恭。王恭正在出城阅兵，刘敬宣指挥骑兵横向冲击，王恭的军队溃散。王恭将要进城，高雅之已经关闭了城门。王恭单人匹马逃到曲阿，他一向不熟悉骑马，大腿上磨出了疮。曲阿人殷确是王恭过去的部下，用船载着王恭，准备投奔桓玄，到了长塘湖，被人告发，抓获了王恭，送到京城，在倪塘斩首。王恭临刑前，还整理胡须鬓发，神色自若，对执行死刑的人说：“我错在轻信别人，所以到了这一步，推究我的本心，难道不是忠于国家吗！只希望百代之后有人知道有个王恭罢了。”他的子弟和党羽都被处死。朝廷任命刘牢之为都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州、晋陵诸军事，代替王恭。
没多久，杨佺期、桓玄率军抵达石头城，殷仲堪也到了芜湖。司马元显从竹里快马赶回京城，派丹杨尹王恺等人征发京城里的几万百姓占据石头城抵抗。杨佺期、桓玄等人上奏章为王恭辩白，要求诛杀刘牢之。刘牢之率领北府军快马赶到京城，驻扎在新亭。杨佺期、桓玄看到这情况，吓得变了脸色，把军队撤回蔡洲。朝廷不清楚西边叛军的虚实，而殷仲堪等人带着几万兵马，布满了京城郊外，朝廷内外都被逼迫得忧心忡忡。
左卫将军桓修是桓冲的儿子，他对司马道子说：“西边的军队可以通过劝说让他们解散，我知道其中的内情。殷仲堪、桓玄等人，之前全靠王恭，现在王恭已经败亡，西边的军队肯定沮丧恐慌。要是现在用重利引诱桓玄和杨佺期，这两人心里必定高兴；桓玄能牵制殷仲堪，还能让杨佺期倒戈，去对付殷仲堪。”司马道子采纳了他的建议，任命桓玄为江州刺史。征召郗恢回朝当尚书，让杨佺期代替郗恢担任都督梁、雍、秦三州诸军事、雍州刺史。任命桓修为荆州刺史，暂时带领左卫的文武官员去镇守，又命令刘牢之带一千人护送他。把殷仲堪贬为广州刺史，派殷仲堪