当时朝廷内外都知道贾后想害太子，中护军赵俊劝太子先下手为强，废掉贾后，但太子没听。左卫率刘卞是东平人，他去问张华贾后是不是有谋害太子的阴谋，张华说：“没听说。”刘卞说：“我从须昌的一个小官吏，承蒙您提拔才有今天。士人懂得报答知己，所以我才跟您说实话，您怎么还怀疑我呢？”张华问：“就算真有这事，你打算怎么办？”刘卞说：“东宫有很多有才能的人，还有一万精兵；您是朝廷重臣，如果您支持，太子可以借着上朝的机会掌管尚书事务，把贾后废到金墉城，这只需要两个宦官就能办到。”张华说：“现在皇帝在位，太子是皇帝的儿子，我又没有辅佐大臣的权力，突然一起做这种事，这是目无君父，还会让天下人觉得太子不孝。就算事情成功了，我们也难免获罪。况且朝廷里到处都是有权有势的人，权力分散，怎么能保证一定成功呢？”贾后经常派亲信微服私访，刺探消息，听说了刘卞的话，就把他贬为雍州刺史。刘卞知道自己的话泄露了，就喝毒药自杀了。
十二月
太子的长子司马虨生病了，太子想为他请求封王，皇帝没答应。司马虨病得很重，太子就为他祈祷求福。贾后听说后，就假称皇帝生病了，把太子召进皇宫。太子到了之后，贾后不见他，把他安置在别的房间，派婢女陈舞传皇帝的命令，赐给太子三升酒，让他一口气喝完。太子推辞说喝不了这么多，陈舞就逼他：“你这是不孝吗？皇帝赐的酒都不喝，难道怀疑酒里有毒？”太子没办法，勉强喝完，结果喝得大醉。贾后让黄门侍郎潘岳写了一封信的草稿，派小婢女承福拿着纸笔和草稿，趁太子喝醉的时候，假称皇帝诏令，让太子抄写。信里写着：“陛下应该自行了断，如果不这么做，我就会动手。皇后也应该赶紧自行了断，不然我就亲自下手。我还和谢妃约定好了，到时候两边一起行动，不要犹豫，免得留下后患。我在日月星辰下发誓，皇天会保佑我扫除祸患，立司马道文（太子长子）为王，让蒋氏当皇后。如果心愿达成，我会用牛羊猪三牲祭祀北君。”太子醉得迷迷糊糊，就照着抄了，有些字没写完，贾后又补全，然后把信呈给皇帝。
十二月三十日
晋惠帝来到式乾殿，召集公卿大臣入宫。黄门令董猛拿出太子写的信和青纸诏书，对众人说：“司马遹写了这样的信，现在赐他死罪。”这封信在王公大臣间传阅，却没人敢说话。张华站出来说：“废太子可是大祸啊！自古以来，因为废除嫡长子引发国家动乱的例子太多了。而且咱们晋朝建国没多久，陛下一定要慎重考虑！”裴頠也建议，应该先查查传信的人，再对比太子平时的笔迹，不然很可能是伪造的。贾后一听，立刻拿出太子以前写的十几份奏折，让众人对比，大家看了之后，也不敢说信是假的。
贾后让董猛假传长广公主的话，对皇帝说：“这事得赶紧做决定，大臣们意见不一，谁不服从诏令，就按军法处置！”大臣们从白天讨论到傍晚，还是没结果。贾后见张华等人态度坚决，怕事情闹大，就退了一步，提议把太子贬为平民，皇帝同意了。随后，尚书和郁等人拿着符节去东宫，宣布废除太子。司马遹换上平民衣服，拜谢接旨，步行走出承华门，坐上简陋的牛车。车骑将军司马澹带兵，把太子、太子妃王氏，还有三个儿子司马虨、司马臧、司马尚，一起囚禁到金墉城。太子妃的父亲王衍赶紧上表，请求女儿和太子离婚，皇帝批准了，太子妃哭着回了娘家。贾后还杀了太子的生母谢淑媛，以及司马虨的生母蒋俊。
永康元年（公元300年）
春季，正月初一
晋惠帝大赦天下，改年号为永康。
西戎校尉司马阎缵抬着棺材到皇宫上书，说：“当年汉朝戾太子起兵反抗，还有人说他罪不至死，顶多挨顿打。现在司马遹被定罪时，一直规规矩矩，罪过比戾太子小多了。陛下应该重新选个好老师，好好教导他，如果实在教不好，再放弃也不迟。”可惜这封信送上去后，皇帝根本没当回事。司马阎缵是司马圃的孙子。
贾后又让人冒充宦官自首，说曾和太子一起谋反。皇帝把这份供词发给公卿大臣看，还派司马澹带一千士兵，把太子转移到许昌宫囚禁起来，让御史刘振拿着符节看守，并下令太子的属官不许送行。太子洗马江统、潘滔，舍人王敦、杜蕤、鲁瑶等人，不顾禁令，跑到伊水边上，哭着和太子告别。司隶校尉满奋把这些人抓起来关进监狱。关在河南狱的人，被乐广悄悄放走了；关在洛阳县狱的还没放。都官从事孙琰劝贾谧：“咱们废太子，就是说他有罪。现在他的属官冒着风险送别，如果重罚他们，这事传出去，反而显得太子有德。不如放了他们。”贾谧听了，让洛阳县令曹摅放人，乐广也没被追究责任。太子到许昌后，给太子妃写信，说自己被冤枉了，但太子妃的父亲王衍害怕惹事，没敢把信上报。