孙权悲痛大哭，无心处理事务。张昭严肃地说：“孝廉，现在是哭的时候吗！”说完，给孙权换上官服，扶他上马，让他出去巡视军队。张昭率领百官，一方面上表朝廷，一方面向各城发布公文，让军队内外的将领官吏各司其职。周瑜从巴丘带兵回来奔丧后，就留在吴郡，以中护军的身份和张昭共同掌管军政事务。当时，孙策虽然占据会稽、吴郡、丹杨、豫章、庐江、庐陵等地，但一些偏远险要之处还未完全归附，流亡至此的士人也大多抱着观望态度，君臣之间的关系并不稳固。不过张昭、周瑜等人认为孙权有成就大业的潜力，于是全心辅佐他。
七月，汉献帝立皇子刘冯为南阳王，然而壬午日，刘冯不幸去世。
汝南的黄巾军刘辟等人背叛曹操，响应袁绍。袁绍派刘备带兵援助刘辟，许多郡县纷纷响应。袁绍还派使者封阳安都尉李通为征南将军，刘表也暗中招揽他，李通全都拒绝了。有人劝李通投靠袁绍，李通手握剑柄怒斥道：“曹公英明睿智，必定能平定天下；袁绍虽然强大，但最终会成为曹操的俘虏。我誓死不会背叛曹公！”随即斩杀袁绍的使者，把印绶送给曹操。为支援曹操，李通紧急征收户调，朗陵长赵俨劝他：“如今周边郡县都反叛了，只有阳安郡还归附朝廷，这时候还催缴绵绢，百姓本就容易骚乱，这样做恐怕不行吧？”李通说：“曹公与袁绍相持正激烈，周围郡县都反叛了，如果不及时运送绵绢，旁人肯定会认为我在观望，怀有二心。”赵俨说：“我明白您的顾虑，但也要权衡轻重。稍微缓一缓征收，我来帮您解决这个隐患。”于是赵俨写信给荀彧：“现在阳安郡百姓穷困，邻城都已反叛，局势很容易动荡，这可是关系一方安危的关键时刻。而且这里的百姓坚守忠义，身处险境也不背叛，朝廷应该好好安抚。如果还急于征收绵绢，以后怎么鼓励大家行善？”荀彧马上向曹操汇报，曹操下令将绵绢全部还给百姓，上下无不欢喜，阳安郡也得以安定。李通还率军击败瞿恭等贼寇，平定了淮、汝地区。
当时，曹操颁布新的法令，要求各州郡执行，法令颇为严苛，同时又急于征收绵绢。长广太守何夔进言：“古代先王根据地域远近制定不同的赋税，依据局势治乱制定不同的刑罚。我认为长广郡应该按照偏远新设立地区的法令来治理，民间小事让官吏根据实际情况灵活处理，这样对上不违背国家正法，对下能顺应百姓心意。等过个三年，百姓安居乐业了，再用法令统一规范。”曹操采纳了他的建议。
刘备在汝水、颍水一带四处攻略，许都以南的官吏百姓人心惶惶，曹操为此头疼不已。曹仁分析说：“眼下咱们大军正和袁绍对峙，南边的人觉得我们顾不上，刘备又带着强兵压境，他们反叛也是意料之中。但刘备刚接手袁绍的军队，还没法完全掌控，现在出击，一定能打败他！”曹操听后，派曹仁率领骑兵出击。曹仁果然不负众望，打跑了刘备，夺回所有反叛的郡县，胜利回师。
刘备逃回袁绍军中后，心里盘算着离开袁绍，于是劝说袁绍与南面的刘表结盟。袁绍便让刘备带着本部兵马再次前往汝南，和贼寇龚都等人会合，聚集起几千人马。曹操派蔡杨前去攻打，却反被刘备斩杀。
袁绍大军驻扎在阳武，沮授劝他：“咱们北方军队虽然人多，但论精锐勇猛比不上南方；曹操那边粮草少，物资储备不如我们。他们急于速战速决，我们打持久战才有利，应该慢慢和他们耗着。”可袁绍根本不听。八月，袁绍把营地向前推进，沿着沙丘扎营，连绵东西几十里。曹操也分设营地，和袁绍针锋相对。
九月初一这天，发生了日食。曹操出兵和袁绍交战，吃了败仗，只能退回营地，坚守不出。袁绍让人建造高高的了望楼，堆起土山，从上面向曹营射箭。曹营里的士兵只能顶着盾牌走路。曹操则发明了“霹雳车”，用石头轰击袁绍的了望楼，把楼全砸塌了。袁绍又挖地道偷袭曹营，曹操就在营内挖长沟进行阻拦。
当时曹操兵力少、粮草将尽，士兵疲惫不堪，百姓被赋税压得喘不过气，不少人都叛逃到袁绍那边。曹操愁得给荀彧写信，说想撤回许都，把袁绍军队引过去。荀彧回信劝道：“袁绍把全部兵力都集中在官渡，想和您一决胜负。您现在以弱抗强，如果顶不住，肯定会被他吞并，这可是决定天下走向的关键时刻！袁绍不过是个有点本事的普通人，能招揽人才却不会用人。凭您的英明神武，又顺应大义，有什么做不成的！现在粮草虽少，但还没到楚汉在荥阳、成皋对峙时那么艰难。当时刘邦和项羽谁都不敢先退，因为先退就输了气势。您用十分之一的兵力，坚守此地，卡住袁绍的咽喉，让他寸步难行，已经半年了。现在双方都到了关键时刻，形势即将变化，正是出奇制胜的时候，千万不能错过！”曹操听后，下定决心继续坚守。看到运送粮草的士兵，曹操还安抚他们：“再等十五天，我一定打败袁绍，到时候就不用辛苦你们了！”
袁绍的几千辆运粮车到达官渡，荀攸向曹操献计：