蹇硕心中不安，写信给中常侍赵忠、宋典等人说：“大将军何进兄弟把持朝政，如今他们与天下的党人密谋，要诛杀先帝身边的宦官，将我们赶尽杀绝。只是因为我掌管着禁军，他们才暂时没有行动。现在我们应该一起关闭宫门，迅速逮捕并杀掉何进。”中常侍郭胜与何进是同乡，何太后和何进能够得到皇帝的宠信，郭胜出了不少力，所以他亲近何家。郭胜与赵忠等人商议后，没有听从蹇硕的计划，反而把蹇硕的信拿给何进看。四月二十五日（庚午日），何进派黄门令将蹇硕逮捕并处死，随后将蹇硕统领的禁军全部收归自己掌管。
骠骑将军董重与何进争权夺利，宦官们为了壮大自己的势力，便支持董重。董太后每次想要参与政事，都会被何太后阻拦。董太后愤怒地骂道：“你现在这么嚣张，不就是依仗着你哥哥何进吗！我让骠骑将军砍下何进的头，就像翻一下手那么容易！”何太后听说后，把这件事告诉了何进。五月，何进与三公一起上奏说：“孝仁皇后（董太后）派前中常侍夏恽等人与各州郡勾结，谋取钱财，所得财物全部藏入西省。按照旧例，藩王的王后不能留在京城，请求将孝仁皇后迁回她的封国。”奏章得到了批准。五月初七（辛巳日），何进派兵包围骠骑将军府，逮捕了董重，免去他的官职，董重被迫自杀。六月初七（辛亥日），董太后因担忧恐惧，突然去世。
六月十七日（辛酉日），朝廷将汉灵帝安葬在文陵。何进为了防备类似蹇硕谋害自己的事情再次发生，借口生病，既没有入宫参加汉灵帝的丧礼，也没有去送葬。
这期间，天下发生了大水灾。
秋天，七月，朝廷将渤海王刘协改封为陈留王。
司徒丁宫被罢免。
袁绍再次劝说何进：“以前窦武想要诛杀皇帝宠信的宦官，结果反而被宦官杀害，主要原因就是消息泄露。五营的士兵都畏惧服从宦官，窦武却反而任用他们，这才招来杀身之祸。如今将军您兄弟二人都统领着精锐部队，部下的将领官吏又都是杰出的人才，他们都愿意为将军效力，事情的成败完全掌握在您手中，这是上天赐予的良机。将军应该为天下百姓铲除祸害，这样就能名垂青史，千万不要错过这个机会！”何进于是禀告何太后，请求将中常侍以下的所有宦官全部罢免，让三署郎来填补他们的职位。何太后不同意，说：“宦官掌管皇宫内的事务，这是从古到今的惯例，也是汉朝的旧制，不能废除。况且先帝刚刚离世，我怎么能天天和一帮士人一起处理政务呢！”何进难以违背太后的意愿，就打算先诛杀那些肆意妄为的宦官。袁绍却认为，宦官们亲近皇帝，负责传达诏令，如果不全部铲除，日后必定会成为大患。
何太后的母亲舞阳君和弟弟何苗，多次接受宦官们的贿赂，他们知道何进想诛杀宦官，就多次在太后面前为宦官们说情开脱，还说：“大将军何进擅自诛杀皇帝身边的近臣，这是独揽大权、削弱国家根基的行为。”何太后听得多了，也开始怀疑何进。何进刚刚掌握大权，一向敬畏宦官，虽然表面上想成就一番大事，内心却优柔寡断，所以这件事一直没能决断。
袁绍等人又给何进出主意，让他召集各地的猛将和豪杰，带兵开进京城，以此来胁迫何太后同意诛杀宦官。何进觉得这个办法可行。主簿陈琳劝谏道：“俗话说‘掩目捕雀’，连小小的麻雀都不能用欺骗的手段抓住，更何况是国家大事，怎么能靠欺诈来成事呢？如今将军您总揽皇家威严，掌握军事大权，完全可以果断行事，就像在大火炉上烧毛发一样容易。您应该立刻采取行动，当机立断，这样才能顺应天意民心。如果反而放弃手中的权力，向外寻求援助，等到各路大军聚集京城，势力强大的人就会称雄，这就好比倒拿着武器，把剑柄交给别人，不但事情办不成，还会引发大乱！”何进没有听从。典军校尉曹操听说后，笑着说：“宦官这个官职，从古至今都应该有，只是君主不应该给他们太大的权力和宠信，让他们发展到今天这种地步。既然要治他们的罪，诛杀首恶就行了，派一个狱吏就足够了，何必大费周章地召集外地军队呢？想要把他们全部杀掉，事情肯定会泄露，我看此事必然失败。”
当初，汉灵帝征召董卓担任少府，董卓上书推辞说：“我率领的湟中义从和秦、胡士兵都对我说：‘军饷没有发全，赏赐也断绝了，妻子儿女都在挨饿受冻。’他们拉住我的车子，不让我离开。这些羌、胡士兵性情贪婪，我实在无法制止，只能暂时安抚他们。情况特殊，所以再次向您上奏。”朝廷对此也没有办法。等到汉灵帝病重，下诏书任命董卓为并州牧，并让他把军队交给皇甫嵩统领。董卓又上书说：“我承蒙陛下恩典，掌管军队长达十年，与士兵们朝夕相处，感情深厚。他们感念我的养育之恩，愿意为我拼死效力。我恳请陛下允许我带着这些士兵前往并州，在边疆为国家效力。”皇甫嵩的侄子皇