十一月，王国率军包围陈仓。朝廷重新任命皇甫嵩为左将军，督率前将军董卓，两人合兵四万，前去抵御。
张纯和丘力居在青州、徐州、幽州、冀州四处劫掠。朝廷下诏，让骑都尉公孙瓒前去讨伐。公孙瓒在属国石门与他们交战，张纯等人惨败，连老婆孩子都顾不上，越过边塞逃走，被他们掳走的百姓也都被救回。但公孙瓒孤军深入，没有后援，在辽西管子城被丘力居等人包围。被困两百多天后，粮草耗尽，军队溃散，士兵死伤了十分之五六。
董卓对皇甫嵩说：“陈仓情况危急，我们赶紧去救援吧！”皇甫嵩说：“不行。百战百胜，不如不战而屈人之兵。陈仓虽然是个小城，但城防坚固，粮草充足，一时半会儿攻不下来。王国虽然兵强马壮，但久攻陈仓不下，士兵肯定疲惫不堪。等他们疲惫时再出击，这才是必胜之道，为什么要现在去救呢？”王国攻打陈仓八十多天，始终没能攻破。
中平六年（公元189年）
这年春天，二月，王国的军队疲惫不堪，只好解围撤退。皇甫嵩见状，立刻下令追击。董卓劝阻说：“不能追！兵法上说，穷寇莫追，归师勿遏。”皇甫嵩却说：“不对。之前我不进攻，是避开他们的锐气；现在追击，是等他们疲惫。我们要打的是疲惫之师，不是急于回家的归师；王国的军队正在逃跑，毫无斗志，我们以严整之师攻打混乱之军，这根本不是追击穷途末路的敌人。”于是，皇甫嵩独自率军追击，让董卓在后面接应。经过多次交战，皇甫嵩大获全胜，斩杀敌军一万多人。董卓又羞愧又恼怒，从此和皇甫嵩结下仇怨。韩遂等人一起废掉王国，还劫持了前信都令、汉阳人阎忠，让他统领各部。阎忠不久后病死，韩遂等人开始争权夺利，互相残杀，势力也逐渐衰弱。
幽州牧刘虞到任后，派人前往鲜卑部落，向他们说明利害关系，要求他们交出张举、张纯的首级，还承诺给予丰厚的奖赏。丘力居等人听说刘虞来了，非常高兴，纷纷派使者前来表示愿意归附。张举、张纯吓得逃出边塞，其他人则纷纷投降或逃散。刘虞上书朝廷，请求撤掉各地的驻军，只留下降虏校尉公孙瓒，率领一万步兵、骑兵驻扎在右北平。三月，张纯的门客王政杀死张纯，把首级献给刘虞。公孙瓒一心想彻底消灭乌桓，而刘虞却想用恩德和信义招降他们，两人因此产生了矛盾。
中平六年（公元189年）
夏天，四月初一（丙子日），发生了日食。
随后，太尉马日磾被免职。朝廷派使者前往幽州，就地任命幽州牧刘虞为太尉，并封他为容丘侯。
当时，小黄门蹇硕忌惮大将军何进的权势，便和一众常侍一起劝说汉灵帝，派何进向西去攻打韩遂。汉灵帝听从了他们的建议。但何进暗中得知了这个阴谋，于是上奏请求派袁绍去徐州、兖州召集兵力，打算等袁绍回来后再西征，以此来拖延出发的时间。
此前，汉灵帝的几个皇子都不幸夭折。何皇后生下儿子刘辩后，为了保住他的性命，将其寄养在道士史子眇家中，刘辩因此被称为“史侯”。王美人生下儿子刘协后，由董太后亲自抚养，刘协被称为“董侯”。群臣纷纷上书，请求皇帝确立太子之位。汉灵帝觉得刘辩为人轻佻，缺乏帝王威仪，想立刘协为太子，却一直犹豫不决。后来汉灵帝病重，便将刘协托付给蹇硕。四月十一日（丙辰日），汉灵帝在嘉德殿驾崩。蹇硕当时在皇宫内，想先杀掉何进，然后拥立刘协为帝。他派人去请何进，说是要商议事情，何进没有怀疑，立即乘车前往。蹇硕的司马潘隐和何进是老相识，他看到何进前来，便用眼神向何进示意危险。何进大吃一惊，急忙从小路骑马逃回自己的军营，随后带兵进驻百郡邸，并以生病为由，不再入宫。四月十三日（戊午日），皇子刘辩登上皇位，年仅十四岁。他尊奉何皇后为皇太后，何太后开始临朝听政，并大赦天下，将年号改为光熹。刘辩还封皇弟刘协为渤海王，刘协当时只有九岁。朝廷任命后将军袁隗为太傅，让他与大将军何进共同处理尚书事务。
何进掌握朝政大权后，对蹇硕企图谋害自己的行为怀恨在心，暗中谋划着除掉他。袁绍通过何进的亲信张津，劝说何进将所有宦官全部诛杀。何进认为袁氏家族世代显贵，深受朝廷恩宠，而且袁绍和他的堂弟虎贲中郎将袁术都很有威望，深受豪杰们