建初三年（公元78年 戊寅年）
春天正月己酉日，皇帝在明堂祭祀祖宗，登上灵台观察天象，之后大赦天下。
马防进攻布桥，大获全胜，布桥率领一万多羌人投降。皇帝下诏，命马防班师回朝。耿恭留下来继续攻打尚未归降的部落，斩杀一千多人，勒姐、烧何等十三个部落，共计数万人，都向耿恭投降。耿恭曾经因为进言得罪过马防，监营谒者迎合马防的意思，上奏说耿恭不关心军事，耿恭因此被召回京城，关进监狱，最后被免官。
三月癸巳日，皇帝立贵人窦氏为皇后。
当初，汉明帝在位时，下令治理虖沱河、石臼河，想从都虑到羊肠仓开通漕运。太原的官吏和百姓深受劳役之苦，工程连年都没有完工，累死的人不计其数。皇帝任命郎中邓训为谒者，负责监督这项工程。邓训经过考察分析，认为工程难以完成，就将实际情况详细上奏。夏天四月己巳日，皇帝下诏停止这项工程，改用驴车运输，每年节省费用上亿，还让几千服役的人得以保全性命。邓训，是邓禹的儿子。
闰月，西域代理司马班超，率领疏勒、康居、于阗、拘弥的军队，共计一万人，进攻姑墨的石城，攻破城池，斩杀七百人。
冬天十二月丁酉日，朝廷任命马防为车骑将军。
武陵漊中地区的蛮人发动叛乱。
这一年，有关部门上奏，建议让广平王刘羡、巨鹿王刘恭、乐成王刘党前往封国就藩。皇帝生性重情，不忍心和诸王分离，就把他们都留在了京城。
建初四年（公元79年 己卯年）
春天二月庚寅日，太尉牟融去世。
夏天四月戊子日，皇帝立皇子刘庆为太子。
己丑日，皇帝将巨鹿王刘恭改封为江陵王，汝南王刘畅改封为梁王，常山王刘昞改封为淮阳王。
四月辛卯日，皇帝封皇子刘伉为千乘王，刘全为平春王。
官员们接连依据旧例，请求给皇帝的几位舅舅封爵。当时天下粮食丰收，边境太平，没什么大事。癸卯日，皇帝就封卫尉马廖为顺阳侯，车骑将军马防为颍阳侯，执金吾马光为许侯。太后听说后，感慨道：“我年轻的时候，一心只想读书学习，连性命都不顾。如今虽然老了，仍然告诫自己不要贪得无厌，所以日夜警惕，想着要自我约束、减少欲望，希望能一直坚守这种态度，不辜负先帝的期望。我劝导兄弟们，也是希望大家能有同样的志向，这样等我去世的时候，就没什么遗憾了。可没想到，到老了我的想法还是不被听从，真是死不瞑目啊！”马廖等人连忙推辞，希望只当关内侯，皇帝没有答应。马廖等人没办法，只好接受封爵，但同时上书请求辞去官职，皇帝同意了。五月丙辰日，马防、马廖、马光都以特进的身份回家闲居。
甲戌日，朝廷任命司徒鲍昱为太尉，南阳太守桓虞为司徒。六月癸丑日，皇太后马氏去世。皇帝从小被马太后抚养长大，一直把马氏当作自己的外家，所以贾贵人虽然是皇帝的生母，却没有被尊为太后，贾氏家族的人也没有因此得到恩宠和荣耀。马太后去世后，皇帝只给贾贵人加赐了王赤绶，赏了一辆安车、二百名永巷宫人、两万匹杂帛、一千斤黄金和两千万钱。
秋天七月壬戌日，朝廷安葬明德皇后（马太后）。
校书郎杨终建议：“汉宣帝曾广泛召集众多儒者，在石渠阁讨论并确定《五经》的内容和解释。现在天下太平，学者们有条件专心研究学问，但有些只注重章句训诂的人，反而破坏了经典的整体思想。应该像石渠阁会议那样，重新统一对《五经》的解释，为后世树立标准。”皇帝采纳了他的建议。冬天十一月壬戌日，皇帝下诏给太常：“让将军、大夫、博士、郎官以及各位儒者，到白虎观集合，讨论《五经》内容和解释的异同。”皇帝让五官中郎将魏应代表自己提出问题，侍中淳于恭负责将大家的讨论结果上奏，最后由皇帝亲自作出决定，并整理成《白虎议奏》。当时的名儒丁鸿、楼望、成封、桓郁、班固、贾逵，还有广平王刘羡都参与了这次讨论。班固，是班超的哥哥。
建初五年（公元80年）
春天二月庚辰初一，发生了日食。皇帝下诏，要求举荐敢于直言进谏的人。
荆州、豫州等地的军队讨伐漊中蛮人，打败了他们。
夏天五月辛亥日，皇帝下诏说：“我一直盼望着能得到正直的人才，渴望听到新奇独到的见解。那些最先来上书进言的人，已经抒发了心中的想法，我也大致了解