八月壬子日，皇帝在东宫前殿驾崩，年仅四十八岁。他留下遗诏：“不要建造寝庙，把神主牌位放在光烈皇后更衣的别室就行。”皇帝在位时，一直遵循光武帝时期定下的制度，没有随意更改，后妃的家族成员不能封侯，也不能参与政事。馆陶公主为儿子求一个郎官职位，皇帝没有答应，而是赏赐了一千万钱，并对群臣说：“郎官的职位与天上星宿相应，到地方就是管理百里之地的官员，如果用人不当，百姓就要遭殃，所以这个职位不能轻易授予。”当时，公车署以“反支日”（古代术数禁忌日）为由，不接收奏章。皇帝听说后感到奇怪，说：“百姓放下农活，远道而来上书，却因为禁忌被拒之门外，这哪里是治理国家该有的做法？”于是废除了这项制度。尚书阎章的两个妹妹都是贵人，阎章能力出众，熟悉旧有典章制度，按资历早就该升任重要职位，但皇帝因为他是后宫亲属，始终没有重用他。正因如此，朝廷选拔的官吏都很称职，百姓安居乐业，远近的人都敬畏诚服，人口也不断增加。
太子即位，年仅十八岁，尊称皇后为皇太后。
汉明帝刚去世时，马氏兄弟争着想要入宫。北宫卫士令杨仁身披铠甲，手持长戟，严格把守宫门，谁都不敢轻易闯入。马氏兄弟就一起在章帝面前诬陷杨仁，说他严厉刻薄。章帝知道杨仁忠心耿耿，反而更加优待他，任命他为什邡县令。
壬戌日，将孝明皇帝安葬在显节陵。
冬天十月丁未日，新皇帝大赦天下。
皇帝下诏，任命代理太尉事务的节乡侯赵熹为太傅，司空牟融为太尉，二人共同处理尚书事务。
十一月戊戌日，任命蜀郡太守第五伦为司空。第五伦在蜀郡任职时公正清廉，举荐的官吏大多很称职，所以皇帝把他从偏远的蜀郡调到京城重用。
这时候，焉耆、龟兹两国出兵，攻杀了西域都护陈睦，北匈奴则在柳中城包围了关宠。恰巧赶上汉朝皇帝大丧，救兵无法派出，车师国也再次反叛，和匈奴一起攻打耿恭。耿恭激励将士奋勇抵抗，几个月后，粮食吃光，陷入困境，他们只能煮铠甲、弓弩，吃上面的皮革和筋条。耿恭和士兵们同甘共苦，推心置腹，所以大家都没有二心，但将士们还是不断死去，最后只剩下几十人。匈奴单于知道耿恭已经弹尽粮绝，一心想招降他，派使者对耿恭说：“你要是投降，就封你为白屋王，还把女子嫁给你。”耿恭把使者诱骗到城上，亲手将其杀死，还在城上用火炙烤尸体。单于大怒，增派兵力包围耿恭，但始终没能攻下城池。关宠上书朝廷请求救援。皇帝召公卿大臣商议，司空第五伦认为不该救援，司徒鲍昱却说：“现在把将士派到危险的地方，危急时刻却抛弃他们，对外是纵容蛮夷的暴行，对内则伤了那些拼死报国的大臣的心。如果只是权宜之计，以后边境不再出事也就罢了。可要是匈奴再次侵犯边塞，陛下还能派谁去带兵？况且耿恭、关宠两部兵力各只有几十人，匈奴包围他们几十天都没能攻下，说明匈奴也是强弩之末。可以让敦煌、酒泉太守各率两千精锐骑兵，多带旗帜，日夜兼程赶去救援。匈奴疲惫不堪的军队肯定不敢抵挡，四十天内足够他们返回关内。”皇帝觉得有理，于是派征西将军耿秉屯兵酒泉，代理太守事务，又派酒泉太守段彭与谒者王蒙、皇甫援，征调张掖、酒泉、敦煌三郡以及鄯善国的军队，共计七千多人，前去救援。
甲辰日，月末最后一天，发生了日食。
太后的兄弟虎贲中郎将马廖，以及黄门郎马防、马光，在汉明帝在位时一直没有升迁。章帝即位后，任命马廖为卫尉，马防为中郎将，马光为越骑校尉。马廖等人四处结交，各地的达官显贵都争相与他们来往。第五伦上书进谏说：“我听说《尚书》里讲：‘臣子不能作威作福，否则会危害家族，给国家带来灾难。’前些年，光烈皇后虽然极其关爱娘家人，但还是抑制约束阴氏家族，不给予他们权势。后来梁氏、窦氏家族，都有违法乱纪的行为，汉明帝即位后，大多被诛杀。从那以后，洛阳城中不再有嚣张的权贵外戚，私人请托办事的现象也都断绝了。明帝还告诫各位外戚：‘辛苦自己结交士人，不如为国家效力。头上顶着盆子却想看天，两件事无法同时做到。’如今，议论的人又开始说起马氏家族的事。我听说卫尉马廖用三千匹布，城门校尉马防用三百万钱，私下馈赠京城及附近地区的官员，不管认不认识，都给予帮助。到了腊日，还送给在洛阳的官员每人五千钱。越骑校尉马光，腊日请客用了三百头羊、四百斛米、五千斤肉。我认为这些做法不符合常理和道义，心中惶恐，不敢不向陛下报告。陛下想要厚待他们，也应该用正确的方式保证他们平安。我今天说这些，实在是想对上忠于陛下，对下保全太后家族啊。”
这一年，京城以及兖州、豫州、徐州