之前，刘秀曾告诫吴汉：“各郡征来的士兵只会浪费粮食，要是有人逃跑，还会动摇军心，都遣散了吧。”但吴汉等人想集中兵力快点打败隗嚣，就没听刘秀的话。结果粮食越来越少，士兵们又累又饿，逃跑的人越来越多。岑彭用水灌西城，水位离城墙顶只剩一丈多。就在这时，王元、行巡、周宗带着五千多公孙述的救兵，突然从高处杀到，大喊：“百万大军到了！”汉军毫无防备，乱了阵脚，还没摆好阵势，王元等人就拼命突围，冲进西城，带着隗嚣逃回冀县。吴汉的军队没了粮食，只好烧毁辎重，从陇山撤退，盖延、耿弇也跟着后撤。隗嚣出兵追击，岑彭断后，众将才得以全军东归，只有祭遵坚守在汧县没有后退。吴汉等人撤回长安屯守，岑彭回到津乡。这样一来，安定、北地、天水、陇西又被隗嚣占据。校尉温序是太原人，被隗嚣的将领苟宇俘虏。苟宇多次劝他投降，温序大怒：“你们这些反贼，竟敢逼迫汉朝将领！”一边骂，一边用手中的符节打死了好几个人。苟宇的部下要杀他，苟宇拦住说：“这是位义士，让他以义士之礼自尽吧。”温序接过剑，把胡须叼在嘴里，说：“我既然被贼人杀，不能让胡须沾泥土！”说完就拔剑自杀了。他的下属王忠带着他的灵柩回到洛阳，刘秀下诏赐给他墓地，还封他的三个儿子为郎官。
十二月，高句丽国王派使者来到东汉朝廷进贡，刘秀恢复了他的王号，双方保持了友好的往来关系。这一年，国内发生了大水灾，给百姓生活和农业生产带来了严重影响 。
建武九年（公元33年）
春天，正月，颍阳成侯祭遵在军中去世。祭遵为人廉洁节俭、做事谨慎，总是严格要求自己，一心为国家效力。他把得到的赏赐全部分给士兵，军队纪律严明，所到之处，当地百姓甚至感觉不到军队的存在。他选拔人才注重儒家学问，军中摆酒作乐时，也常演奏雅乐、玩投壶游戏。临终前，他叮嘱家人丧事从简，当别人问起他的家事，他始终闭口不谈。祭遵的离世让刘秀十分悲痛。祭遵的灵柩运到河南时，刘秀身穿素服亲自前去吊唁，望着灵柩痛哭；回宫途中，刘秀又停在城门口，看着运送祭遵灵柩的车队经过，泪水止不住地流；丧礼结束后，刘秀又用太牢之礼亲自祭祀他。刘秀还下诏让大长秋、谒者、河南尹负责操办丧事，大司农提供治丧费用。下葬时，刘秀再次亲临；下葬后，刘秀又来到他的坟前，慰问祭遵的夫人和家人。此后每次朝会，刘秀都会感叹：“上哪再去找像祭征虏（祭遵）这样忧国奉公的人啊！”卫尉铫期说：“陛下太过仁爱，一直悼念祭遵，让我们这些大臣既感动又惭愧惶恐。”刘秀这才不再常常提及。
隗嚣又病又饿，只能吃些粗糙干粮，最终愤恨而死。王元、周宗拥立隗嚣的小儿子隗纯为王，继续带兵坚守冀县。公孙述派将领赵匡、田弇前来协助隗纯。刘秀则派冯异前去攻打。
公孙述派翼江王田戎、大司徒任满、南郡太守程泛率领几万人顺江而下，从江关出兵，击败了冯骏等人的军队，接着攻占了巫县、夷道、夷陵，然后占据荆门、虎牙两地。他们在江面上架起浮桥、建起关楼，竖立起成排的木桩阻断水道，又在山上扎营切断陆路，以此阻挡汉军的进攻。
夏天六月丙戌日。
刘秀前往缑氏县，登上轘辕山。吴汉率领王常等四位将军，带着五万多士兵，在高柳攻打卢芳的部将贾览、闵堪。匈奴出兵救援，汉军作战失利。此后匈奴势力愈发强盛，不断侵扰边境，抢劫掠夺的情况日益严重。刘秀下诏，让朱祜屯兵常山，王常屯兵涿郡，破奸将军侯进屯兵渔阳，任命讨虏将军王霸为上谷太守，加强边防，抵御匈奴。
刘秀派来歙全权监督驻扎在长安的各路将领，太中大夫马援担任他的副手。来歙上书说：“公孙述把陇西、天水当作屏障，所以才能苟延残喘；现在这两个郡已经被平定，公孙述没了依靠，无计可施了。我们应该增调兵马，储备粮草。如今西州刚经历战乱，士兵百姓疲惫饥饿，如果用财物粮食招抚，就能把他们聚集起来为我们所用。我知道国家开支很多，经费紧张，但现在是不得不这么做！”刘秀觉得有道理，于是下诏在汧县囤积了六万斛谷物。秋天八月，来歙率领冯异等五位将军，到天水讨伐隗纯。骠骑将军杜茂在繁畤与贾览交战，结果吃了败仗。
从王莽末年开始，众多羌人部落进入塞内居住，金城郡的很多属县都被他们占据。隗嚣无力征讨，只能安抚接纳他们，还征调羌人部队与汉军对抗。司徒掾班彪上书建议：“现在凉州各地都有投降的羌人，他们习俗、语言与汉人不同，经常被一些狡猾的小官吏欺负掠夺，走投无路之下就会反叛。少数民族发动叛乱，大多是这个原因。以前的制度，益州设置蛮夷骑都尉，幽州设置领乌桓校尉，凉州设置护羌校尉，他们都持符节，负责管理少数民族事务，调解矛盾，每年定时巡视，了解他们的疾苦。还经常派翻译沟通，掌握情况，让塞外的羌人做官府的耳目，这样州郡就能提前做好防备。现在应该恢复旧