隗嚣向刘秀上书谢罪说：“我的手下和百姓听说朝廷大军突然到来，惊慌失措，为了自保才出兵抵抗，我没能及时制止。虽然侥幸打了胜仗，但我不敢废弃做臣子的礼节，所以亲自把军队追了回来。从前虞舜侍奉父亲，父亲用大棒打他，他就逃跑；用小棒打，他就甘愿挨打。我虽然没那么贤能，但也不敢忘记这个道理！如今我的命运掌握在朝廷手中，要赐我死我就死，要对我用刑我就受刑。如果能让我改过自新，就算是死了，也会感恩戴德。”刘秀的下属官员认为隗嚣言辞傲慢，请求杀掉他的儿子。刘秀不忍心，又派来歙到汧县，给隗嚣送去诏书说：“从前柴将军说过：‘陛下为人宽厚仁慈，诸侯就算有背叛的行为，但只要后来归顺，陛下都会恢复他们的爵位封号，不会杀他们。’现在你要是能放下武器，再把弟弟隗恂送到京城，就能保住爵位和俸禄，享受大福！我快四十岁了，在军队里待了十年，早就听厌了那些虚情假意的话。你要是不愿意，就不用回复了。”隗嚣知道刘秀已经看穿了他的假意，于是派使者向公孙述称臣。
匈奴和卢芳不断侵扰边境，刘秀派归德侯刘飒出使匈奴，想恢复往日的友好关系。可匈奴单于态度傲慢无礼，虽然也派使者回访，但边境的侵扰依旧没有停止。
建武七年（公元31年）
春天三月，刘秀下令撤销各郡国的轻车、骑士、材官等军种，让这些士兵重新成为普通百姓。
公孙述封隗嚣为朔宁王，还不断派兵和隗嚣相互呼应，给他撑腰。
癸亥日，出现了日食。刘秀下诏让百官上书进言，并且规定上书时不能称他为“圣”。太中大夫郑兴上书说：“国家要是政治不清明，就会在日月运行上出现异象。关键在于顺应民心，选贤任能。现在公卿大夫们大多举荐渔阳太守郭汲，认为他可以胜任大司空一职，可朝廷却不及时决定。外面流言纷纷，都说‘朝廷想用功臣担任大司空’，如果真的任用功臣，那官员的任用就乱了套。希望陛下能委屈自己，听从大家的意见，成全群臣推举贤才的美意。近年来，日食大多发生在月末，而且月亮总是提前和太阳重合，这说明月亮运行速度太快。太阳象征君主，月亮象征臣子，君主过于严厉急躁，臣子就会感到紧迫，所以月亮运行速度才会加快。如今陛下处理政事英明果决，但群臣却感到惶恐不安，希望陛下能多考虑用温和的方式治理国家，重视《洪范》中记载的治国方法。”刘秀一直亲自处理政事，有时过于严厉急躁，所以郑兴才会在奏疏中提到这些。
建武七年（公元31年）
四月壬午日，刘秀宣布大赦天下。
五月戊戌日，他任命之前的将军李通担任大司空。
当时，大司农江冯向刘秀提议：“应该让司隶校尉监督检查三公。”司空的属官陈元却不同意，上书劝阻说：“我听说，把臣子当作老师的君主能成就帝业，把臣子当作宾客的君主能成就霸业。周武王把姜太公尊为老师，齐桓公称管仲为仲父，汉高祖对相国礼遇有加，汉文帝给予宰辅大权。但到了王莽篡汉，他趁着汉朝衰落，独揽大权，还总觉得自己了不起，不信任大臣，夺走三公的权力，削弱宰相的威严，鼓励大家互相揭发，甚至出现仆人告发主人、子弟检举父兄的情况。他制定的法律又严苛又细密，大臣们做事都畏手畏脚。即便如此，他还是没能阻止董忠的谋反，最后自己也落得被杀的下场。现在天下还不太平，百姓都在看着朝廷的一举一动。陛下应该学习周文王、周武王的治国之道，继承祖宗的美德，礼贤下士，不应该让有关部门去监察三公。”刘秀觉得陈元说得在理，就采纳了他的建议。
酒泉太守竺曾的弟弟为报仇杀了人，竺曾为了这事，主动辞去了太守的职务。窦融按照刘秀的旨意，任命竺曾为武锋将军，同时让辛肜接替他做酒泉太守。
到了秋天，隗嚣带着三万步兵和骑兵侵犯安定，一路打到阴盘。冯异率领众将领抵抗，隗嚣又派其他将领从陇山下来，在汧县攻打祭遵。但隗嚣这次没占到便宜，只能无功而返。刘秀原本打算亲自去征讨隗嚣，还提前和窦融约定了出兵时间，结果遇上大雨，道路被冲断，加上隗嚣的军队已经撤退，只好作罢。后来，刘秀让来歙写信劝降王遵，王遵就来投降了。刘秀封他做太中大夫，还赐给他向义侯的爵位。
冬天的时候，卢芳因为一些事情杀了五原太守李兴兄弟。朔方太守田飒、云中太守乔扈见状，各自带着自己管辖的郡向刘秀投降，刘秀让他们继续担任原