公元前214年（秦始皇三十三年），秦朝征发那些曾经逃亡的人、上门女婿、商人当兵，攻打南越的陆梁地区，设置了桂林郡、南海郡、象郡；又把五十万被贬谪的人迁徙到五岭戍守，让他们和越人杂居。
蒙恬率军击退匈奴，收复了黄河以南地区，设置了四十四县。他还凭借地形，修建长城来控制险要之处。长城西起临洮，东至辽东，绵延一万多里。之后，蒙恬渡过黄河，占据阳山，一路向北延伸。秦军在外征战十多年，蒙恬常驻上郡统领军队，他的声威震慑着匈奴。
公元前213年（秦始皇三十四年）
秦朝下令，那些断案不公，以及在复审案件时故意错判、过失错判的司法官吏，都要被罚去修筑长城或者到南越地区服役。
丞相李斯上书给秦始皇说：“从前诸侯纷争，各国都重金招揽游说之士。如今天下平定，法令统一，百姓在家就应努力从事农业和手工业生产，士人就该学习国家法令。但现在有些儒生不学习当下的法令制度，却去学古代的东西，借此非议当今，迷惑百姓，还一起指责国家的教化。他们听到朝廷法令下达，就各自根据自己所学议论纷纷，在家里心里不满，出门就在街巷议论，以批评君主来博取名声，以标新立异来显示高明，还带领百姓制造诽谤言论。如果不加以禁止，就会使君主的权威在上面下降，朋党势力在下面形成。所以必须加以禁止！我建议，除了秦国的史书，其他各国的史书都要烧掉；除了博士官掌管的书籍，天下凡私藏《诗经》《尚书》和诸子百家着作的，都要送到当地官府统一焚毁。有敢私下谈论《诗经》《尚书》的，在闹市执行死刑示众；借古非今的，满门抄斩；官吏发现而不举报的，与犯人同罪。命令下达三十天后，还不烧毁书籍的，脸上刺字，罚做苦役。医药、占卜、种植方面的书籍可以保留。如果有人想学习法令，就以官吏为师。”秦始皇批复：“可以。”
魏国人陈馀对孔子的后代孔鲋说：“秦国要毁掉先王留下的典籍，而你是这些书籍的收藏者，太危险了！”孔鲋说：“我研究的学问看似没什么实际用处，了解我的只有朋友。秦国不是我的朋友，我有什么危险呢？我把这些书藏起来，等他们来求问。真到那时候，也就没什么可担心的了。”
公元前212年（秦始皇三十五年），秦始皇派蒙恬修建直道，从九原一直通到云阳，一路上开山填谷长达一千八百里，修了好几年都没完工。
秦始皇觉得咸阳人口太多，先王留下的宫殿又太小，于是在渭南的上林苑中修建新的宫殿。先修的前殿叫阿房宫，东西宽五百步，南北长五十丈，殿上可以容纳一万人，殿下能竖立五丈高的大旗。宫殿四周建有天桥，可以直接从殿前通到南山，还把南山的顶峰当作宫殿的门阙。又修了天桥，从阿房宫渡过渭水，连接咸阳，以此象征天上的北极星、阁道星跨过银河抵达营室星。当时，受宫刑和判服苦役的有七十多万人，他们一部分被派去修阿房宫，一部分去修建骊山陵墓。从北山开采石料做棺椁，从蜀地、荆地征调木材，都运到了工地。在关中地区一共修建了三百座宫殿，关外有四百多座。秦始皇还在东海郡朐县的界内立了一块石碑，当作秦国的东大门。把三万户人家迁到骊邑，五万户人家迁到云阳，这些人家都免除十年的赋税和徭役。
方士卢生劝秦始皇说：“按照方术，君主应该不时暗中出行，避开恶鬼。恶鬼避开了，神仙真人就会到来。希望陛下居住的宫殿不要让别人知道，这样或许就能得到长生不老药了。”秦始皇说：“我向往做真人。”从此就自称“真人”，不再称“朕”。他下令咸阳周围二百里内的二百七十座宫殿，都用天桥、甬道连接起来，里面摆满帷帐、钟鼓和美人，还登记造册，不许随意迁移。秦始皇每次到某处居住，有敢说出他住处的，一律处死。有一次，秦始皇在梁山宫，从山上看见丞相李斯的车骑随从众多，很不高兴。有人把这件事告诉了李斯，李斯随后就减少了车骑数量。秦始皇大怒：“一定是宫里有人泄露了我的话！”经过审问，没人承认。秦始皇就把当时在身边的人全部抓起来杀掉了。从那以后，再也没人知道秦始皇的行踪。群臣有事奏请，都在咸阳宫进行。
侯生和卢生一起非议秦始皇，然后逃走了。秦始皇听说后，勃然大怒：“我对卢生等人尊重厚赐，他们竟然诽谤我！在咸阳的这些儒生，我派人去查问，发现有人制造妖言迷惑百姓。”于是让御史把这些儒生全部抓来审问。儒生们互相告发，秦始皇亲自圈定了犯禁的四百六十多人，把他们全部活埋在咸阳，还昭告天下，以此警示后人；同时还增加了谪戍边疆的人数。秦始皇的长子扶苏劝谏说：“这些儒生都尊崇孔子的学说。如今陛下用重法惩治他们，我担心天下会不安定。”秦始皇听了很生气，就派扶苏到上郡去监督蒙恬的军队。
公元前211年（秦始皇三十六年），东郡落下一块陨石。有人在陨石上刻字：“始皇死而地分。”秦始皇派御史挨家查问，没人承认。他就把陨石附近的居民全部杀掉，还焚毁了这块陨石。
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