高祖孝文帝即位初李崇任大使巡察冀州。不久以原官职代理梁州刺史。当时巴氐骚乱，朝廷令李崇以镇西大将军身份出任荆州刺史，镇守上洛，并令征调陕、秦二州士兵护送李崇到任。李崇推说：“边境百姓不安定，本因怨恨刺史，我奉命代替原任刺史，他们自然和悦顺从。只须宣诏令可，用不着调部队自卫，否则会使边民怕不安”高祖受他建议。李崇只带十个骑兵，风尘仆仆赶到上洛宣传诏令，抚慰百姓，事态迅速平息。不久李崇严令边防各戍，如掳掠到南方齐国的人员务必全送。齐国人为他恩德感动，遣返魏荆州所掠二百人，恢复边境和平。李崇任荆州刺史四年政绩卓著，获召入京厚赏。
李崇以镇西大将军任兖州刺史，令每村建高楼悬鼓防盗。遇盗则擂鼓传警，邻村依序以不同鼓点响应，百里要道皆设伏。盗贼作案即被擒，各州效仿此联防机制。后按例降陈留公爵为侯，改镇西大将军为安东将军。
孝文帝南征，元禧任左翼都督，李崇副之。徐州人郭陆叛乱，李崇派卜冀州诈降，数月后斩郭陆平乱。李崇后任河南尹。
孝文帝攻汉阳时李崇代理梁州刺史。杨灵珍遣兵袭取武兴联南齐。李崇率军讨伐，分兵奇袭，内外夹击，氐众溃散。杨灵珍退守，李崇攻占赤土。灵珍遣杨建驻龙门，自率精兵扼守险要，伐木断道。李崇分兵令慕容拒夜袭龙门，攻克后自攻杨灵珍，屡败之，俘其妻儿。崇用疑兵计取武兴，又败梁州援军郑猷部，斩杨婆罗。灵珍败走汉中。孝文帝在南阳阅奏后赞其功，任其为梁秦二州都督、安东将军、梁州刺史。诏书称“平仇池陇右当以德抚之“。去镇卫防守，你已宣示文人的威风和恩德，适委以边远州镇重任，任命你为梁州刺史应思治理之道，除害安民，废除官民反对之政。
宣武帝即位召李崇任右卫将军兼七兵尚书。鲁阳蛮叛，围湖阳。帝命李崇督军征讨，率军击溃蛮军，杀鲁北燕，迁万户蛮人至幽、并。世宗追赏李崇先前平定氐人功勋，封他魏昌县开国伯，樊安于龙山聚众称帝，萧衍派兵接应。李崇受命统步骑讨伐，连克叛军，擒樊安并平定西荆州蛮乱。
李崇任东道大使明赏罚，迁扬州刺史。朝廷诏令强调应变朐山敌情，需遣精兵防范萧衍诡诈。李崇任都督淮南诸军事镇扬州，延昌初加侍中、车骑将军等职，仍留扬州刺史。
定州流民解庆宾兄弟因犯法发配到扬州。解思安不服劳役逃回家，解庆宾怕后有劳役，官府会找上门，想把弟名字从户籍簿划掉，诈认城外死尸是弟，谎称被杀，把死尸接回家安葬。尸体像解思安，姓阳的女巫称看过鬼，那鬼叙说解思安被害时痛苦及又饿渴。解庆宾又诬告与其弟同部队的苏显甫、李盖等杀他弟。经州审问后苏显甫两人承认。将结案时李崇觉有问题，要暂停。暗中派两州城中不认识的人，称从城外来找到解庆宾告诉：“我们家就住本州，离这三百里，近有人经过我们家投宿，晚上谈话不对劲儿，查问他从哪来，他说充军的流刑犯人，不愿服劳役而逃，解思安。当时想把他送交官府，他解庆宾被两人胁迫，称其弟思安被扣，要求财物赎人。庆宾惊恐允诺筹钱，二人随即向李崇上报。李崇逮捕庆宾质问：“为何诈认他尸？“庆宾伏罪。再审李盖等人皆称屈招。数日后思安被绑押回，女巫鞭笞。李崇审案严谨。
五月连降暴雨，洪水入城淹没房舍。李崇率兵驻守城头，水位持续上涨，众人乘船依附城墙，城垣仅差数尺即淹没。
扬州刺史等官员劝李崇弃守寿春退保北山。李崇称受国厚恩镇守要地，洪水系己德薄所致，若弃城将动摇淮南民心，舍身治水令百姓乘筏逃生，誓与城池共存。时城中裴绚受萧衍伪职，利..李崇镇压趁洪水叛乱，后因灾请罪辞官。朝廷诏令安抚，称扬州物阜足以制敌，水患非人力可阻，令其整军储粮、安抚百姓。李崇再请辞未准。若无李崇淮南恐失守。
李崇深谋远虑且宽厚。善统兵，任扬州刺史十年，常养千名精兵御敌，所至克捷，得号“卧虎“令敌畏惧。萧衍忌其镇守淮南，屡施反间计未果，遂假封李崇车骑大将军、万户郡公，其子皆封侯，欲离间魏廷。李崇上表陈情，世宗信任，屡赐御书珍宝，恩遇。萧衍叹服世宗。
肃宗即位赐李崇车马。萧衍遣赵祖悦袭占西硖石城，增筑外城，迁淮河居民入内；遣昌义之、王神念率水军西进图寿春。道龙、路长平、胡兴茂分攻边城、五门、开霍，扬州各戍遭围。李崇遣将相持，暗备战船二百，训水战待援。萧衍霍州司马田休攻建安，李崇遣李神击退，令邵申贤断其退路，于濡水大破之，俘斩三千。灵太后亲书慰勉。
许昌令兼纻麻戍主陈平玉引南军献戍。李崇秋起屡请援，十奏朝廷。朝廷遣崔亮救硖石，萧宝夤凿淮堰导水东流。因诸将不协，遣李平督调各部。李崇派李神乘百只战舰顺淮河与李平、崔亮合力攻硖石。李神率水军攻占硖石外城，赵祖悦抵抗不住向魏军投降，朝廷嘉奖李崇，晋升骠骑将军、仪同三司，