其母高夫人孕时梦日化龙绕身，太和七年生于平城宫，十四岁立为皇太子。
幼年器宇深沉，孝文帝试诸子志向时独选骨质如意，显其卓尔不群。
因太子元恂反对汉化被废，恪遂继储位。
太和二十三年即位后，遣使巡察州县，黜陟官吏，旌表贤能。
元恪勤政严吏，体察民情，推行休养政策。
亲政初免百姓额外赋役。景明四年大旱，减膳撤乐祈雨，两日后降甘霖。
次年再旱元恪亲祭太庙自省，赦囚减刑，诏令平冤案、举贤才、恤贫弱、减赋役、升廉吏、惩贪佞。
九月下诏淮水沿河城镇都秋天播种麦子，春种植粟米和稻谷，因地制宜地利用水田和旱地需合理利用土地和士兵，待庄稼成熟令公私家获利，诏停徭役，禁滥征发。
延昌元年大旱，元恪准灾民迁往轻灾区，令富户开仓赈济。同年忻州地震，遣医携药赴灾区。
元恪重视官员作用，亲政即废冗职。正始二年指九品制重门第轻才能，令考察历代选官制，改革以兼顾才学门第。
十二月为五等诸侯确立品阶规定：同姓初任官，公正六品下，侯从六品上，伯从六品下，子正七品上，男正七品下；异姓初任官降五级。
两年后元恪定官吏三年考绩升降制。
元恪精经史尤通佛理，常通宵讲经不倦。仪态端肃如神，推行汉学传承孝文帝改革。
正始元年诏：“古圣王创基立教，兴教化、建学校、倡三礼四经，使德风广被。自因军国多事无暇建学，元恪下诏效仿旧制兴建国学。
四年后元恪再诏立国子学、太学及四门小学，欲借办学传播文化、推行教化，使北魏成南北朝少数重教兴学的少数民族政权。
元恪在位时南齐衰亡与萧梁立国，对峙难免。
景明元年南齐豫州刺史裴叔业献寿阳归降，齐主萧宝卷遣水陆两军进逼寿春：胡松、李居士率陆军驻南阳，陈伯之率水军溯淮而上。
北魏元勰、王肃击败南齐，斩首万人。七月南齐陈伯之攻淮南再败。北魏转守为攻，四月后桓道取襄樊降二千户。时南齐内乱，萧衍起兵攻萧宝卷，次年立萧宝融掌权。
南齐衰微，众臣降魏。萧衍建梁后成北魏劲敌，双方连年交战互有胜负。
梁帝萧衍崇佛屡次出家，大臣赎身致民不堪负。百姓杀官降魏，王万寿斩刘晣献朐山，延昌二年徐某在郁州起事。玄明杀镇北将军张稷献城归附。
元恪频平叛。正始三年王智聚众两千称王公，后吕苟儿建元。元丽三月破敌，斩王智等，枭首六千；次月俘吕苟儿等三十人，秦州安。
永平元年元愉冀州叛，李平一月破之。元恪赦胁从，悬赏平叛。李平克信都，叔孙头擒元愉，冀州乱平。元恪在位屡平叛乱，皆速定。延昌四年病逝，
十一岁的元善见登基为傀儡，朝政由黑土家族掌控。十七年后被迫禅位，
元善见系清河文宣王世子，永熙三年任骠骑大将军。孝武帝西逃后黑土拥立十一岁的他继位。
元善见即位后改元天平，迁都临漳，颁布免赋政令。北魏分裂东魏、西魏。
相互征伐，南方萧梁无力北伐，形成短暂南北对峙局面。萧梁武帝萧衍又派人到东魏遣使通好，专注平叛与对西魏作战。天平二年黑土假意联姻山胡刘蠡升，突袭击杀之，后俘其子南海王等。
天平三年黑土率军奇袭西魏夏州，擒刺史。灵州刺史曹泥归附时遭西魏围攻，黑土驰援破敌。元善见欲加九锡，黑土辞不受。
元象元年东魏大都督贺拔仁攻西魏占据的南山几天打下来，擒捉南汾州刺史。任祥率尧雄、侯景、高敖曹、万俟受洛干会师荥阳，合攻阜阳。颍州守将弃城逃。后尧雄克南京，擒西魏官员解京。
黑土卒后侯景叛投西魏。宇文泰疑之，纳地而诏景入长安欲夺兵权。景转降萧梁，萧衍纳降，致东魏与梁断交为敌。
武定六年高岳破侯景于亳州，俘斩五万。景败走淮南，不复敢抗。
元善见迁都时民间童谣：“可怜青雀飞邺城。羽翮垂欲成，化鹦鹉子“时人暗传青雀幼子指元善见，鹦鹉指黑土。
黑土掌东魏大权故作谦让。元善见多次封其相国赐特权，黑土屡辞不受。武定五年黑土去世，长子黑龙掌权，元善见封其为大丞相，黑龙亦推辞。两年后元善见再封相国，黑龙仍拒。黑龙死后权柄至其弟黑水。
元善见封黑水为丞相，黑水欣然接受但不满足。武定八年元善见禅位黑水，迁居别宫。
元善见文武双全，有孝文帝风范。黑龙掌权后忌惮，派崔季舒监视其。
元善见狩猎时驰马过疾，监卫都督急呼：“陛下勿疾驰，大将军会怒“。黑龙曾宴饮举杯：“臣为陛下祝酒“元善见不悦。黑龙怒骂元善见，命崔季舒殴打后拂袖离去。次日遣崔道歉，元善见赐绢帛，黑龙令取其中一段，元善见遂捆百匹绢称“这段“。