宋雍熙四年（公元987年）九月初九，默娘年满二十八岁。这日清晨，她对家人说：“我自幼受海神庇佑，今已功德圆满，当归海上，护佑更多航海之人。”家人以为她只是随口说说，没放在心上。可到了午时，湄洲岛忽然飘起漫天祥云，海面上响起阵阵仙乐，默娘身着红衣，手持拂尘，从湄洲山飘起，脚下踩着一朵莲花，缓缓向东海飞去。岛上的百姓都看到了这一幕，纷纷跪地叩拜，呼喊着“默娘”的名字，直到她的身影消失在海天相接之处。
默娘羽化后，渔民们仍能时常见到她的身影。有一次，渔民邵某带着五名船员去外海捕鱼，遇上了台风，船舵被吹断，船身像一片叶子在浪里翻滚。邵某等人抱着船舷，眼看就要被海水吞没，邵某忽然想起默娘，大声喊道：“妈祖救我！”（“妈祖”是闽语“母亲”的意思，渔民们见默娘护佑如母，便称她为“妈祖”）话音刚落，海面忽然亮起一道红光，默娘的身影出现在浪头之上，她用拂尘一指，断了的船舵竟自动归位，台风也渐渐平息，船顺着水流漂到了湄洲岛的岸边。邵某等人上岸后，连忙去默娘的小庙祭拜，发现庙里默娘画像的衣角，竟沾着几滴海水。
此事传开后，“妈祖显灵”的说法越来越广。宋绍兴二十年（公元1150年），海盗蔡牵率领船队袭扰湄洲岛，想抢夺渔民的粮食和渔船。渔民们躲在岛上的山洞里，眼看海盗的船就要靠岸，忽然海面上起了大雾，雾中响起阵阵钟声，海盗们分不清方向，船舵也不听使唤，竟互相撞在了一起。这时，渔民们看到雾中有一道红光，红光里的妈祖手持拂尘，对着海盗的船一挥，海盗的船就开始漏水，海盗们吓得纷纷跳水逃生，最后被赶来的官兵擒获。事后，渔民们发现，默娘小庙的钟声，竟自己响了半个时辰。
随着妈祖显灵的事迹越来越多，朝廷也开始注意到这位“海洋女神”。宋高宗绍兴二十六年（公元1156年），因福建安抚使上奏“妈祖救沿海渔船数千艘”，宋高宗下旨册封妈祖为“灵惠夫人”，这是妈祖第一次得到朝廷的册封。此后，宋孝宗、宋光宗、宋宁宗相继册封，从“灵惠昭应夫人”到“灵惠昭应崇福夫人”，再到“灵惠昭应崇福善利夫人”，妈祖的封号越来越高，信仰也从湄洲岛传到了福建、广东、浙江等沿海地区。
元朝时，海运成为朝廷运送粮食的重要方式，每年都有大量漕船从江南出发，经东海、渤海运往大都（今北京）。元世祖至元十八年（公元1281年），漕船在渤海遇风暴，几十艘船被浪打翻，粮食眼看就要沉入海底。漕运官慌了神，跪在船头祈祷：“若妈祖显灵护粮，必奏请朝廷册封！”话音刚落，海面忽然平静下来，漕官抬头一看，见妈祖立于云端，手持玉如意，对着漕船一挥，沉入海中的粮食竟被一股水流托了起来，重新回到船上。此事传到大都，元世祖忽必烈下旨册封妈祖为“护国明着天妃”，还在泉州、上海等地修建天妃宫，供漕运官员和渔民祭拜。
明朝永乐年间，郑和奉命七下西洋，每次出海前，都会去南京的天妃宫祭拜妈祖。永乐三年（公元1405年），郑和第一次下西洋，船队行至南海，遇上海怪——那海怪形如巨鲸，口吐黑水，能掀翻大船。船员们吓得魂飞魄散，郑和急忙率领众人祭拜妈祖，祈求保佑。不多时，海面红光乍现，妈祖手持拂尘，与海怪斗法，拂尘一挥，黑水便化作白雾，海怪见状，掉头就逃，再也不敢出现。郑和在西洋期间，还多次遇险，都是妈祖显灵相助，比如在印度洋遇台风，妈祖指引船队找到避风港；在暹罗（今泰国）遇海盗，妈祖显灵让海盗的船搁浅。永乐帝得知后，下旨册封妈祖为“弘仁普济天妃”，还命人在郑和经过的东南亚国家修建天妃宫，让妈祖信仰传到了海外。
清朝康熙年间，施琅奉命收复台湾。康熙二十二年（公元1683年），施琅率领战船从福建出发，行至澎湖列岛，遇台风，战船被浪打得东倒西歪，士兵们士气低落。施琅想起妈祖的护佑，便在船头设立妈祖神位，率领众人祭拜。祭拜完毕，台风忽然转向，海面平静下来，施琅趁机发动进攻，大败郑军，收复了台湾。事后，施琅上奏朝廷，请求册封妈祖。康熙皇帝下旨册封妈祖为“护国庇民妙灵昭应仁慈天后”，简称“天后”，从此，妈祖从“天妃”升格为“天后”，成为全国性的海洋女神，信仰遍及沿海各省，甚至传到了东北的辽东半岛。
妈祖能成为“天后”，不仅因为她显灵事迹众多，更因为她的职能独一无二——专为航海服务，这与管河流的河伯、管水域秩序的龙王有着本质的区别。
河伯是古代传说中掌管河流的神，《庄子》《楚辞》中都有记载，说他“乘白鼋兮逐文鱼，与女游兮河之渚”，主要负责河流的通畅与灌溉，却管不到海洋。有一次，福建漳州的渔民李某，因家乡发洪水，想驾船沿九龙江进入东海避难，行至河口时，洪水湍急，船被冲得打转，李某以为河伯发怒，便扔了一头猪到河里祭祀，可洪水反而更急，船