北伐战争结束国民政府接收了故宫博物院。颁布了《故宫博物院组织法》及《故宫博物院理事会条例》，规定“故宫博物院直隶于国民政府，掌理故宫及所属各处之建筑、古物、图书、档案之保管、开放及传布事宜（按：所属各处系指故宫以外之大高殿、清太庙、景山、皇史宬、实录大库等）”。国民政府任命理事27人，复由理事会推举理事10人。李煜瀛任理事长，易培基任院长，院以下设秘书处、总务处、古物馆、图书馆、文献馆。古物馆馆长为易培基（兼），文献馆馆长为张继，图书馆馆长为庄蕴宽，至此故宫博物院大局初定。
，国民政府行政院令，批准李煜瀛任理事长，易培基任院长兼古物馆馆长，张继任文献馆馆长，庄蕴宽任图书馆馆长；马衡任古物馆副馆长，沈兼士任文献馆副馆长，袁同礼任图书馆副馆长；俞同奎任总务处处长。
“九·一八事变”后，为谋文物安全，当时遂有选择精品迁址储藏之筹备。第一批南迁文物起运。古物馆452箱，图书馆602箱，文献馆1064箱，共2118箱。吴瀛等监运最终抵沪。第二批南迁文物起运，秘书处426箱，古物馆384箱，图书馆44箱、文献馆436箱，共1290箱，俞同奎等监运抵沪。第三批南迁文物启运。秘书处1013箱又62包，古物馆242箱，图书馆477箱，文献馆1240箱，共2922箱又62包。程星龄等监运抵沪。第四批南迁文物启运。秘书处2635箱又2包，古物馆829箱，图书馆138箱，文献馆1033箱，共4635箱又2包。马衡等监运抵沪。第五批南迁文物启运。秘书处1534箱，古物馆724箱，图书馆154箱，共2412箱俞同奎等监运抵沪。南迁文物总计箱又64包。附故宫博物院一同运沪者另有古物陈列所5414箱，颐和园640箱又8包3件，国子监11箱。
“七七卢沟桥事变”爆发，南迁文物又历尽艰险，沿三路辗转迁徙至川，分储于巴县、乐山、峨眉山等地。
北平收复，国民党政府再度接收故宫博物院，马衡继任院长。在太和殿广场举行华北区侵华日军投降受降典礼，各界20余万民众亲临见证此次盛会。第十一区战区司令长官孙连仲将军、吕文贞参谋长为受降代表，接受日本投降所上降书。
1946年故宫博物院开始将抗战时期藏于川的文物运回南京分院，称文物东归。 由天津运回日本侵略军所掠铜器之一部分：铜炮1尊，铜灯亭91座。
1948年底金陵所藏文物运台开始。从金陵运到台省的文物共计2972箱，其中古物1434箱，图书1334箱，文献204箱，占南京所藏文物的1\/4。
北平解放，故宫博物院由中国人民解放军北平军事管制委员会文化接管委员会接管。同年10月1日，华夏建国，故宫博物院隶属中央人民政府文化部。但从金陵库房中挑选出2972箱文物抵达台省后于台北市士林外双溪建立新馆，公开对外展出。余下的大批文物陆续运回故宫博物院一万余箱，但还有2176箱仍封存于金陵库房，委托金陵博物院代为保管。
建国后故宫博物院制定了“着重保护、重点修缮、全面规划、逐步实施”的古建维修方针，经过几十年的努力，许多残破、渗漏、濒临倒塌的大小殿堂楼阁得到了修复和油饰，愈显金碧辉煌。院内各处高大宫殿都安装了避雷设施，又以巨额投资建设了防火防盗监控系统和高压消防给水管网，使这座古老的宫殿建筑得到了更加有效的保护。特别是改革开放后，在人民政府的大力支持下，彻底整治了环绕故宫的筒子河，更好地凸显了昔日皇城的风貌。现故宫博物院设有陈列、保管、群众工作、古建筑管理、开放管理、服务等部及研究室、图书馆、出版社、文物修复厂、文物保护科学实验室、古代建筑修缮队、安全保卫处等机构。
郭沫若题写“故宫博物院”匾额。
故宫博物院有4个门，正门名午门，东门名东华门，西门名西华门，北门名神武门。故宫大体上可以分为两大部分，南为工作区，即外朝，北为生活区，即内廷；外朝内廷的所有建筑排列在中轴线上，东西对称；外朝是皇帝处理政事的地方，主要有三大殿：太和殿、中和殿、保和殿。其中太和殿最为高大、辉煌，它宽60.1米，深33.33米，高35.05米。太和殿后是中和殿，最北面的是保和殿则是皇帝赐宴和殿试的场所。内廷包括乾清、交泰、坤宁三宫以及东西两侧的东六宫和西六宫，这是皇帝及其嫔妃居住的地方，俗称为“三宫六院”。在居住区以北还有一个小巧别致的御花园，是皇室人员游玩之所。
故宫博物院位于城中心，东西宽753米，南北长961米，占地面积余平方米，周围环以10米高的城墙和52米宽的护城河（筒子河）。城墙四面各设城门一座：南名午门，北称神武门