想以察合台的突厥人、蒙古人、波斯人、阿富汗人和印度人组成的混合军队，征服全印度，以实现父亲的遗愿。
此刻其三位异母兄弟卡姆兰、欣达勒和阿斯卡里出兵攻击他，与他争夺王位，
加之分散在各地的许多阿富汗贵族也纷纷起兵反叛。
公元1539年，起兵谋反的东部阿富汗王公舍尔沙，在乔沙战役中胡马雍全军覆没，本人逃走。
舍尔沙占领德里，建立了苏尔王朝。
不但把领土扩展到孟加拉、比哈尔和马拉佤邦，而且在政治、社会和经济上多有建树。
他实行开明政治，对印度教采取宽容政策，建立了有效力的君主集权制，执法公正；改革税制，计田优劣征收，发行银卢比；兴修道路，设立驿站，修建首都阿拉格与孟加拉、拉齐普坦等地的主干道！
他的田赋改革成为了以后阿克巴改革的蓝本。
公元1545年，舍尔沙在战争中被炸死。
公元1555年，胡马雍重征印度平原，占领德里和阿格拉，恢复了莫卧儿帝国在印度北部的统治。
在流亡伊朗期间，他进一步受到伊朗文化的影响，由逊尼派信徒改奉什叶派，并带回了对莫卧儿帝国有深远影响的伊朗文化。
在伊朗波斯第三帝国萨法维王朝的帮助下，
公元1556年，其子阿克巴继位，实行了进步的内政改革，
采取宽容的宗教政策，扩大了莫卧儿帝国统治印度北部的社会、政治基础。
还建立了中央集权制，开疆拓土，统一了南亚次大陆北部广大地区，推动了印度社会经济的向前发展。
并将全国划分为若干伊克塔（省），下设47个萨卡尔（行政区），
萨卡尔又划分为帕尔加纳，
各设阿明（法官）、希克达尔（税务官）、司库、文书等地方官吏。
为了防止任何腐败行为，规定按时向官员支付薪俸，官员每隔2～3年调动一次。
并大力引进发展西洋火器，提升军队战斗力！
为了巩固自己的政权，命令官员重新丈量土地，将帝国分为182个税区，
严格分别等级征税；
还废除将战俘卖为奴隶的习俗；下令取消人头税、香客税（对朝圣的印度教徒征服的税）、田赋附加税，遇到天灾人祸，则一律免交田赋；
而且阿克巴还统一了全国的度量衡，从而有力地促进了工商业的发展。
但阿克巴信仰伊斯兰教，而印度长期流行的是印度教，
因此印度教和伊斯兰教之间经常发生矛盾冲突，这极大地影响了国家的安定团结。
为了协调印度教和伊斯兰教教徒们的关系，阿克巴采取了一系列的措施，
他宣布各教派平等，他选用印度教人士做高级官员。
阿克巴自己还在宫廷中采纳印度教惯例。
阿克巴出于自己“宽容大度的个性”和自己“对宗教思想的追求”，
他还创立了一个没有上帝、没有先知、没有教务的“圣教”！
通过十多年时间，完成国内改革后，
阿克巴治理下的莫卧尔帝国势力大增，
为了完成统一大业，
公元1567年10月，阿克巴攻占了拉其普特人的要塞——齐图（奇托尔）。
这次围攻持续了4个多月，阿克巴在这次战役中表现出高度的指挥才能，他围绕齐图城挖一条很深的壕沟，以掩蔽士兵；命士兵每人手持可转动盾牌，以挡敌人刀箭；他在城外筑一座很高的建筑物，以俯瞰全城，指挥战斗。
最后，莫卧儿军用新式西洋炮火猛轰城堡，
阿克巴亲自发炮，炸死守将查马尔，攻陷齐图，守城的拉其普特士兵全部战死。
阿克巴为这种顽强的抵抗所激怒，进城大规模屠杀非战斗人员。
公元1570年，阿克巴又攻占另外两个拉其普特要塞，
从此基本上解除了，来自西南部拉其普特人的威胁。
公元1572年，西部的古吉拉特王国（今印度古吉拉特邦）发生内乱，
阿克巴利用该地国王穆扎法尔沙三世无能、管理混乱为借口，
在该地另一派领袖伊蒂马德汗的 要求下，亲自率兵出征古吉拉特。
公元1573年，古吉拉特投降莫儿尔帝国。
但不久这里就发生了叛乱，为了解除来自西部的威胁，
于是远在千里之外的阿克巴，亲自率3000骑兵回师平叛，并一举打垮数万叛军。
之后，乘胜进军葡萄牙人占领的西部沿海据点城市——达曼，
葡萄牙人见状，连忙集结城中的700重型火绳枪手和1500骑兵反击，
双方陷入了激烈的交火。
阿克巴指挥若定，他让